術後早期に問題となるのが縫合不全、吻合部狭窄である。手術中に膵臓の周囲を操作するため、目に見える範囲で損傷がなくても膵臓から消化酵素を含む膵液が漏れだし、膵液漏という状態になることがある。これらは術後2週間ぐらいが目安である。長期的に見ると内臓（おもに小腸）が癒着し癒着性イレウス（腸閉塞）を引き起こす可能性もある。
これに加えて一般的な開腹手術と麻酔の危険性が伴う。
消化管手術であるため、吻合部からの食物の漏出が起こらないように注意する。術後数日は絶食とし、末梢静脈からの点滴で栄養を補給する。術後5日程度で消化管造影X線写真を撮影し、吻合部よりの漏れがないことを確認しペースト状の粥から経口摂取を開始する。問題がないようであれば粥の固形物の割合を多くしていき徐々に普通食に戻していく。吻合箇所が多い術式の場合はさらに時間がかかる。吻合部は手術前より狭くなっているため食が進まないと訴える患者も多い。
ドレナージチューブは術後7日から10日程度留置するが排液が多い場合や汚染が見られた場合は期間が延長される。抜糸は創傷治癒のはやさにもよるが術後7日頃に行う。
痛みは点滴より鎮痛薬を静脈投与することで鎮痛を行う。硬膜外麻酔を併用した場合術後3日間程度硬膜外カテーテルから鎮痛薬を投与する。
胃の機能が失われることにより起こるさまざまな障害が胃切除後症候群として知られている。体調変化が劇的で、驚く患者も少なくない。これには単純に胃の大きさが小さくなる（「小胃症状」と呼ぶ）こととそれに伴う機能の低下のみならず、迷走神経切除や内分泌機能の低下による消化管の協調不全といった総合的な問題が介在していると考えられている。さらに切除後の再建法式による影響も報告されている。ビルロート II法、ルーワイ法では食物が十二指腸を通過せず、正常の通過経路とは異なってしまう。このため特に消化管ホルモンの分泌調節に異常をきたすという考え方である。
消化、吸収不良
胃酸や消化酵素の分泌の減少と消化機能の低下による。胃酸は消化液としてのみならず、消化酵素の活性化にも関与しているためである。また、手術による迷走神経の切除が原因となり消化管運動が低下したり、消化管ホルモンの分泌が変化することも要因である。三大栄養素（糖質、蛋白質、脂質）のうち、とくに脂肪の吸収障害が起こりやすい。再建方式で見るとビルロート II法で高率である。さらに、消化が不十分なままの栄養素が小腸に流れ込むと下痢を引き起こす。
ダンピング症候群 (dumping syndrome)
食物が胃を経過せず急速に小腸に送り込まれることが原因である。早期ダンピング症候群と後期ダンピング症候群に分類される。早期ダンピング症候群では通常よりも濃い食物が小腸に流れ込み、浸透圧で体の水分が腸の中に逃げることが原因で、一時的に血液が減少したのと同じ状態になる。症状は動悸、立ちくらみ、めまい、悪心等である。後期ダンピング症候群はインシュリンが過剰に分泌されることが原因で、低血糖を引き起こす。症状は発汗、疲労感、立ちくらみ、めまい等である。90分ほどかけてゆっくりと食事をしたり、食事を少量ずつ回数を一日5回程度に増やすことで改善できることもある。また、飴やチョコレートといった甘いものを持ち歩き、低血糖症状が出たときに食べればよい。後期ダンピング症候群は胃の部分切除より全摘出のほうが発生率は高く、ビルロート I法よりII法が、空腸間置法よりルーワイ法が発生率が高い。
逆流性食道炎
噴門の機能が低下することで胃液が食道に逆流し、炎症を引き起こす。胃を全摘出した場合は胃液の逆流はないが胆汁や膵液の逆流が問題となる。
貧血
ビタミンB12の吸収に必要な内因子は胃の壁細胞から分泌されている。胃を切除すると内因子の分泌が減少するためビタミンB12の吸収が減少し、その結果巨赤芽球性貧血を引き起こす。鉄の吸収には胃酸による鉄のイオン化が必要であるが、胃酸の分泌が減少すると吸収不足になり鉄欠乏性貧血が生じる。予防的にビタミンB12の注射や鉄剤の経口投与が行われる。
骨障害
カルシウムの吸収障害が起き、それを補うために骨からカルシウムが溶け出す。そのため骨塩量の低下をきたし骨粗鬆症につながる。カルシウムの吸収は主に十二指腸と上部空腸で行われるため、ビルロート II法、ルーワイ法で骨障害が起こりやすいと考えられるが相反する報告も見られる。
