詳細は2006年自由民主党総裁選挙を参照

麻垣康三も参照

年金未納が発覚して小泉内閣の官房長官を辞任した後は、政権と距離を置き、第3次小泉改造内閣にも入閣しなかったために、小泉内閣に批判的な一部政治家やマスコミ・知識人などの自民党内外の諸勢力の間に総理総裁就任待望論があり、小泉の2006年9月の総裁任期満了を控え「ポスト小泉」有力候補（俗に言う麻垣康三）の一人に挙げられてきた。

事前の各種世論調査において次期自民党総裁・首相として、安倍晋三に次ぐ支持率を得ることが多く、安倍に次いで次期首相の座に近い立場にあると目され、安倍への対抗馬の筆頭として注目を集めていた。アジア外交などについて小泉内閣の路線を踏襲する色合いの強い安倍に対して、アジア重視の姿勢を見せるなど対立軸を提示し、政権への意欲ともとれる動きも見せていたが、2006年7月21日、総裁選への不出馬を正式に表明。これに出馬を期待していた勢力からは失望の声が聞かれた。これを受け「ポスト小泉」の総裁選は、安倍の大勝に終わった。

安倍内閣においての要職起用は無く、表立った活動は少なかった。2007年6月には党住宅土地調査会会長として「200年住宅ビジョン」を発表したことが話題となった。与党が大きく議席を減らした2007年7月の参院選後は、8月27日の内閣改造人事における起用が取り沙汰されたが、実現しなかった。

しかし、7月の群馬県知事選挙では、自民党候補の大沢正明の選挙対策本部長を務めて当選に導き、そのリーダーシップを発揮した[10]。

ポスト安倍

詳細は2007年自由民主党総裁選挙を参照

2007年9月12日に安倍晋三が内閣総理大臣、自由民主党総裁の辞任を表明し、その翌13日、自由民主党総裁選挙への出馬意思があると報道され、自身も出馬の方針を示した。

15日、自由民主党総裁選挙に立候補の届出をした。対立候補として麻生太郎が立候補したが、町村派含めたほぼすべての派閥（事実上、麻生派以外の全派閥）が福田支持を決定しており、圧倒的優位が伝えられていた[18]（ただし、実際は各派閥の所属議員に対する拘束力が弱まっており圧倒的ではなかった）。また、小泉純一郎も事実上福田支持となった。

福田康夫内閣2007年11月16日、ホワイトハウスでの共同記者会見後、アメリカ合衆国大統領ジョージ・W・ブッシュと第34回主要国首脳会議にて議長に就任

詳細は福田康夫内閣を参照

2007年9月23日実施の自民党総裁選において330票（麻生：197票 無効票：1 計528票）を獲得し当選、第22代総裁に就任。

同年9月25日に開かれた内閣総理大臣指名選挙（首班指名選挙）において、与党が過半数を占める衆議院では圧倒的多数で指名されるが、逆に野党が過半数を占める参議院では、民主党の小沢一郎が指名されるという“ねじれ国会”(逆転国会)の象徴的現象が起きた。両院協議会が開催されるが議論はまとまらず、法規に則り衆議院の議決が国会の議決となり、福田が内閣総理大臣に指名された。内閣の組閣に当たり、記者会見で福田は、「一歩でも違えば、自民党が政権を失う可能性もある」と指摘した上で、「背水の陣内閣」と自身の内閣を命名した。

翌9月26日に宮中での親任式を経て正式に第91代内閣総理大臣に就任し（福田康夫内閣）日本憲政史上初の親子での総理大臣となった。就任年齢となる71歳は、奇しくも父・赳夫が首相に就任した年齢と同じ（赳夫は71歳11ヶ月と10日、康夫は71歳2ヶ月と10日）となった。

第169回国会では、内閣総理大臣に対する問責決議が参議院で可決されたが、翌日には内閣信任決議が衆議院で可決された。なお、首相への問責決議案が国会で可決されたのは、田中義一[19]、吉田茂[20]に続き3人目である。

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