自衛隊法第46条により、隊員が次の各号のいずれかに該当する場合には免職、降任、停職、減給又は戒告の懲戒処分をすることができる。
職務上の義務に違反し、又は職務を怠つた場合
隊員たるにふさわしくない行為のあつた場合
その他この法律若しくは自衛隊員倫理法 （平成十一年法律第百三十号）又はこれらの法律に基づく命令に違反した場合
なお、これは人事記録上の措置であり、これに至らない軽微なものは所属長の判断により、指導の延長として外出を禁ぜられる等の処置がとられる。一例としては、軽微な交通違反、官品の破損・紛失、職務上のミスなどであるが、あくまで現場の判断による。
自衛官は、慢性的に人材不足である。
一般2士での入隊では、陸自が2年（海自・空自が3年（初任期のみ））1任期として扱う、いわば契約社員である。一旦退職金の支給を受けることもできる（満期金と呼ぶ）。これにより、若年層の隊員を大量に確保することで戦力の維持向上を図るとされる。しかし、近年の少子高齢化の時代においては様々な問題もある。以前は自衛隊の除隊後は再就職も容易であったが、近年は景気の伸び悩みにより再就職先の確保も難しい状態が続いている。
さらに、曹以上のいわゆる職業軍人であっても定年は早く（概ね50代前半）、再就職に関してはこちらの方が事態は深刻である。これまで日本経済は拡大傾向にあったため深刻な問題は生じなかったが、現在は状況が一変している。除隊後、年金の支給まで10年以上待たねばならないためこの間の再就職は必須とも言えるが、自衛隊に寄せられる求人は多くが肉体労働主体である。
特殊な勤務環境とその閉鎖性から、メンタルヘルスは重要な課題である。自衛官の自殺は2004年からは3年連続で年間100人を超え、2007年度は上半期だけで53人が自殺しており、これは一般職国家公務員の自殺者数の2倍強となる。原因は半数以上が「不明」と発表されている。一般に、人は「職場」「地域」「家庭」という三つの要素により人間関係を構成するが、自衛官における人間関係は「職場」のみとなりやすい。外出に許可が必要な営舎内居住では地域コミュニティーへの参加は困難であり、また独身者ならば家庭というものも存在しない。人間関係が上手くいっている状態なら良いが、職場の人間関係のトラブル、いじめ等が生活の全てに影響してしまうために逃げ場がなく、深刻な事態を招く。また、精神的な疾患等で通院し薬を処方された場合「職務遂行に堪えられない」という名目で上司より依願退職するよう勧奨させられる事があり、精神科通院への抵抗感が強いが、部内カウンセラー制度の導入や相談ダイヤルの設置などは行われている。2003年まで、自衛官の自殺に公務災害が適用されたのは2件となっている。
脚注^ ⇒第72回国会衆議院決算委員会第9号（昭和49年4月24日）大西政府委員答弁
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