詳細は自衛隊インド洋派遣、テロ対策特別措置法、テロ対策海上阻止活動に対する補給支援活動の実施に関する特別措置法をそれぞれ参照自衛隊インド洋派遣について肯定的であり、内閣官房長官在任時にテロ対策特別措置法の制定を主導し成立させた。当時の内閣官房参与だった岡本行夫は「安全で安上がり、しかも国際社会から評価された福田流外交の面目躍如」[26]と評している。2007年9月、同法の延長について「（海自の活動は）日本の国際平和協力の一つの柱だ。現行法の延長が時間的制約で難しければ、新法を視野に入れるのはやむを得ない。新法を出すなら、臨時国会だ」[27]との考えを表明していたが、最終的に第168回国会への「テロ対策海上阻止活動に対する補給支援活動の実施に関する特別措置法」（いわゆる「新テロ対策特措法」、「補給支援特措法」）提出を選択し、2008年1月11日に補給支援特措法を成立させた。前年11月1日にテロ対策特別措置法が失効したため、海上自衛隊はいったんインド洋から撤退していたが、補給支援特措法成立に伴い、福田は海上自衛隊のインド洋再派遣を命じた。
自衛隊イラク派遣

詳細は自衛隊イラク派遣、イラクにおける人道復興支援活動及び安全確保支援活動の実施に関する特別措置法をそれぞれ参照自衛隊イラク派遣についても外務大臣の川口順子、防衛庁長官の石破茂ら関係閣僚とともに政策立案を主導、内閣官房長官在任時に「イラクにおける人道復興支援活動及び安全確保支援活動の実施に関する特別措置法」（いわゆるイラク特措法）を成立させている。
防衛省の不祥事

守屋武昌、 山田洋行、および 日本ミライズも参照守屋武昌への接待問題や給油量隠蔽問題など防衛省の不祥事が相次いで発覚したことから、福田は内閣官房長官町村信孝に対し、内閣官房に「防衛省改革に関する有識者会議」を設置し対策を検討するよう指示した[28]。2007年11月28日の自衛隊高級幹部会同では、「なれ合い、和気あいあいの雰囲気でもない」[29]と福田が判断し防衛省による栄誉礼や儀仗を拒否したうえで、綱紀粛正の徹底を訓示した[30]。
日米同盟の強化
2008年5月の演説にて、福田は日米同盟について「アジア・太平洋地域の公共財」[31]と指摘し、日本の安定維持のためだけでなく、アジア・太平洋での地域協力の基盤と位置づけた。さらに、「日米同盟の強化と、アジア外交の共鳴」[31]を提唱し、日米の同盟関係の強化を積極的に推し進めると表明した[32]。
イランの核開発問題
2008年6月3日、ローマでの日本とイランとの首脳会談にて、福田は「日本とイランは石油以外の関係が進まない。障害は、核開発、ミサイルなど安全保障の問題だ」[33]と主張し、イランの大統領マフムード・アフマディーネジャードに対し核開発を中止するよう直接要請した。アフマディーネジャードは福田の主張に対し反論したが、その際に「核兵器は旧式で効率が悪く、保有しても実際には使えないことは、よくわかっている」[33]と述べた。この発言を聞いた福田は言葉尻を捉え「いい話をうかがった」[33]として「大統領が核兵器を中心に安全保障を考えていないことは重視したい」[33]と指摘し、さらに重ねて「濃縮を停止する英断を求めたい」[33]と要求を繰り返した。