明治政府の県名の決め方の一つの説として、明治時代のジャーナリストである宮武外骨の著書『府藩県制史』（1941年刊）が有名である。その中で、明治政府内の「永久不滅の賞罰的県名」として、「早い段階から官軍側に就いた『忠勤藩』の藩名は県名にされて、官軍側に就かなかった『朝敵藩』や、官軍側に就くのが遅かった『曖昧藩』の藩名は、一つも県名には残っていない。」と述べられている。
つまり、明治維新の時に薩長軍だった所は「都市名」を県名にされて、一方で薩長軍でなかった所は「郡名」を県名にされている、という説である。
藩の多くは、令制国一国を領する藩を除いて、城下町を藩の名称に用いる事が多かった。ただし、城は後に異名を付けられた為、現在も『府藩県制史』が書かれた当時も、城下町名がそのまま都市名となっている所も多いが、俗称では藩主の姓を称する所もあった。
「朝敵藩」・「曖昧藩」とされた所は、城下町が所属する「郡」が、県名とされた所が多い。例えば、高松（高松藩）は香川郡から香川県、姫路（姫路藩）は飾磨郡から飾磨県、名古屋（尾張藩）は愛知郡から愛知県、水戸（水戸藩）は茨城郡から茨城県、仙台（仙台藩）は宮城郡から宮城県、盛岡（盛岡藩）は岩手郡から岩手県、となっている。
「朝敵藩」・「曖昧藩」などの城下町・門前町・港町においても、「都市名」が明治維新で改名された後に、県名にされている所も見られる。例えば、明治維新で徳川将軍家（第15代将軍の徳川慶喜）が移住した「朝敵藩」に分類される静岡（駿府）は安倍郡に属すが、「安倍県」ではなく「静岡県」にされている。
また、当初は「郡名」を県名にしたが、再設置で「都市名」が県名にされた所もある。例えば、福井は足羽郡に属するが、1881年の再設置では「足羽県」ではなく「福井県」にされている。この他にも、富山は新川郡に属するが、再設置で「新川県」から「富山県」に改名され、徳島は名東郡に属するが、再設置で「名東県」から「徳島県」に改名されている。
石川県のように、美川（現白山市）から金沢へ県庁が移った際に、「都市名」を取った「金沢県」の名称を改めて、「郡名」から「石川県」とした所もある。
九州の県は全て、「都市名」が県名にされている。また、山陰・山陽・四国の9県のうち、「朝敵藩」とされた3藩のうち高松藩・松江藩の属した2県は、それぞれ「郡名」を取って香川県・島根県とされた（ただし、松山藩の属した県は古事記由来の愛比売から愛媛県となっている）が、それ以外の6県は、「都市名」が県名にされている。
一方で、東北地方や関東地方には、「郡名」が県名にされた所が多く、意図的に県庁所在地や県名が変えられた所も多い。
それには、宮武外骨が主張する「永久不滅の賞罰的県名」論によれば、薩長（薩摩藩と長州藩）と、その支援に回った「忠勤藩」が多いとされる西日本に手厚く、逆に奥羽越列藩同盟の東北地方や、江戸幕府のお膝元であった関東地方には、冷たく臨んだということになる。
特に、「朝敵藩」の双璧とされた奥羽越列藩同盟の盟主である会津藩の会津若松や、北越戦争で薩長軍と敵対した越後長岡藩の長岡は、それぞれ廃藩置県当時には比較的大きい城下町であったにも拘らず、いわゆる「賊軍」であるとされ、県庁を置くことも永久に許されなかった。
1876年8月21日には、旧会津藩領（若松県）は福島県（中通り）や磐前県（浜通り）と合併させられ、県庁も会津若松から遠い福島に置かれ、県名も郡名を取った「信夫県」ではなく、都市名を取った「福島県」とされた。
長岡が位置する中越地方（旧古志郡他）も、当初は柏崎に県庁が置かれて柏崎県となったが、旧新潟県（下越地方）や相川県（佐渡島）と合併させられ、旧越後長岡藩の領内で、1843年に天領にされた港町の新潟に県庁が置かれ、県名も郡名を取った「蒲原県」ではなく、都市名を取った「新潟県」とされた。宮武が言う所の「永久不滅の賞罰的県名」の典型例である。
ただし、宮武の主張は、県の廃置分合の過程に関わる個々の事情への考慮が薄く、単純に「史実」として受け入れることはできないという指摘もある。
越後長岡藩の場合、同藩が廃止されたのは廃藩置県の際ではなく、これに先立つ1870年11月13日であり、藩財政の破綻により藩の側からの願い出たものであった。政府はこの願出を受け入れて、同藩を廃止して隣接する柏崎県に編入した。この柏崎県は、戊辰戦争に際して薩長軍が占領した桑名藩の飛地領の中心都市である柏崎に、既に1869年8月から設置されていたものである。