詳細は海上警備行動を参照
海上警備行動は自衛隊法第82条に定められており、海上における人命、財産、治安の維持のため特別の必要がある場合、防衛大臣が自衛隊に必要な行動をとるよう命じ、内閣総理大臣の承認を受ける。
海上警備行動は1999年3月23日から24日にかけて不審船（北朝鮮の工作船）が日本の領海内に侵入した事件（能登半島沖不審船事件）の際初めて発動され、この命令に基づき威嚇として護衛艦が計25回の射撃、対潜哨戒機P-3Cが計12発の対潜爆弾投下を実施した。また2004年11月10日に沖縄県先島諸島周辺で中国海軍の潜水艦が潜航状態で領海侵犯した事件の際にも発動され、哨戒機P-3C、対潜ヘリSH-60J、護衛艦「ゆうだち」「くらま」による追跡が行われた。
2004年の中国原子力潜水艦による領海内沈没航行事案を受け、政府は以後国籍不明の潜水艦が潜航状態で領海内に進入した場合、原則として海上警備行動を発令し、自衛隊が追跡を行うこととした。
弾道ミサイル防衛護衛艦「こんごう」からのRIM-161(SM-3)の発射
弾道ミサイル防衛(BMD)に関しては自衛隊法第82条の2に定められている。この条項は2003年に弾道ミサイル防衛システム導入が決定されたことを受け、2005年の法改正で整備された。2006年3月31日までに施行される予定となっている。
弾道ミサイル等の落下により人命または財産に対して重大な被害が生じると認められる事態に対して適用される条項で、内閣総理大臣の承認を得て防衛大臣が部隊に必要な措置をとることを命ずる。内閣総理大臣の承認を受ける暇がない緊急の場合にはあらかじめ作成された緊急対処要領に従って部隊に出動を命ずる。同条による措置がとられた場合、内閣総理大臣はその結果を国会に報告する必要がある。
各自衛隊は弾道ミサイル防衛に関する装備の整備を進めており、弾道ミサイルの探知手段としてイージス艦の改修と新型地上配備型レーダーの配備と既存レーダーの改修が行われる。また迎撃ミサイルとしてスタンダードミサイル SM-3とパトリオットミサイル PAC-3の配備を決定している。
自衛隊法第100条等にその他の活動に関する規定がある。主に以下のものが挙げられる。
政府専用機による要人の輸送。詳細は日本国政府専用機及び特別航空輸送隊を参照。
オリンピック、国民体育大会などのイベントの支援
南極地域の観測への協力
土木工事等の受託
また、広報活動として2泊3日程度の体験入隊（生活体験）が行われ、企業の研修などにも用いられている。申込は、各地方に設置された自衛隊地方協力本部に申し込むことになっている。周辺住民等を対象に施設見学会なども開催されている。
自衛隊は他国に侵攻せず防衛に徹するという専守防衛を基本戦略として組織されているため、攻撃よりも防衛に特化した兵器を開発、調達している。過去にはアメリカの戦闘機を輸入、ライセンス生産する際に対地攻撃能力や空中給油装置を取り外す措置を行ったり、輸送機を開発する際、周辺国の脅威になるという点からあえて航続距離を短くした例もある。
主力戦車など、兵器の能力は世界的にも一線級を維持しており、特に潜水艦技術では、通常動力型において世界最大級のそうりゅう型潜水艦を配備する。
装備は基本的に日本製とされている。日本に製造技術がない物の場合、既製品を輸入するよりもノックダウン生産やライセンス生産を選択し、保守や改良、後継品の国産化に役立つ工業技術の獲得、維持に努めている。武器輸出三原則および政府統一見解による武器輸出規制のため、輸出や量産ができず、結果として高価になった装備品があるため単に日本の防衛関係費と他国の軍事費は比較できない。
憲法解釈と専守防衛の理念、周辺情勢などに関連して航空母艦、戦略爆撃機、大陸間弾道ミサイルなどの配備の是非については議論がある。また、核兵器に対しては“防御用の小型核兵器であれば憲法解釈上は装備可能であるが非核三原則にもとづき装備はしない”という政府見解が出されている。
空中給油機の配備も困難とされてきたが、飛行訓練の効率化や海外派遣時の航続距離延長のため、KC-767空中給油機が配備される。 航空母艦については、対潜能力や輸送能力の向上を目的として、ヘリ空母に相当するひゅうが型護衛艦が導入された。
自衛隊の任務や体制にとって障害となる、他国に関する懸念事項および情勢。
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中国人民解放軍第二砲兵部隊は吉林省通化基地の中距離弾道ミサイルを配備していて、日本に対して核ミサイルの照準を合わせていると見られている[要出典]。
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