日本では、証券取引所は金融商品会員制法人（旧称: 証券会員制法人）または株式会社でなければ開設できない（金融商品取引法に規定）。金融商品会員制法人とは、金融商品取引業者（証券会社など）を会員とする社団である。以前は全ての証券取引所が証券会員制法人であったが、2001年4月に大証、同年11月に東証、2002年4月に名証がそれぞれ株式会社に組織変更している。ジャスダックも株式会社形態である。
また、近年は私設取引システム（PTS）による取引形態も現れてきた。私設取引システムは1998年12月施行の金融システム改革法で証券会社にその開設と運営が認められたもので、時間外取引市場（主に夜間）として機能している。
証券取引所では売買立会い時間が定められており、日本の場合、通常は午前9時から午後3時まで行われる。その内午前9時から11時を「午前立会い」（前場）、午後12時30分から3時を「午後立会い」（後場）と称している。なお、毎年通常1月4日に開かれる大発会と、12月30日の大納会の開催日は前場のみで後場の立会いは行われない。しかし、取引の電子化により半日にする意義が薄れたため、現在半日立会いを廃止する方向で議論が進んでいる。
日本の場合、1989年1月までは土曜日（第2土曜日は全面休場）にも前場のみ取り引きが行われたが、金融機関の完全週休二日制への移行に伴い、現在は毎週土曜日・日曜日・祝日・12月31日〜1月3日は全面休場となっている。
天災・戦争・元首の死去等の国家的事態が発生した場合に臨時に休場となる場合もある。日本では1989年1月7日の昭和天皇逝去や、1995年1月17日には阪神・淡路大震災のため大阪証券取引所のみ全日休場となったことがあった。
2001年のアメリカ同時多発テロ発生の際には、被害を受けたニューヨーク世界貿易センタービル（WTC）近在にあるニューヨーク証券取引所を含め、アメリカのすべての証券（金融）市場が数日間に渡り停止したことがある。
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