西港は舞鶴城の城下町として発展してきたため、江戸時代より商港として発展してきたが、1989年に舞鶴若狭自動車道・舞鶴西ICが開通したことにより、物流の要として注目されている。現在、平成20年初頭の完成を目指して、国際多目的ターミナル・和田埠頭（仮称）が建設中であり、埠頭完成時には5万トン級のフルコンテナ船が就航でき、また埠頭から高速道路へ直接アクセスできる国道27号バイパス「西舞鶴道路」も計画中であり、国際物流港としての重要性がますます高まりつつある。また港内には舞鶴港湾合同庁舎内に海上保安庁第八管区海上保安本部もある。
また西港地区は漁港漁場整備法における舞鶴漁港を内包し（法的にはこの区域は舞鶴港ではない）、大型定置網漁船の拠点となっている。舞鶴市により、海産物即売所である舞鶴港とれとれセンターが建てられている。
2004年（平成16年）9月30日には、生活道路たる国道の扱いで存続し70年の歴史を持つ舞鶴湾内連絡船が、利用者の減少と船の老朽化により廃止された。
国際貨物航路
中国定期航路（舞鶴－上海・大連・青島）－週1便運行。運航会：神原汽船。
韓国定期航路（舞鶴－釜山）－週2便運行。運行会社：興亜海運。
ウラジオストク航路（舞鶴－ウラジオストク）－今秋にも開設予定。運行会社：大宇ロジスティックス。
ナホトカ定期航路（舞鶴－ナホトカ）－月1便運航。運航会社：飯野海運。
日中・日本海定期航路（舞鶴－清津・ボストチヌイ）－月2便運航。運航会社：商船三井、FESCO、東海運。
国際旅客航路
ウラジオストク航路（舞鶴－ウラジオストク）－今秋にも開設予定。運行会社：大宇ロジスティックス。
国内航路
日本海フェリー航路（舞鶴－小樽）－毎日運行。運行会社：新日本海フェリー。
日本海フェリー航路（舞鶴－苫小牧）－不定期。運行会社：新日本海フェリー
海事機関
第八管区海上保安本部
舞鶴保安部
第八管区情報管理センター（旧舞鶴情報管理センター）
舞鶴海上保安航空支援センター（北近畿海上保安航空支援センター）
国土交通省舞鶴海運支局
大阪税関舞鶴税関支署
大阪入国管理局舞鶴港出張所
大阪検疫所舞鶴出張所
神戸植物防疫所舞鶴出張所
近畿地方整備局舞鶴港湾事務所
舞鶴海洋気象台
北朝鮮との関係
舞鶴港は、北朝鮮からの入港隻数が252隻と国内最多であり、国内2社が接岸・荷役業務を行っていたが、うち1社は拉致問題の高まりを受けて取引を停止した。残る日本通運舞鶴海運支店も北朝鮮によるミサイル発射後、北朝鮮との取引を停止していたが、2006年7月28日より舞鶴港に北朝鮮からの貨物船が荷降ろしを始めている。2006年10月の北朝鮮による地下核実験の実施に伴い、国内への北朝鮮籍の入港は禁止されることとなる見通しである。
沿革
1901年（明治34年）：舞鶴鎮守府開庁。
1922年（大正11年）：内務省、舞鶴西港を指定港湾に指定。
1945年（昭和20年）：舞鶴地方引上援護局が設置される。
1951年（昭和26年）：重要港湾に指定される。
1952年（昭和27年）：舞鶴東港に海上警備隊（海上自衛隊）を設置。
1958年（昭和33年）：ナホトカ定期航路開設。
1970年（昭和45年）：舞鶴～小樽間に新日本海フェリーが就航。
1985年（昭和60年）：舞鶴港線廃止。
1986年（昭和61年）：日中・日本海定期航路開設。
1990年（平成02年）：韓国・プサン定期航路開設。
1995年（平成07年）：FAZ(輸入促進地域)の指定を受ける。
1997年（平成09年）：FAZ施設として舞鶴21が開業。
1999年（平成11年）：大連・青島定期コンテナ航路開設。
2005年（平成17年）：航路再編が行われ、舞鶴～上海間が直通に。
2007年（平成19年）：神原汽船の日中定期コンテナ航路が開設。