舞鶴市は、京都府北部の経済・行政の中心都市として、また舞鶴港を擁することから多くの国の出先機関が置かれている。京都地方裁判所舞鶴支部は、北部の4支部のなかで唯一、地裁の合議事件、家裁の少年事件を受け持っている他、法務省管轄施設である拘置所も北部では唯一、舞鶴拘置支所だけにある。
海上自衛隊 舞鶴地方総監部
海上保安庁 第八管区海上保安本部（島根県から福井県までの海域を担当）
京都地方裁判所 舞鶴支部、京都家裁・舞鶴支部、舞鶴簡易裁判所
京都地方検察庁・舞鶴支部
京都地方法務局・舞鶴支局／舞鶴拘置支所
大阪入国管理局 舞鶴港出張所
大阪税関・舞鶴税関支署
国土交通省 近畿運輸局・京都運輸支局
農林水産省 神戸植物防疫所・大阪支所舞鶴出張所
舞鶴税務署
舞鶴海洋気象台
財務省 近畿財務局 舞鶴出張所
国土交通省 近畿地方整備局 舞鶴港湾事務所
防衛省近畿中部防衛局舞鶴防衛事務所
厚生労働省舞鶴社会保険事務所
府の機関
京都府中丹広域振興局
京都府中丹東保健所
京都府中丹東土木事務所
京都府港湾事務所
京都府道路公社綾部宮津道路管理事務所
舞鶴市は戦前・戦中は鎮守府も置かれ、軍都として軍需産業、また戦後は臨海型重厚長大工業都市として、北近畿最大の経済規模を有する。しかしながら現在は産業構造の変化や、慢性的な土地不足のため経済は停滞気味である。近年は海上自衛隊舞鶴総監部の増員などがあるものの、舞鶴に立地している企業の支店統合等により人口の減少が続き、1975年（昭和50年）の人口97,780人と比べると現在は約3％減少している。
舞鶴都市圏は舞鶴市全域を含め福井県大飯郡高浜町の全域とおおい町の一部、綾部市・宮津市の一部を含んでおり、商圏人口は約12万人である。1995年に「らぽーる」（後述）が出来るまでは、大規模小売店は西舞鶴に一箇所（さとう舞鶴店）しか無く、駅前商店街（東舞鶴：三条・八島・大門商店街、西舞鶴：マナイ商店街）が競争とは無縁な経営を続けていた。
近年では東舞鶴駅前に平和堂系列の「らぽーる」（本社：舞鶴市、1995年開業）が進出し、西舞鶴にも駅東側にさとう系列の「バザールタウン舞鶴」（2000年開業）、駅前に「さとう舞鶴店」が出店しており、また東西両舞鶴市街地を結ぶ白鳥街道（京都府道28号小倉西舞鶴線）沿いや、西舞鶴の国道27号線沿いには郊外型飲食店や娯楽施設、大規模小売店などが立地するなど、北近畿の商業地域として近隣市町村にその商圏を広げている。それを受けて、前述の駅前商店街は衰退の一途を辿り、空店舗が目立つようになっている。また、ローソンを始めとする24時間営業のコンビニも出店している。
なお、前述した白鳥街道にはバイパス計画や4車線化計画があるものの、既に市街地が形成されていることなどから事業が進んでおらず、白鳥街道の旧道を拡張しバイパスとする新たな道路計画がある。
舞鶴市は戦中の一時期は人口20万人を数える日本海側での一大工業都市であったが、現在では相対的に地位が低下している。しかしながら今なお京都府北部では経済的中心都市として重要な地位を占めているばかりか、府や国土交通省などが、船舶の大型化や荷役のコンテナ化に対応する港湾にするべく「和田埠頭」（仮称）を整備中である。
なお、中心市街地の人口は1985年度の約8,400人から2000年度には約6,300人に減少しており、また実質商品販売額も約170億円から約110億円と35％も減少しており、市と京都府ではその活性化に力を注いでいる。現在は東舞鶴駅前を中心に高層マンションが建設されている。
舞鶴市の製造業事業所数は2002年現在で326ヶ所、建設業事業所数は531ヶ所、卸小売・飲食店数は2,390ヶ所である。そもそも舞鶴市の産業は造船やガラス、木材を中心とした臨海型の重厚長大産業が中心であり、近時では造船業の好況で活気がある。製造業全体では2700億円の経済規模があり、北近畿では最大の規模であるものの、大企業を除くと650億円しかなく、中小零細企業は少ない。ちなみに工業製品別では第1位が窯業（ガラス）で、約800億円規模であり、続いて飲料缶、輸送機器（造船）、木材産業となっている。
なお第一次産業への従事者は約3,400人で全体の7.3％、第二次産業は約14,300人で29.9％、第三次産業では約30,000人で62.8％であり、近隣市町村と比べるとサービス業を中心とした第三次産業が盛んであり、商業の街であるとも言える。
最近の大規模な企業進出例として、1990年（平成2年）倉谷地区に市が造成した倉谷工業団地に進出した大手清涼飲料メーカーと大手化粧品メーカーや、2004年（平成16年）12月に喜多工業団地へ誘致成功した日本交通の他、2006年には倉谷工業団地の資生堂跡にケンコーマヨネーズが進出することが決定している。
