市役所本庁は東舞鶴にある。
市長：齋藤彰（さいとう あきら）2007年2月11日の市長選挙にて当選
市議会：30名
市職員数 1,062人（2005年度）
代氏名前職出身
初代立花 一東舞鶴市長 海軍少将鹿児島市
2川北 正太郎国会議員（衆院議員）西舞鶴
3柳田 秀一医師西舞鶴
4嵯峨根 達雄舞鶴市助役東舞鶴
5-10佐谷 靖医師西舞鶴
11立道 團造舞鶴市助役東舞鶴
12-15町井 正登舞鶴市助役綾部市
16-18江守 光起京都府議会議員東舞鶴
19齋藤 彰京都府議会議員西舞鶴
2002年（平成14年）11月17日の市議会議員選挙では30名の定員に対して31人が立候補し少数激戦となった。舞鶴でも国政と同じく自民党と民主党がともに公認・推薦候補を擁立し、いずれも当選している。現在において与党的な立場にある保守2会派に加え、民主党系の翔友会も市長の市政運営を評価している。なお、2005年12月に無所属議員らによって新会派・市民フォーラム・舞鶴が結成された。現在の市議会においては日本共産党を除く各政党でオール与党体制を構築しているといわれている。
2006年（平成18年）11月19日の市議会議員選挙では30名の定員に対して32人が立候補、前回に引き続き少数激戦となり、総じて市長与党的な立場にある保守系議員が得票を伸ばした。なお、この後の議会より特別委員会を、従来の4特別委員会から3特別委員会に再編した。
2007年（平成19年）2月11日の市長選挙では現職の江守光起が引退を表明した事から、市立舞鶴市民病院の諸問題（民間病院への業務委託の是非）と江守市政の継続を唱えて谷垣禎一・伊吹文明ら国会議員と一部の府会議員および自民党が推薦した前助役、元市民病院院長や元舞鶴市長（故人）の親族の応援を得て無所属で出馬した元舞鶴市会議員で前府会議員の斎藤によって保守分裂し、更に国会議員の福山哲郎が後押しする民主党候補の他、共産党候補と合わせて4名が立候補して激しい選挙戦となったが結果は斎藤が当選。今後の市政が注目されている。
会派名議席数代表者
創政クラブ11藤田正一
鶴声クラブ5桜井裕
公明党4上羽和幸
日本共産党4小杉悦子
翔友会3鳥居文子
市民フォーラム・舞鶴2（未定）
議会の構成
常任委員会
総務文教委員会（8名）
経済消防委員会（7名）
民生労働委員会（8名）
建設委員会（7名）
議会運営委員会（10名）
特別委員会
火電・企業誘致・雇用促進特別委員会（9名）
由良川対策特別委員会（9名）
港湾・交通対策特別委員会（10名）
舞鶴市選挙区選出の府議会議員
岡本忠藏（無所属）
千歳利三郎（自民）
中島則明（無所属）
※五十音順、2007年4月8日の府議会選挙による
予算完成したまいづる智恵蔵
2007年度（平成19年）の一般会計予算は322億3403万円で、医師不足で機能縮小を余儀なくされている舞鶴市民病院への補助助成や舞鶴港貿易振興事業費などに重点をおくもので、対前年比で0.4％の減少であった。そのうち市税等の自主財源は2004年に関西電力の火力発電所稼動にともない固定資産税が大幅に増加したことから54.1％まで上昇した。また特別会計予算は353億4100万円で、そのうち民生費が30.9％、土木費が15.2％であった。
個別事業では和田埠頭整備促進を含む、舞鶴港貿易振興事業費に2億円。2007年（平成19年）4月にオープンするまいづる智恵蔵の管理運営に2,400万円、倉谷工業団地に進出したケンコーマヨネーズ社西日本工場への補助金など企業誘致に2億7,750万円、病院事業会計に30億4,606万円、次期埋立処理場整備事業に4億6,243万円などを計上した。
市債残高は19年度末で718億円と対前年比2億円の減少。基金・積立金は122億円となる見込み。京都府北部では最も財務内容は良好な自治体ではあるが、人口減少や舞鶴市民病院等、将来に不安な要素な多く、舞鶴市は今後も行政改革に取り組む方針である。
舞鶴市は、京都府北部の経済・行政の中心都市として、また舞鶴港を擁することから多くの国の出先機関が置かれている。京都地方裁判所舞鶴支部は、北部の4支部のなかで唯一、地裁の合議事件、家裁の少年事件を受け持っている他、法務省管轄施設である拘置所も北部では唯一、舞鶴拘置支所だけにある。
海上自衛隊 舞鶴地方総監部
海上保安庁 第八管区海上保安本部（島根県から福井県までの海域を担当）
京都地方裁判所 舞鶴支部、京都家裁・舞鶴支部、舞鶴簡易裁判所
京都地方検察庁・舞鶴支部
京都地方法務局・舞鶴支局／舞鶴拘置支所
大阪入国管理局 舞鶴港出張所
大阪税関・舞鶴税関支署
国土交通省 近畿運輸局・京都運輸支局
農林水産省 神戸植物防疫所・大阪支所舞鶴出張所
舞鶴税務署
舞鶴海洋気象台
財務省 近畿財務局 舞鶴出張所
国土交通省 近畿地方整備局 舞鶴港湾事務所
防衛省近畿中部防衛局舞鶴防衛事務所
