詳細は災害派遣を参照
自衛隊の災害派遣は自衛隊法第83条によって定められており、天災人災を問わず災害時に各都道府県知事、災害対策本部長などの要請によって防衛大臣やその指定するもの部隊等に出動を命令し、救済活動を行う。災害に際し、要請を待ついとまがない緊急事態と考えられる場合（震度5弱以上など）は要請を待たないで情報収集や救助のため部隊を派遣することができる。災害派遣には大規模災害派遣、原子力災害派遣が含まれている。 なお、震災直後の市街地における消火任務は自衛隊に課されていない為に、林野火災において中核的役割を果たしてきた自衛隊大型ヘリコプターによる空中消火体制は整備されていないため、都市における大規模災害時の消火能力には懸念も出されている。災害派遣は地震、台風などの大雨の際、また三宅島や大島の噴火の際などでも行われた。また地下鉄サリン事件や日本航空123便墜落事故など消防のみでは対処が困難な大きな事件、事故の際にも出動している。離島からの急患輸送や遭難者の捜索も災害派遣扱いとなる。
上記の命令系統と異なる災害派遣として防衛省施設などの近傍における火災（災害）がある。近傍火災は自衛隊法第83条第3項に定められており、近傍において火災その他の災害が発生した場合、部隊長が必要に応じて部隊の派遣を行うことができる。
災害派遣の件数は毎年約800回前後で、平成16年度では急患輸送が年616回、次いで消火支援が102回（うち近傍火災が92件）で、その他すべてをあわせ自衛隊全体で884回出動している。過去最大の災害派遣は1995年の阪神・淡路大震災で、のべ約225万人が派遣されている。
詳細は治安出動を参照
自衛隊の治安出動は自衛隊法第78条および第81条によって定められており、第78条では命令による治安維持を定めている。内乱や騒擾状態など何らかの理由により警察力のみでの治安維持が不可能となった場合に内閣総理大臣の命令により出動する。国会の承認は命令出動後20日以内に付議される。
第81条では都道府県知事からの要請を受けた場合の治安維持を定めており、国会の承認は必要なく内閣総理大臣の命令によって出動を行う。基本的に治安維持活動の場合警察官職務執行法を準用する。この治安出動は、1960年代の安保闘争の際、発動が検討されたが、実際には出動しなかった。
国民保護法並びに自衛隊法の一部を改正する法律により、改正されたいわゆる改正自衛隊法第75条には、自衛隊の新たな出動体制として国民保護等派遣の業務が加わることとなった。
武力攻撃やテロなどが発生した際、都道府県知事の要請に基づき、防衛大臣の命で国民保護のための措置をとることができるとされた。国民保護派遣ではなく、国民保護「等」派遣として規定されているのは、国民保護法が想定する事態として武力攻撃のみならず、テロに際しても武力攻撃事態に準じた措置がとれるように柔軟な表現を採ったため。
この国民保護等派遣において自衛隊が果たす役割としては、武力攻撃事態等又は緊急対処事態において、避難住民の誘導、集合場所での人員整理、避難状況の把握などの他、避難住民への食料品及び飲料水の供給、物資の供給、医療活動、捜索及び救出などの活動が主に期待されている。その他にも、武力攻撃災害などへの対処、被災状況の把握や人命救助活動、消防及び水防活動、NBC汚染対処などが想定され、また、武力攻撃災害などの応急の復旧において危険な瓦礫の除去、施設などの応急復旧、汚染の除去なども想定されている。
<--!しかし、外国からの侵略や攻撃といった、いわゆる武力攻撃事態に際して自衛隊における最優先の任務は敵の防除にある（防衛出動）。特に防衛出動に際しては、武力攻撃の規模の大きさに応じて自衛隊の国民保護等派遣のための人員は制限せざるを得ず、いわゆる警察・消防・国民による民間防衛によって、なるべく地域や国民による自己救済能力を確保していくことが求められる。←現状では特定の主張（自己救済すべきだ）を推進するための理論組み立てによる独自研究、演説に該当。要出典-->
改正自衛隊法では、第75条において即応予備自衛官、予備自衛官の国民保護等派遣が可能となる。
国民保護等派遣における自衛隊の権限は、警察官職務執行法の避難等の措置、犯罪の予防及び制止、立入、武器の使用の権限を行使することができるいわゆる警察官としての権限を行使できる他、市町村長などがその場にいない場合に限り、自衛官は退避の指示、応急公用負担、警戒区域の設定、住民などに対する協力要請などの権限を行使することができるとされている（警察官#警察官職務執行法参照）。
詳細は領空侵犯を参照
領空侵犯に関しては、自衛隊法第84条により防衛大臣は他国の航空機が国際法などに違反して日本の領空に侵入した場合、若しくは領空侵犯の畏れがある場合にこれを阻止する措置を行うことが出来る。領空侵犯に対する措置では領空侵犯機を日本の空港に着陸させるか日本の領空から退去させるために必要な無線による警告、誘導、武器による警告などの措置をとることができる。
スクランブルは冷戦期には最高で年1,000回近く行なわれていたが、冷戦後は比較的少なくなりおおよそ年100回?200回程度となっている。飛行機は高速で移動するので、単純に領空侵犯が行なわれた時点でスクランブル発進するのではなく、防空識別圏（ADIZ：air defense identification zone）に入った時点で発進し、実際に領空侵犯が起きるのは年数回程度である。2004年現在、領空侵犯機に対して警告射撃を行なったのは1987年に起きた沖縄本島上空におけるソ連機侵犯事案の1回のみである。スクランブルは、領空侵犯の恐れのある機に対する発進のほか、ハイジャックなど非常事態が起こった民間機のエスコート（護衛・誘導）などにも行われる。
詳細は自衛隊海外派遣を参照
1980年代までは、専守防衛論議とのからみで、部隊の海外派遣は行われなかった。冷戦終結に伴う、国際政治環境の変化を受けて、湾岸戦争後の1992年のペルシャ湾への掃海艇派遣（自衛隊ペルシャ湾派遣）を皮切りに、それ以降PKO協力法に基づくカンボジアや東ティモールなどへのPKO業務、国際緊急援助隊業務を行っている。
その他に、自衛隊はアメリカ同時多発テロ事件を受けテロ対策特別措置法によりインド洋周辺にて補給艦による他国の艦船への燃料や物資の補給や輸送機による物資の輸送を行なっている。インド洋に派遣する船舶は補給艦2隻および護衛艦3隻以内と定められている。また輸送機においては輸送を行う航空自衛隊の部隊の自衛官の数に相応する数量の拳銃等の所持が認められている。