基本的には秋季大会の成績に、地域性を考慮して決定。ここで出場28校と補欠（各地区につき1、2チーム程度）を選出。 しかし野球と何ら関係のない地域性という選考基準を、商業的理由により採用する事に対して、批判の声が存在する。
北海道: 1
東北: 2
関東（4）・東京（1）: 6
東海: 2
北信越: 2
近畿: 6
中国（2）・四国（2）: 5
九州: 4
（後述する明治神宮大会枠は除く）
関東・東京、中国・四国の（）内は各地区の出場校数。残り1校は両地区を比較した上で選出する。
東京大会のみ関東の枠組みから外れて、単独開催となっている。それゆえ、1位校と2位校が揃って選出されるケースが多い。この実質的な”東京の二校枠”に付いては、「選抜の不思議」として揶揄されている。背景には、毎日新聞東京本社の意向が反映していると見られている。
かつては近畿地区の枠は7校であり、2府4県から1校ずつ選ばれてもさらにもう1校枠があった。そのため近畿のいずれかの府県からは必ず2校選出されていた。
2001年の第73回大会から設けられる。部員不足などの困難を克服したチームや、他校の模範となるチームを選出。推薦は基本的に各都道府県の秋季新人大会で、参加校数が128校を上回る都道府県ではベスト16、それ以外の県ではベスト8以上のチーム。各ブロックから1校ずつ出してもらい、その中で2校（東日本・西日本各1校）を選出。2008年の第80回大会は記念大会で例年より1校増の3校で、「北海道、東北、関東・東京」、「東海、北信越、近畿」、「中国、四国、九州」各1校が選出された。
“他校の模範である事”を根拠に、県内屈指の進学校、学校全体での「朝の読書」推進、「青少年赤十字部」の活動、野球部の地域貢献活動（ボランティア）など、野球そのものとは直接関係のない事象により推薦されるケースがあり、「選考基準が曖昧」という理由により一部から非難の声もある。
21世紀枠出場校一覧年出場校主な選考理由結果
2001年安積（福島）創立創部ともに県最古であり考える野球の実践をした。初戦敗退（2回戦）
宜野座（沖縄）部員全員が地元中学出身で地域貢献を果たす。ベスト4
2002年鵡川（北海道）廃校の危機を乗り越え、希望の星となる。ベスト16
松江北（島根）県内屈指の進学校。初戦敗退
2003年柏崎（新潟）豪雪地のハンディを克服。初戦敗退
隠岐（島根）離島の過酷な条件を克服。初戦敗退
(2回戦)
2004年一関一（岩手）県内屈指の進学校。初戦敗退
八幡浜（愛媛）生徒数大幅減少の中で文武両道を徹底。初戦敗退
2005年一迫商業（宮城）地域密着の活動で過疎の町を勇気づけた。ベスト16
高松（香川）県内屈指の進学校。初戦敗退
2006年真岡工業（栃木）地元密着の選手育成。初戦敗退
金沢桜丘（石川）県内有数の進学校。初戦敗退
2007年都留（山梨）部活時間確保のため、通常10分の休み時間を7分に短縮。都立三宅高校と避難生活中に合同練習や試合を行った。初戦敗退
都城泉ヶ丘（宮崎）県内有数の進学校。狭いグラウンドという悪条件を、工夫を凝らした練習で克服。ベスト16
2008年安房（千葉）創立100年を超える文武両道の進学校。房総半島の南端に位置し、小規模校の多い地元の中学出身者だけでチームを構成。少子高齢化が進む南房総地区を元気づけた。ベスト32（2回戦進出）
成章（愛知）創部100年を誇る県立の進学校。試合会場まで長距離移動する地理的なハンディを乗り越え強豪私立高と接戦を演じた。ベスト32（2回戦進出）
華陵（山口）全校生徒が日本赤十字の会員で、青少年赤十字モデル校の指定を受けている。過去4年間で春秋合わせて中国大会に6回出場。ベスト16
2003年の第75回大会から設けられる。明治神宮大会枠は11月の明治神宮大会優勝校が所属する地域に与えられ、この地域の通常枠が1つ増える形となる。2008年の第80回大会は記念大会で1校増の2枠で、優勝校・準優勝校を出した地区に枠が与えられた。この枠ができ、通常枠の1都道府県2校までが確定した。2008年は1地区で1つの枠を争う。
明治神宮大会枠出場校一覧年出場校結果
2003年東邦（愛知）初戦敗退 （2回戦）
2004年常葉菊川（静岡）初戦敗退
2005年戸畑（福岡）初戦敗退
2006年旭川実（北海道）初戦敗退
2007年室戸（高知）ベスト8
2008年1宇都宮南 （栃木）初戦敗退（2回戦）
2 宇治山田商 （三重）ベスト16
2003年の第75回大会から設けられる。 一般選考の補欠校にもセンバツへの「希望」を残す狙いで第75回大会から導入した。 神宮大会枠を得た地区を除く地区の補欠1位校が対象。投手を含めた守備力のデータに従って決める。項目は被塁打、与四死球、失点、失策。明治神宮大会を除く直近4試合で、各項目の1試合9イニング平均値を計算し、順位を得点化。合計がもっとも多い学校が選出される。 希望枠は明治神宮枠以外の地区の補欠出場順位第1位の学校の中から、データを比較の上、守備力に長けているチームを1校選出。ただし東京枠は2枠選出する場合においては除かれる。理由は同一都道府県から出場枠を3校選出を避けるためである。21世紀枠を除く。なおこの枠は、80回大会を最後に撤廃する。
希望枠出場校一覧年出場校結果
2003年旭川実（北海道）初戦敗退（2回戦）
2004年秋田商（秋田）ベスト8
2005年三本松（香川）初戦敗退
2006年一関学院（岩手）初戦敗退