2000年に編集長が都築伸一郎に交代。それまでの読者層を一新しようとしたが、2000年 - 2002年にかけての新連載の多くが珍しく軒並み打ち切りとなった。その一方「金色のガッシュ!!」など、低い年齢層に受けいれられる漫画も登場した。

2002年には、編集長が三上信一に交代。高橋しんを呼び寄せるなどの試みを行った。また、本誌の補助的役割を果たしていた「少年サンデー超増刊」の連載作品の単行本化を2002年末で終了、その後2004年2月増刊号をもって、連載作品を全部終了、また月刊発行から隔月発行に変更を行い、以後の掲載作品は連載作家の読切と新人の読切のみとなった。

低い年齢層へのアピールやメディアミックスの活用など、新たな方向性を模索している。これは2004年10月に編集長が林正人に交代した後も継続して行われている。

2008年には創刊50周年を記念して、ライバル誌の週刊少年マガジンとのコラボレーション企画が行われている。

現在連載中の作品

※連載開始順

名探偵コナン（青山剛昌） 1994年5号 -

MAJOR（満田拓也） 1994年33号 -

史上最強の弟子ケンイチ（松江名俊） 2002年20号 -

結界師（田辺イエロウ） 2003年47号 -

ハヤテのごとく!（畑健二郎） 2004年45号 -

最強!都立あおい坂高校野球部（田中モトユキ） 2005年6号 -

クロスゲーム（あだち充） 2005年22・23合併号 -

絶対可憐チルドレン（椎名高志） 2005年33号 -

GOLDEN★AGE（寒川一之） 2006年21・22合併号 -

ダレン・シャン（原作:ダレン・シャン 作画:新井隆広） 2006年36・37合併号 -

イフリート〜断罪の炎人〜（吉田正紀） 2007年2・3合併号 -

ギャンブルッ!（鹿賀ミツル） 2007年4・5合併号 -

お茶にごす。（西森博之） 2007年18号 -

魔王 JUVENILE REMIX（原作:伊坂幸太郎 作画:大須賀めぐみ） 2007年27号 -

お坊サンバ!!（飯島浩介） 2007年29号 -

金剛番長（鈴木央） 2007年47号 -

最上の命医（原作・取材:入江謙三 作画:橋口たかし） 2008年1号 -

呪法解禁!! ハイド&クローサー（麻生羽呂） 2008年4・5合併号 -

月光条例（藤田和日郎） 2008年17号 -

オニデレ（クリスタルな洋介） 2008年18号 -

神のみぞ知るセカイ（若木民喜） 2008年19号 -

MIXIM☆11（安西信行☆野坂恒） 2008年21・22合併号 -

トラウマイスタ（中山敦支） 2008年29号 -

★★★のスペシャリテ（谷古宇剛） 2008年30号 -

アーティスト アクロ（桜井亜都） 2008年31号 -

KING GOLF（技術指導・監修:谷将貴、漫画:佐々木健） 2008年36・37合併号 -

過去の掲載作品

週刊少年サンデー連載作品の一覧を参照

発行部数 この節は執筆中です。加筆、訂正して下さる協力者を求めています。

2000年 200万部

2002年 153万部

2003年 131万部

2004年 116万部

2005年 106万部

2006年 100万部

2007年 94万部

増刊号

週刊少年サンデー超
隔月発行。新人作家の読切が中心。

少年サンデー特別増刊R
不定期発行。コロコロコミックなどと同じA5版（一時期B5版の時代もあった）で、人気作家の読切作品の再録と超での掲載経験がほとんどない新人作家の新作読切を掲載。「R」はそれぞれの代名詞「リバイバル（Revival）」と「ルーキーズ（Rookies）」の頭文字から取っている。

歴代編集長 この節は執筆中です。加筆、訂正して下さる協力者を求めています。

平山隆（1991年 - 1993年）

熊谷玄典（1994年 - 1996年）