帰国した近衞は、40代半ばにしてすでに日本の指揮者界の長老格となっていた。1946年からは、上田仁とともに東宝の肝いりで創設された東宝交響楽団の常任指揮者となる。東響では、上田が現代ものを、近衞が古典派やロマン派の作品を指揮するよう役割が決められていた。1948年より日本芸術院会員。1949年には知り合いの楽員を集めて「エオリアン・クラブ」を結成した。
1950年、東宝が東宝争議を経て東響を縁切りするにあたり、近衞は東響を半ば追放同然のように去り、エオリアン・クラブでの活動に本腰を置くようになる。やがて、このクラブを発展させ、第一生命の後援を受け近衞管弦楽団に改組（1952年）する。アルバイト奏者として近衞管弦楽団[4]に短期間在籍したことのある岩城宏之によれば、近衞邸はオーケストラがすっぽり入れるほど大きかったという。第一生命や当時第一生命が主要株主であったラジオ東京の支援も大きく効いたが、第一生命が当局の指示によりスポンサーを降りた後、近衞は当時専属オーケストラを計画していた文化放送に近衞管弦楽団を専属オーケストラ・日本フィルハーモニー交響楽団の中核にするよう申し入れるが、文化放送社長水野成夫の横槍もあり、結局近衞だけが除け者にされる結果に終わった。
晩年には日本フィルとの関係も好転し、1969年〜70年の音源と映像[5]には現在でも接することが出来る。
次に近衞は近響の演奏会をCBCともども支援してきた朝日放送に契約を持ちかけ、1956年に近衞管弦楽団はABC交響楽団に改組する。しかしながらABC響の活動は順調とは言えず、待遇面で不満を持ったヴォルフガング・シュタフォンハーゲンら主だった楽員が別のオーケストラ「インペリアル・フィルハーモニー」を結成したりもし、ABC響崩壊の危機にもなった。そういった中、1960年秋にはABC響のヨーロッパ演奏旅行が挙行され、近衞も指揮者として渡欧することとなった。同時期には、かつて自分がトップに君臨していたN響も世界一周旅行を計画しており、近衞はN響が若手メインで構成されていたことを危惧し「あれが日本のトップ団体と思われては困る」という趣旨の発言をするなど余裕すら見せていたが、ABC響の演奏旅行はプロモーターに逃げられたり、そのために資金が底をつき楽員の一部が年を越して帰国するなど、大成功のN響とは裏腹に無残な結果となった。演奏評は高く、近衞もヨーロッパの旧友と再会するなど良い事もそれなりにあったが、一連のゴタゴタ騒ぎはABC響の息の根を止めるには十分であった[6]。
ABC響の消滅以後は再びフリーの指揮者になり、読売日本交響楽団や大阪フィルハーモニー交響楽団、さらに京都大学交響楽団などプロ・アマ問わず多くのオーケストラを指揮した。1967年にはN響の第484回、第485回定期演奏会に出演。翌1968年にはN響とともに「明治100年記念式典」に出席した。この年の7月には民社党から参議院議員選挙に立候補（京都地方区）したが落選（次点）している。また、この前後には音楽学校設立に関する詐欺事件に巻き込まれ、裁判で敗訴するなど苦難の連続でもあった。1969年には創設されたばかりの日本フルトヴェングラー協会から会長就任を懇願され、引き受け講演も行っている。この講演は、協会盤CDとして聞くことができる。1973年6月2日、前日から自宅で就寝中に脳内出血を起こし急死した。
オーケストラの運営は、自腹でインフラ整備をしたにもかかわらず困難と失敗の連続であったが、逝去する直前まで指揮活動や後進の指導にあたり、晩年の不遇な事項を別にすれば、「おやかた」の愛称にふさわしい活動を繰り広げた。
没後に行なわれた追悼演奏会では、前年に分裂した「日本フィルハーモニー」と「新日本フィルハーモニー」双方の楽員が立場を超えて共に演奏した最初の機会であり、これも近衞の人徳あっての出来事として記憶されている。
戦前期の新響にせよ戦後の近響→ABC響にせよ、近衞が精魂こめて作り上げたオーケストラはすべて近衞の手元には残らなかった。日本交響楽協会分裂・「コロナ事件」・「新響改組事件」には策士・原善一郎が常に絡んでいたし、近衞管弦楽団→ABC響では待遇問題や経済的な理由が常につきまとっていた。もっとも、「コロナ事件」で大鉈を振るったことに関しては、理由に違いはあれどアルトゥール・ロジンスキがニューヨーク・フィルハーモニックで行った大リストラに類似性を見出すことは出来る（もっとも、ロジンスキのニューヨーク時代はこの大リストラの祟り?のせいか短かった）。己の理想と現実とのギャップに悩まされたのがオーケストラ運営の障害になったのは明らかだが、それ以上に周囲の人間にあまり恵まれなかった面もある。原に関しては朝比奈隆を見出した実績もあるのだが、戦後期の日本フィルを巡るやりとりやABC響でのゴタゴタではあまりにも近衞に人の運がなかったか、近衞の人柄を見透かしたかのように近衞の元から人が離れていった。近衞の人柄を「貴族的な冷たさを持っていたがゆえに人がついていかなかった」と指摘する人もいる一方、晩年期に詐欺事件に巻き込まれた例などをみるに「人が良すぎ、策士や少々如何わしいプロモーターなどに気軽に乗っかってしまい、結果的に大火傷を負う結果となった」と見る人もいる。このように、近衞の日本でのオーケストラ運営に関しては様々な見方があるが、近衞の内弟子であった福永陽一郎は、近衞のオーケストラ運営を次のように語っている。
「近衞秀麿は終生、オーケストラとの関係を不首尾に終わらせている。本来の指揮者としての力量を承認しないものは一人もいなかったが、その対オーケストラの思考の方向は、いつもオーケストラ自体の首肯し難いほうへ進んだ」「天皇家よりも由緒の明確な千年の貴族というものの悲喜劇を、首相だった長兄の文麿公ともども体現した人だったといえる」（福永陽一郎「演奏ひとすじの道」『CONDUCTOR』CONDUCTOR編集部/山崎「秀麿蕩尽録」所収）
1944年4月に「オルケストル・グラーフ・コノエ」をパリで組織している。近衞の回想によれば、ヨーロッパ各国の仕事がなくなった楽員やユダヤ系の楽員などをかき集め、主にフランドル地方を巡演して回ったオーケストラであるが、同年6月のノルマンディー上陸作戦前後に巡演先で解散した。このオーケストラには後にソリストや教授として有名になる人物も在籍していたようだが、「ドイツ寄り」の過去が明らかになるのを恐れ、その事実を伏せているようである。
作曲活動は学生時代から習作を初めかなりの数を作曲していた。プロの音楽家になってからの作曲活動はそれほど活発ではなかったが、童謡『ちんちん千鳥』（詞：北原白秋）やオーケストラのための作品などがある。また法政大学校歌（詞：佐藤春夫）や立命館大学校歌（詞：明本京静）など、校歌の作曲も手がけている。