THE MOVIE 2の冒頭、青島刑事の登場シーンはテレビシリーズ第1話で青島が初めて湾岸署に向うシーンと同一の経路を辿っており、「空き地」から「観光地」への変貌振りがよくわかるつくりになっている。
また、番外編で"女青島"こと篠原巡査（内田有紀）が登場するシーンも、第1話のこれと同一のカット割になっており、青島と女青島との対比が描かれている。
テレビシリーズのオープニングで、出演者の顔写真が前後左右から映し出されるシーンが印象深いが、よく見るとこのシーンで、それぞれの役柄の出身地や現住所、役職といったプロフィールが書かれている。
プロデューサーの亀山千広、東海林秀文をはじめ、多くの製作スタッフが『内トラ（内部エキストラ）』（業者に依頼し端役を発注するエキストラに対し、端役を内部のスタッフでまかなうこと）としてテレビ・映画全てに於いて多くのシーンに出演しており、一部の役（死体発見者、ボクサーとトレーナー等）は準レギュラー化している。このほかに番組内で使用されている「前科者リスト」や「容疑者リスト」にもスタッフの写真が使用されるなどしている。またスタッフの子供が出ているケースもある。
またプロデューサーの亀山千広は「深夜も踊る大捜査線」では脚本家の君塚良一とともに「管内で刑事ドラマを撮影する許可（設定上、フジテレビ本社は湾岸署の管轄内となる）をもらいに湾岸署に来る」という設定で本人役で出演している。
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また、歳末特別警戒スペシャルのクライマックスでは、BGMとしてベートーヴェンの第九をバックに青島たちが犯人と格闘するシーンがあるが、これは映画「ダイ・ハード」や新世紀エヴァンゲリオンのシーンと似た手法がとられている。
「踊る大捜査線 THE MOVIE」のクライマックスで、青島が煙突から出るピンクの煙によって監禁された警視副総監を探すシーンがある。そのシーンの画面が白黒になり煙突からのピンク煙だけを着色しているのは、黒澤明の映画「天国と地獄（1963年）」に出てくる煙突シーンとほぼ同じである（「天国と地獄」は全篇白黒作品だが、煙突からの煙のみ着色している。このような映画を「パートカラー作品」ということがある）。そのためそのシーンで青島は「天国と地獄だ」というセリフを言う。なお、このモチーフの使用や劇中での「黒澤塗料」の名称使用等については撮影前に権利者である黒澤プロダクションより正式な使用許諾を受けており、一部で批判（松本人志、太田光、井筒和幸等）されていた「パクり」行為等ではない（本広克行監督が「THE MOVIE」DVDのコメンタリーにて発言）。
さらに、THE MOVIE 2のOPではジャッキー・チェンのファースト・ミッションの実技訓練。 犯人グループの一人が東北訛りで「蒲田」のことを「カメダ」と発音するシーンがあるが、これは松本清張原作の「砂の器」に出てくる件とまったく同じ手法である。こちらでもすみれがそのシーンの後「砂の器……」とつぶやくセリフがある。
本広克行監督は機動警察パトレイバー文庫版第一巻巻末に寄せたコメントにおいて、「踊る大捜査線は機動警察パトレイバーに影響を受けた」と告白している。
このように他作品との類似点、すなわちオマージュが多く見られるのも特徴で、これはシリーズ作品を多く手がけている監督の本広克行が無類の映画やアニメ好きであり、「娯楽映画」と割り切って製作している事にも起因する。
潜水艦事件とは、「踊る大捜査線」の世界の中で発生した架空の事件である。そもそもは「THE MOVIE 2」のために考え出されたプロットの一つであったが、さまざまな事情でボツになったものの、踊る大捜査線世界の中で「THE MOVIE」と「THE MOVIE 2」の間に発生した事件として「THE MOVIE 2」の中で青島と室井の会話で簡単に触れられるという形で残った。その後も映像化はされていない（但し「THE MOVIE 2」のエンドクレジットの中で潜水艦をバックに握手する青島と室井が一瞬映り、それが潜水艦事件のときのことだとしている）が、「容疑者 室井慎次」の中でこの事件に絡んで起こった裁判で青島の弁護をしたとされる津田弁護士が登場したため、「容疑者 室井慎次」のシナリオガイドブックなどの設定資料でこの事件の詳細が明らかにされた。
事件は2002年3月19日に湾岸署管内で発生した潜水艦「むつしお」の乗組員である海上自衛官の殺害事件に端を発する。湾岸署に捜査本部が置かれ青島たちが捜査に当たったが自衛隊が非協力的であったため捜査は暗礁に乗り上げ事件は未解決のままで捜査本部が解散してしまった。その後室井のもとに潜水艦の機密データの漏洩疑惑を告発する内部文書が届いたため室井は捜査の再開を決意し、潜水艦の艦長の協力で青島がコンピュータ技師になりすまして潜水艦に乗り込んで室井の指揮の元で捜査にあたった。青島の捜査の結果犯人が明らかになったとき、犯人は潜水艦を乗っ取ってテロを起こそうとし、東京湾に突入しようとしたがそれも青島によって防がれ事件は解決した。
※ 「容疑者 室井慎次」のシナリオガイドブック収録の年表および同書収録の「潜水艦事件についての公式記録」ではこの事件の発生は2002年であるが、「THE MOVIE 2」のシナリオガイドブック収録の年表ではこの事件を2001年のこととしている。同書の別のところで潜水艦事件は「THE MOVIE 2」（2003年）の2年前の事件であるとの記述もある（「THE MOVIE 2」劇中では、室井が青島に「2年振りだな」と言い、これに対して青島が「潜水艦の事件以来ですね」と答えるシーンがある。）ので単なる誤植とは考えられないため、これ以後に何らかの設定変更があったと考えられる。
「第5話彼女の悲鳴が聞こえない」の中で容疑者宅を捜査している際に、部屋の中にあったポスターは士郎正宗原作『攻殻機動隊』の「草薙素子」のポスターである。そのポスターはスペイン製と思われる。
湾岸署の捜査員は胸にWPSと書かれたバッジを着用。これは下に示す警視庁本部で使用される通行証（後述）を所轄に拡大解釈したもの。TVシリーズでは所属を示す顔写真入IDカードであった。
本庁の室井たちは胸にMPDと書かれたバッジをしている。このバッジの小道具はさも踊る大捜査線製作スタッフの独創であるかのように言われているが、実際に警視庁の私服勤務職員が外来者との区別のため庁舎内で着装する通行証である。当時の制作スタッフだったフジテレビ社員の一人が、元報道局記者で警視庁記者クラブに所属していた経験からのアイデアとも言われているが、踊る大捜査線にて初めて使われた演出ではなく、「沙粧妙子-最後の事件-（1995年 フジテレビ） 」の時点で既に使用されていた演出の為、この作品の影響である可能性もある。
