詳細は自衛隊イラク派遣、イラクにおける人道復興支援活動及び安全確保支援活動の実施に関する特別措置法をそれぞれ参照自衛隊イラク派遣についても外務大臣の川口順子、防衛庁長官の石破茂ら関係閣僚とともに政策立案を主導、内閣官房長官在任時に「イラクにおける人道復興支援活動及び安全確保支援活動の実施に関する特別措置法」（いわゆるイラク特措法）を成立させている。
防衛省の不祥事

守屋武昌、 山田洋行、および 日本ミライズも参照守屋武昌への接待問題や給油量隠蔽問題など防衛省の不祥事が相次いで発覚したことから、福田は内閣官房長官町村信孝に対し、内閣官房に「防衛省改革に関する有識者会議」を設置し対策を検討するよう指示した[28]。2007年11月28日の自衛隊高級幹部会同では、「なれ合い、和気あいあいの雰囲気でもない」[29]と福田が判断し防衛省による栄誉礼や儀仗を拒否したうえで、綱紀粛正の徹底を訓示した[30]。
日米同盟の強化
2008年5月の演説にて、福田は日米同盟について「アジア・太平洋地域の公共財」[31]と指摘し、日本の安定維持のためだけでなく、アジア・太平洋での地域協力の基盤と位置づけた。さらに、「日米同盟の強化と、アジア外交の共鳴」[31]を提唱し、日米の同盟関係の強化を積極的に推し進めると表明した[32]。
イランの核開発問題
2008年6月3日、ローマでの日本とイランとの首脳会談にて、福田は「日本とイランは石油以外の関係が進まない。障害は、核開発、ミサイルなど安全保障の問題だ」[33]と主張し、イランの大統領マフムード・アフマディーネジャードに対し核開発を中止するよう直接要請した。アフマディーネジャードは福田の主張に対し反論したが、その際に「核兵器は旧式で効率が悪く、保有しても実際には使えないことは、よくわかっている」[33]と述べた。この発言を聞いた福田は言葉尻を捉え「いい話をうかがった」[33]として「大統領が核兵器を中心に安全保障を考えていないことは重視したい」[33]と指摘し、さらに重ねて「濃縮を停止する英断を求めたい」[33]と要求を繰り返した。アフマディーネジャードは既存の核保有国の軍縮を持ち出して再反論したため議論が白熱し、最終的にアフマディーネジャードが「テヘランか東京で議論を続けたい」[33]と収めることになった。その際、福田はイランでの日本人学生誘拐事件の早期解決も同時に要請し、アフマディーネジャードから「健康に家族のもとに戻れるよう最善の努力を払う」[33]との言質を取った。イラン当局は犯人グループが被害者をパキスタン領内に連行したことまで確認済みだったが、イランは「パキスタンに借りはつくれない」との立場を取り同国に協力要請をせず、2007年10月から膠着状態となっていた[34]。しかし、福田の要請により日本との外交悪化を懸念したイラン当局は、やむを得ずパキスタンに捜査協力を要請し、パキスタン側から犯人グループ幹部が引き渡され、6月14日に日本人学生は解放された[34]。
北朝鮮による核開発
首相就任後のCNNからのインタビューにて、核開発を進める北朝鮮について「近隣に脅威を与えるようなものを持つ限りは自立していくのは難しい」[35]と指摘した。さらに、北朝鮮の将来について「今のままではいずれは消滅してしまう」[35]と厳しい評価を下し、北朝鮮の核兵器放棄が必須との考えを表明した。

財政
財政健全化
中川秀直、麻生太郎ら安倍内閣が提唱した経済成長による税収増を目指す上げ潮派とは一線を画しており、小泉純一郎、谷垣禎一らが小泉内閣において推進した「財政再建重視政策」を主張している。