1936年（昭和11年）、広田内閣のとき、陸軍省官制及び海軍省官制に「大臣及次官ニ任セラルル者ハ現役将官トス」との規定を設けて（附表、別表）、軍部大臣現役武官制を復活させた。この制度復活の口実には、「二・二六事件への関与が疑われた予備役武官（事件への関与が疑われた荒木貞夫や真崎甚三郎が、事件後に予備役に編入されていた）を、軍部大臣に就かせない」ということが挙げられていた。この制度を復活させた広田内閣は、腹切り問答によって自らが制定した軍部大臣現役武官制による陸軍大臣と揉めて、議会を解散する要求を拒絶する代わりに総辞職に追い込まれた。
その後、1937年に宇垣一成（予備役陸軍大将）に対して天皇から首相候補にに指名されて組閣命令が下った際、陸軍から陸軍大臣の候補者が得られずに組閣を断念せざるを得ない状態へ追い込まれ、1940年には米内内閣が畑俊六陸相の単独辞職により崩壊するなど、日本の軍国主義の深刻化に拍車をかけることになった。なお、宇垣から入閣交渉を受けた小磯国昭（当時朝鮮軍司令官）は「引き受けたとしても、東京に来る途中で「予備役編入」の電報が陸軍上層部から届いて、それで終わりですよ」と答えたという。
このように現役武官制と言っても現役武官の誰でも陸相に出来るというわけではなく、「軍の総意」にかなわない人事は不可能であった。陸軍の場合は三長官会議（陸相・参謀総長・教育総監）の合意によって新陸相を推挙することとしていた。この「天皇の軍隊の最高幹部がなんら倫理的葛藤なしに天皇の指名した首相を拒否・打倒する」事態については、山本七平・小室直樹・堺屋太一などが社会評論の題材として分析している。
なお、昭和期には海軍大臣人事が問題となって内閣の死命が制せられた例はない。ただ、東條内閣が成立する時に海軍が海相候補として出した豊田副武を東條が拒否し、海軍次官の沢本頼雄が「東條じゃどうせ戦争になるから代わりを出さない（ことによって東條内閣を潰す）ことにしましょう」と進言したことがあるが、及川古志郎海相らの判断で嶋田繁太郎を出すことになり、東條内閣は無事成立に至ったという例がある。
1945年（昭和20年）8月、ポツダム宣言を受諾したことによって日本軍は武装を解除された。同年12月、陸軍省は廃止されて第一復員省へ、海軍省は廃止されて第二復員省へ、それぞれ改組されて軍部大臣は消滅した。
1947年（昭和22年）に施行された日本国憲法には、「陸海空軍その他の戦力は、これを保持しない。」（9条）と定め、さらに「内閣総理大臣その他の国務大臣は、文民でなければならない。」（66条2項）と定めた。これにより、軍隊がないために武官も軍部大臣も存在せず、仮に武官がいたとしても国務大臣には就けないこととなった。しかし、その後の国際情勢の変転に伴い、1950年（昭和25年）には、軍隊に匹敵する装備を持つ警察予備隊が創設され、この事務を掌理するため警察予備隊本部が置かれた。この警察予備隊本部の長官は国務大臣ではなく、警察予備隊担当の国務大臣が置かれた。
警察予備隊は、保安隊を経て、1954年（昭和29年）に自衛隊となった。自衛隊の事務は、防衛庁（後に防衛省）が掌理し、防衛庁長官（後に防衛大臣）には国務大臣があてられた。国際的には、事実上、防衛庁長官（防衛大臣）は軍部大臣、自衛隊は軍隊、自衛官は武官と目されるようになった。しかし、現役の自衛官が防衛大臣を兼ねることはともかく、かつて職業軍人であった者や自衛官であった者が、防衛大臣に就任すること自体は憲法違反にあたらないと解されている（例えば、旧海軍経理学校出身の中曽根康弘（中佐）、松野頼三（少佐）、山下元利（中尉）らや陸上自衛隊自衛官（二等陸尉）であった中谷元が防衛庁長官に就任している）。だが、海軍大将だった野村吉三郎は1950年代に防衛庁長官に就任させる構想が存在したが、文民統制の観点からは断念となった。
なお、武官にあたる自衛官（いわゆる制服組）のみならず、文民（文官）にあたる内部部局の防衛参事官、書記官等（いわゆる背広組）であっても、防衛大臣その他の国務大臣を兼ねることは禁じられていると解される。なぜなら、防衛省の職員は、制服組はもちろん背広組も自衛隊の「隊員」とされ（自衛隊法2条5項）、隊員は政治的行為が制限されているからである（同法61条、同施行令86条）。
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^ 総務長官とは、総務局の局長を指し、次官にあたる。
^ 天皇が選任した者に対して、内閣総理大臣となることを命じ、並びに組閣構想の答申を命じること。適格な大臣候補を推挙できなければ、組閣できない。これを流産内閣という。
参考文献
筒井清忠『昭和十年代の陸軍と政治 軍部大臣現役武官制の虚像と実像』（岩波書店、2007年） ISBN 978-4-00-023443-6