警察法第15条により、警察庁は国家公安委員会に設置され、その管理下に置かれている。これは、中央行政機関でありながらも、国家の治安維持に関わる責務を負う警察の中立性を保つためとされ、通常、国家公安委員会以外の機関から監督を受けることはない。司法警察活動に際し、個別の警察官は刑事訴訟法の規定に基づき一定の指揮を検察官から受けることがあるが、警察官は正当な理由がある場合には、この検察官の指揮に従う必要はない（ただし、検察官はこの場合にも、検察庁法第6条の規定に基づき、自ら捜査をなし、または検察事務官をもって捜査をさせることが可能であることは言うまでもない）。この時、検事総長、検事長又は検事正は、国家公安委員会が懲戒権限を持つ者、つまり国家公務員たる警察庁警察官と地方警務官に対する懲戒の訴追を国家公安委員会に行うことが認められている（刑事訴訟法第194条）が、検事総長、検事長又は検事正自身には懲戒権限はないため、この正当性の判断や必要性等は国家公安委員会が独自に判断することとなっている。これも警察庁を他の機関からの不必要な干渉を避けるためのものとも解せるが、どこからも干渉されないことは組織の腐敗につながり、そこから国民の不安や恐れの対象になっていることも事実である。
平時において、警察庁は、国家公安委員会以外の管理監督は受けないが、警察法第71条の規定により内閣総理大臣が国家公安委員会の勧告に基づき、全国または一部の区域について緊急事態の布告を発した場合、同法第72条により内閣総理大臣は一時的に警察を統制し、その緊急事態を収拾するため必要な限度において、長官を直接に指揮監督する。 これは、実力を持つ治安維持機関である警察をその民主主義的コントロール下におきながら、速やかな事案収拾を図るためのものである。
緊急事態の布告が発せられたときは、警察庁長官は布告に記載された区域を管轄する都道府県警察の警視総監又は警察本部長に対し、管区警察局長は布告区域を管轄する府県警察の警察本部長に対し、必要な命令をし、又は指揮をするものとされ、布告区域を管轄する都道府県警察以外の都道府県警察に対して布告区域その他必要な区域に警察官を派遣することを命ずることができる旨が、同法第73条に規定されている。
歴代の警察庁長官* 内務省警保局長、国家地方警察本部長官（警察庁長官の前身）は含めない。
代氏名入省(庁)年次任命年月日退任後の主な公職・役職位階勲等
1斎藤昇昭和2年(1927年)昭和23年(1948年)3月7日厚生大臣・運輸大臣正三位勲一等
2石井榮三昭和7年(1932年)昭和30年(1955年)7月1日(社)全日本指定自動車教習所協会連合会会長正四位勲二等
3柏村信雄昭和9年(1934年)昭和33年(1958年)8月29日海外移住事業団理事長従三位勲一等
4江口俊男昭和10年(1935年)昭和38年(1963年)5月10日公害防止事業団理事長勲一等
5新井裕昭和12年(1938年)昭和40年(1965年)5月19日(財)警察協会会長従三位勲二等
6後藤田正晴昭和14年(1939年)昭和44年(1969年)8月12日内閣官房長官・副総理・法務大臣正三位勲一等
7高橋幹夫昭和16年(1941年)昭和47年(1972年)6月24日(社)日本自動車連盟会長勲二等
8淺沼清太郎昭和17年(1942年)昭和49年(1974年)10月9日阪神高速道路公団理事長
9山本鎭彦昭和18年(1943年)昭和53年(1978年)6月1日ベルギー王国駐箚特命全権大使勲二等
10三井脩昭和21年(1946年)昭和56年(1981年)6月2日(財)日本道路交通情報センター理事長正三位勲二等
11鈴木貞敏昭和23年(1948年)昭和59年(1984年)9月25日参議院農林水産委員長勲二等
12山田英雄昭和28年(1953年)昭和60年(1985年)8月27日(財)公共政策調査会理事長勲二等
13金澤昭雄昭和29年(1954年)昭和63年(1988年)1月22日自動車安全運転センター理事長勲二等
14鈴木良一昭和31年(1956年)平成2年(1990年)12月7日警察共済組合理事長勲二等
15城内康光昭和33年(1958年)平成4年(1992年)9月18日ギリシャ共和国駐箚特命全権大使
16國松孝次昭和36年(1961年)平成6年(1994年)7月12日スイス連邦駐箚特命全権大使
17関口祐弘昭和38年(1963年)平成9年(1997年)3月31日警察共済組合理事長従三位(瑞重)
18田中節夫昭和41年(1966年)平成12年(2000年)1月11日(社)日本自動車連盟会長
19佐藤英彦昭和43年(1968年)平成14年(2002年)8月2日警察共済組合理事長
20漆間巌昭和44年(1969年)平成16年(2004年)8月13日
21吉村博人昭和46年(1971年)平成19年(2007年)8月16日（現職）