日本においては、歴史的に自殺がひとつの文化として捉えられている[26]。日本の文明が始まる頃から自殺は行われていたとされており、文字が書かれた頃から文献として多数自殺の記録が存在している。
明治天皇崩御のおりに乃木希典夫妻の殉死が行われるなど、特定条件下での自殺は美談として扱われた。切腹・心中・特攻・自爆・殉死など、自殺に准じる行為が様々な状況で扱われている。また、近現代においても、切腹を中心として話が進む様な文芸作品は、田宮虎彦の『鷺』など幾つも存在する。
明治以来日本の自殺率は上昇し、1936年に戦前のピークに達した。その後戦争の影響で減少した。自殺率が戦前の水準を回復したのは1950年代である。1958年には25.7人と2008年現在に至るまで過去最高の数値を記録している。高度経済成長の時期は減少に転じた。1973年のオイルショックの頃から再び増加したが、1980年代後半からのバブル経済期には減少した。バブル崩壊後の1990年代後半に急激に上昇した。
1998年から自殺者数が3万人以上に増加した。それまで約2?2.5万人程度であった年間の自殺者数は、1998年を境に急増して3万人を超え、それ以降3万人超となっている。自殺者の70%以上が男性であり、1998年以降、自殺者数が急増した要因も男性、特に中高年男性の自殺増加によるものであった。2003年には、年間自殺者数が3万4千人に達し、統計のある1897年以降で最大となった。自殺率も27.0と過去最大となった。なお、女性より男性のほうが自殺者数が多いのは、女性はたとえ無職でも独身であっても家族や社会の状況に組み込まれて保護されているが、男性は無職だったり独身であったりすると、社会的に孤立を余儀なくされるためと考えられる[27]。
膨大な数の統計学的・疫学的研究は、文化（宗教・教育）と生活様式（都会暮らしか田舎暮らしか）と家族の状態（独身か既婚か）、社会的状況（失業者や囚人など）が自殺行為に重要な意味を持つことを明らかにしている[28]。自殺者数の動向については、過去にも1958年と1983年に一時的に増加する動きがあったが、1998年以降の自殺者数の増加については、過去のものとは動向が違い、経済・社会的な要因が影響している可能性があることが指摘されている（詳細は「平成10年(1998年)以降の自殺死亡急増の概要」（国立保健医療科学院）を参照）。
自殺者が多い曜日は月曜日である。これはサザエさん症候群（ブルーマンデー症候群）の影響があると見られる。逆に少ない曜日は土曜日で、男女ともに同じ傾向である。また、月別では5月が一番多い（月別については、「平成10年(1998年)以降の自殺死亡急増の概要」（国立保健医療科学院）を参照した）。
年齢別に見ると、40代から60代前半にかけてが自殺率は最も高い[29]（2003年度資料）。 40代から50代にかけては、経済的な理由などから生活苦に陥り、それがもとで自殺に追い込まれるケースが多い。そのために過労自殺を行うのもこの年齢層が多い。 しかし60代以上になると経済的な理由よりも健康面での不安が自殺の理由になることが多く、40代50代と同様に自殺率は高くとも、その理由は別のところに現れてくるので注意が必要である。
ちなみに、割合としてはもっとも低いのが20歳未満の自殺であるが、20歳未満では学校生活を行っているため、他の年齢層と違って学校での問題が自殺の原因のトップになっているほか、思春期も重なるために失恋等男女問題も他の年齢層より大きな割合を占めている[29]。
とりわけ学校での問題は20歳未満でトップの割合を占めているが、これは複雑化した学校でのいじめによるものばかりではなく、親の叱責や暴力、教師による暴力的・精神的・性的な嫌がらせが原因であったり、あるいは過度に自己中心的な親に疲れたなど様々な理由がある。 この様々な理由が、同時にこの年代の自殺率を減らす障壁となっている。 特に現行法のもとでは、親権を持つ保護者（親）が、子供がいじめにあっているはずがない、自分が子供を責め立てていることはないなどと否認してしまった場合、自治体や警察、子供の保護施設やボランティアは、裁判所の許可が下りない限りそれ以上手を出すことが困難なことも壁の1つである。
これらについては「自殺の原因」においても後述する。
現在の日本においても、自殺は犯罪とはされていない。しかし、飛び込み自殺などにより第三者に被害が発生した場合などには、被疑者死亡で送検され、遺族に損害賠償が発生する可能性がある。また、他人の自殺に関与することは犯罪（自殺関与罪、自殺幇助罪）とされる。また、本人の依頼がある場合でも、人を殺害すること（同意殺）は犯罪と扱われる。
2005年7月、参議院厚生労働委員会で「自殺に関する総合対策の緊急かつ効果的な推進を求める決議」がなされ、同年9月には第1回「自殺対策関係省庁連絡会議」が開催された。しかし、後述の日本における行政の課題も示すように、課題も多い。高い水準で経過する自殺者数を受け、2006年10月28日、自殺対策基本法が施行された。
若年層の学生については、イメージとしては入学試験や単位認定といった学業、就職活動や資格取得などの進路や、ちょうどこの時期に思春期を迎えるために失恋などが一般的に言われる。実際には、文部科学省の「生徒指導上の諸問題の現状について」によれば、2004年度については一番の原因は「厭世」で、以下「父母等の叱責」「精神障害」「進路問題」「学業問題」「恋愛」の順となっている。
また、インターネットをきっかけとする自殺がある。一つは、インターネット上で知り合った者同士が一緒に自殺をするものである。これは、七輪と練炭を用いた一酸化炭素中毒死であること、初めてあった人物と死を選ぶことの奇異性などからマスコミが大きく報道し、全国に知れ渡った。もう一つは、インターネット上での誹謗中傷等により苦痛を受けて自殺に及ぶ事例である。これは、山梨県における女子高生の自殺未遂等の例である。韓国でも、ネットでの中傷をきっかけとした人気芸能人の自殺が相次いでおり、ネット実名制が部分的に導入されることとなった。
中高年男性については、疾病等健康問題、経済的困難が多い。リストラ、無理な住宅ローン返済などが影響しているとの見方が強く、不況になるとリストラが増えることから指標として取り上げられることがある。
他には、職場での人間関係、パワーハラスメントなどによるものや、いわゆるサラ金からの過酷な債権回収が遠因とされるものも数多くあると考えられている。