京阪神#歴史、 奈良県#歴史、 京都府#歴史、 大阪府#歴史、 兵庫県#歴史、 滋賀県#歴史、および 和歌山県#歴史も参照
古くからの日本の中心地及び先進地として、近畿地方は日本史の中で大きなウエイトを占めている。
弥生時代前期の畿内には、目立った政治勢力はまだそれほど成立していなかったと考えられている。当時の畿内に特徴的なのが、方形に区画するように溝を掘って作られた方形周溝墓である。
弥生時代後期になると、奈良盆地東南部に大規模な集落が出現した（纏向遺跡）。この遺跡からは、日本列島各地から流通してきたと思われる土器が非常に多数発見されており、また、王宮跡と見られる大規模な遺構も見つかっていることから、弥生時代後期の倭の中心的な都市の一つだったと考えられている。魏志倭人伝に登場する邪馬台国の有力な候補地ともされている。
近畿地方中部には、ヤマト王権が3世紀中葉に成立し、古墳時代が始まると、ヤマト王権は倭国を代表する政治勢力として成長していった。ヤマト王権の王（治天下大王）は代々、奈良盆地や河内平野に王宮を営み、また同地には王族や豪族たちの古墳が多数築かれた。和泉国の大山古墳（堺市）は仁徳天皇の墓と伝承されており、世界最大の規模を誇る。
古代法隆寺朱雀門平等院鳳凰堂平安後期には熊野詣が流行した鹿苑寺金閣安土城
古墳時代が終わる6世紀中期頃から、王宮が奈良盆地南部の飛鳥に代々営まれるようになった。そのため、古墳時代に続く時代区分を飛鳥時代という。古墳時代後期から中国大陸や百済などからの渡来人が多数来朝しており、その多くは飛鳥時代に奈良盆地や河内平野など畿内近国に定着して帰化した。
645年、乙巳の変で蘇我入鹿が宮中で暗殺されると、孝徳天皇により大化の改新と呼ばれる改革が行われ、飛鳥から難波長柄豊埼宮（大阪市）への遷都が実施された。その後、天智天皇が政権を握ると、667年、大津京（大津市）への遷都が行われた。
672年には、天智天皇の後継者争いから壬申の乱が勃発した。この古代最大の内乱は畿内を舞台に行われ、これに勝利した大海人皇子（天武天皇）は飛鳥浄御原宮（明日香村）に遷都し、中央集権的な国家造りに取り組んだ。天武後継の持統天皇が奈良盆地南部に営んだ藤原京は、日本史上最初の都城である。
701年、大宝律令が施行され、律令制が本格的に導入され始めた。律令制の地域区分である五畿七道によれば、大和国・山城国・摂津国・河内国・和泉国の5国が五畿（畿内）とされた外、丹波国・丹後国・但馬国が山陰道に、播磨国が山陽道に、紀伊国・淡路国が南海道に、伊賀国、伊勢国が東海道に、近江国が東山道にそれぞれ区分されていた。
710年、平城京（奈良市）への遷都が行われ、以後を奈良時代という。平城京には10万人が在住したと推定されており、突如として出現した日本最初の大都市であった。
8世紀後期になると、桓武天皇によって長岡京そして平安京（京都市）への遷都が相次いで実施された。この平安遷都（794年）から1192年までを平安時代という。この間、平清盛が福原京（神戸市）を計画した。
平安時代を通じて、畿内近国は朝廷の統治が比較的及びやすい地域だった。例えば、9世紀後期には諸官庁の経費をまかなうための官田が畿内に4000町設定されたほか、他の地域で次第に実施されなくなった班田が畿内諸国では10世紀まで継続した。平安中期に名田制が登場すると、名田の面積を均等化した均等名が多く見られた。平安後期の荘園公領制の形成過程では、他地域よりも荘園の増加がいち早く進行した。
鎌倉時代には武士による荘園・公領への侵出が著しくなったが、多くの権門（有力貴族や有力寺社）の権利が複雑に入り組む荘園・公領が汎在する畿内近国では、武士の侵出は他地域ほどとはならなかった。
