日本海に面する舞鶴港は、若狭湾西部の舞鶴湾にあり、外海に対して入り江になっているため、比較的天候に左右されにくく、天然の良港として知られているが、港湾自体は大きく分けて東港と西港に分けられる。

なお、2005年（平成17年）に、共同通信社と全国地方新聞社連合会が企画・編集した「地域を元気にした港50選」のひとつに選ばれている。

舞鶴東港ユニバーサル造船舞鶴事業所

東港は1901年に軍港に指定され鎮守府が開設されて以来、日本海軍が港湾のみならず、本来単なる入り江に過ぎなかった東舞鶴地区の土地造成も行い、現在でも海上自衛隊の第3護衛隊群や舞鶴地方隊などが基地を構え日本海側防衛の重要拠点となっている。近年では北朝鮮の工作船事件などで軍事上の重要度が高まり、舞鶴飛行場が建設され舞鶴航空隊や特別警備隊が配備された。

また東港では旧帝国海軍舞鶴工廠の伝統を受け継ぐ造船所があり、自衛隊桟橋の先に造船ドックを見ることができる。

舞鶴フェリーターミナル

東舞鶴駅より2.3km先にある前島埠頭に設置されている。公共交通機関でのアクセスは通常はないが、夏季等繁雑期のみフェリー発着時間に合わせて東舞鶴駅より路線バスの運行が行われることがある。また新大阪駅からの連絡バスが繁雑期以外にも運行されていることが多いため比較的使いやすい。タクシーで東舞鶴駅まで約5分ほどかかる。車の場合舞鶴東インターチェンジより約15分程度。以前は西港の舞鶴港湾合同庁舎付近がフェリー埠頭であり、東港の前島埠頭付近に海保が常駐していた。

新日本海フェリー

舞鶴港 - 小樽港（週6便運航）

舞鶴港 - 苫小牧港（不定期）

観光名所・遺跡国の重要文化財にも指定される舞鶴赤レンガ倉庫群

東港は前述の通り、明治時代より軍港として発展してきた関係から、多くの旧日本海軍関連の遺跡を有している。特に近年では舞鶴赤レンガ倉庫群などでは映画の撮影なども行われるなどしている。他にも世界中の煉瓦を集めた赤れんが博物館や、舞鶴市の歴史や風俗を展示した舞鶴市政記念館なども整備されており、観光名所ともなっている。また2008年（平成20年）には国の重要文化財に指定される見込み。春には引揚記念公園、共楽公園、円山公園、夕潮台公園などの桜が市民にも親しまれている。

舞鶴西港・舞鶴漁港舞鶴西港の第八管区海上保安本部舞鶴漁港（国道177号起点付近）

西港は舞鶴城の城下町として発展してきたため、江戸時代より商港として発展してきたが、1989年に舞鶴若狭自動車道・舞鶴西ICが開通したことにより、物流の要として注目されている。現在、平成20年初頭の完成を目指して、国際多目的ターミナル・和田埠頭（仮称）が建設中であり、埠頭完成時には5万トン級のフルコンテナ船が就航でき、また埠頭から高速道路へ直接アクセスできる国道27号バイパス「西舞鶴道路」も計画中であり、国際物流港としての重要性がますます高まりつつある。また港内には舞鶴港湾合同庁舎内に海上保安庁第八管区海上保安本部もある。

また西港地区は漁港漁場整備法における舞鶴漁港を内包し（法的にはこの区域は舞鶴港ではない）、大型定置網漁船の拠点となっている。舞鶴市により、海産物即売所である舞鶴港とれとれセンターが建てられている。

2004年（平成16年）9月30日には、生活道路たる国道の扱いで存続し70年の歴史を持つ舞鶴湾内連絡船が、利用者の減少と船の老朽化により廃止された。

就航している定期航路

国際貨物航路

中国定期航路（舞鶴?上海・大連・青島）?週1便運行。運航会：神原汽船。

韓国定期航路（舞鶴?釜山）?週2便運行。運行会社：興亜海運。

ロシア定期航路（舞鶴-スラビヤンカ）-週1便、RORO船にて運行。運行会社：神原汽船。

ウラジオストク航路（舞鶴?ウラジオストク）?今秋にも開設予定。運行会社：大宇ロジスティックス。

ナホトカ定期航路（舞鶴?ナホトカ）?月1便運航。運航会社：飯野海運。

日中・日本海定期航路（舞鶴?清津・ボストチヌイ）?月2便運航。運航会社：商船三井、FESCO、東海運。

国際旅客航路

ウラジオストク航路（舞鶴?ウラジオストク）?今秋にも開設予定。運行会社：大宇ロジスティックス。

国内航路

日本海フェリー航路（舞鶴?小樽）?毎日運行。運行会社：新日本海フェリー。