輸入脚症候群
ビルロート II法で手術を行ったときに持ち上げた十二指腸の部分を輸入脚と呼ぶが、この部分は盲端となり食物の流れがなくなってしまう。するとここに溜まった胆汁が逆流し嘔吐を引き起こしたり、輸入脚の中で腸内細菌が増えすぎて吸収前の栄養素を消費したり胆汁を分解し栄養素の吸収を阻害する。輸入脚症候群を解消するために輸入脚と空腸を側々吻合することをBraun吻合と呼ぶ。
胆石症
迷走神経を切除することにより胆嚢の運動が低下し胆石を生じることがあるので予防的に胆嚢を摘出することがある。
残胃胃炎・残胃癌
切除しなかった胃に炎症が生じてくるものである。胃の粘膜が萎縮したり（萎縮性胃炎）、粘膜組織が腸のもののように変化（＝腸上皮化生）することが多い。時期は手術後2?3週間で既に生じ始め術後2年頃でも生じることもある。原因として胆汁や膵液を含む十二指腸液の胃への逆流が有力視されている。ビルロート II法で多い。残胃胃炎が注目されるのは萎縮性胃炎と腸上皮化生が癌の発生母地となると考えられているからである。正常の胃よりも胃切除後の胃のほうが胃癌の発生率が高いとする報告がある。
これらの障害が原因で主に食事を中心とした生活習慣を変えないといけないこともある。具体例を挙げる。
一回の食事量を減らし、食事の回数を増やす。また、よく噛んでから飲み込むようにする。胃の貯留機能が低下するため。また、食物の混和を助けるためである。
食後すぐに寝転がらないようにする。逆流性食道炎の予防になる。
栄養素をバランスよく摂取する。消化がよく、栄養価の高い食事を摂る。消化酵素剤を食前食後に分けて飲むと混和が促進され吸収がよくなる。なお、胃切除後に摂ってはいけない食べ物は特にない。
適度な運動手術後の生活に慣れてきたら少しずつ運動をするとよい。体力がつき、消化器の運動を活発にする。また、筋肉がブドウ糖を貯蔵するのでダンピング症候群の低血糖予防になる。骨にも負荷がかかるため骨粗鬆症の予防にもなる。
体重減少体重は手術前と比べ間違いなく減少するといっていい。術後およそ1年から2年で最も減少する。体重は家庭で手軽に量れるためついつい増減が気になってしまうかもしれないが、飲水や発汗で容易に変動するのであまり神経質になる必要はない。また、同じ10kgの減少でも体格によって意味合いが異なってくる。他の人と比較する場合はボディマス指数を元に考えるとよい。
また、ビルロート II法で術後障害の発生が多いことが知られるにつれ改良法としてルーワイ法、空腸間置法が行われるようになった。さらに自動吻合器の改良で空腸パウチ法が実用化され小胃症状の改善が期待される。神経機能の温存、幽門機能の温存とパウチの作成がQOLを高める上で重要だとされている。
胃切除後の再建法の比較切除範囲幽門側胃切除胃全摘
術式ビルロート I法ビルロート II法ルーワイ法空腸間置法（空腸パウチ法も含む）ダブルトラクト法
手術単純やや複雑やや複雑複雑複雑
食物の生理的な流れ
（特に十二指腸）生理的非生理的
十二指腸を通過しない非生理的
十二指腸を通過しない生理的非生理的
一部が十二指腸を通過する
消化管ホルモンの分泌良好低下しやすい低下しやすい良好良好
消化、吸収不良ビルロートII法で多いルーワイ法で多い
ダンピング症候群ビルロートII法で多いルーワイ法で多い
貧血ビルロートII法で多い不明
骨障害ビルロートII法で多いルーワイ法で多い
輸入脚症候群×発生する発生する××
残胃癌ビルロートII法で多い不明
本項目では胃切除術に関していまだ評価の定まっていない事柄について述べる。今後の研究の進展、意見の一致が望まれる。
胃癌に対するリンパ節郭清の範囲について : 日本の医学界では第2群リンパ節まで郭清する「D2郭清」が標準術式と考えられているが、諸外国では合併症が多いとして否定する意見が多い。
腹腔鏡下手術の適応について : 現状でははっきりとした基準は存在しない。積極的に腹腔鏡を導入してもよいとされているのは癌以外の良性疾患、リンパ節郭清を必要としない早期胃癌などである。