石英は地殻を構成する非常に一般的な鉱物で、火成岩・変成岩・堆積岩のいずれにもしばしば含まれる。水晶としては、花崗岩質ペグマタイト・熱水鉱床などに産出する。
砂は岩石が風化することにより生じるが、石英は風化に強く、砂は石英主体となる事が多い。一般的に、砂漠・砂丘の砂は石英が主成分となる。
砂埃（すなぼこり）には石英が含まれている。石英は硬度7なので、プラスティック・金属・車の塗装などは砂埃で容易に傷ついてしまう。そのため、宝石は石英より硬度の高いものが選ばれていることが多い。これは砂埃などで簡単に傷ついたりしては困るからである（ただし生体起源の宝石である真珠や珊瑚は例外）。
水晶鉱山
アメリカ・アーカンソー州
山梨県・乙女鉱山
ブラジル・ミナスジェライス州
石英の非常に細かい結晶が緻密に固まっているものを玉髄という。不純物によっていろいろな色となり、紅玉髄、緑玉髄、瑪瑙、碧玉などと呼んで飾り石とする。
水晶に不純物が混じり色のついたものを色つき水晶という。インクルージョン（内包物または包有物）を含んだり、結晶の形が変わって見えるものを変わり水晶という。色つき水晶は準貴石として扱われる。変わり水晶はコレクターに人気がある。
水晶は、代表的な圧電体であり、圧力が加わると電気が発生する。このために初期のレコードプレーヤーのピックアップに使われた。今日、水晶の圧電性は、水晶発振器として最も活用されており、時計が単に「クォーツ」（水晶の英名）としばしば呼ばれるのは、水晶発振器を利用した時計が最も多いからである。この原理を利用して、水晶微量天秤 (QCM) と呼ばれる微量質量を正確に測定するための装置の研究が行われている。
水晶の発色原因は主に不純物の混入と放射線による結晶格子欠陥によるもので、主要構成元素によるものではない。紫水晶、黄水晶、煙水晶、黒水晶の発色原因はいずれも、不純物欠陥に電子（または正孔）が捕獲され特定のエネルギー準位をもつもの（色中心、カラーセンターという）で、紫水晶、黄水晶は鉄イオン、煙水晶、黒水晶はアルミニウムイオンが関連している。
紫水晶（amethyst、アメシスト）
紫水晶（むらさきすいしょう）は紫色に色づいた水晶。紫色の発色はケイ素を置換した微量の鉄イオンによる色中心が原因と考えられている。尖っていて、細長く装飾品に使われる場合は研磨される場合が多い。
黄水晶（citrine、シトリン）
黄水晶（きすいしょう）は黄色に色づいた水晶。黄色の発色は紫水晶と同じように鉄イオンによる色中心が原因で、黄水晶と紫水晶の色の違いは色中心のエネルギー準位が違うと考えられている。天然の黄水晶の産出は少なく、市場に出回っている黄水晶のほとんどは紫水晶を熱処理して黄色にしたものである。マディラシトリンと称される深いオレンジの色相を彩るシトリンは、さらに希産。黄水晶の薄い黄色はトパーズに似るため、シトリン・トパーズとも言われ、安価なトパーズの代用品として使われる。また、トパーズと偽って売られる場合もある。
紅水晶（rose quartz、ローズクォーツ）
紅水晶（べにすいしょう）は薄いピンク色に色づいた水晶。
煙水晶（smoky quartz、スモーキークォーツ）
煙水晶（けむりすいしょう）は灰色に色づいた水晶。ケイ素を置換した微量のアルミニウムイオンが特に多量の放射線を受けると色中心となり、光を吸収するため灰色に見える。受けた放射線の量が多いほど色が濃くなる。
黒水晶（morion）
黒水晶（くろすいしょう）は不透明と言えるほど黒く色づいた水晶。色の濃い煙水晶との区別は、結晶構造が破壊されたもの、表面に透明感のないものなどと言われることもあるが、黒水晶と色が濃くなった煙水晶を区別する明確な定義は存在しない。アメシストに放射線照射をして色を付ける場合が多い。
レモン水晶
レモン水晶（レモンすいしょう）は硫黄により黄色に色づいた水晶。結晶の間に硫黄が入ったために黄色に色づいて見える。
変わり水晶
山入り水晶
一度結晶成長が止まり、再度結晶成長をしたもの。中の結晶と外側の結晶の間に不純物が入り込むと結晶の境界が目で確認できる。このため、中に含まれる結晶の頭部が山のように見える。ファントムクォーツ（幽霊水晶）とも呼ばれる。また、通常の山入り水晶の内包物は白色だが、緑色の場合もあり、こちらはグリーンファントムと呼ばれる。なお、中に含まれる結晶の頭部が1つではなく、複数の場合もあり、こちらは高価で取引される。
松茸水晶
成因は山入り水晶とほぼ同じだが、先に晶出した水晶の先端に外側の結晶が大きく成長し、まるでキノコのような形になった水晶。
針入り水晶（ルチルクォーツ）
水晶の結晶中に金紅石（ルチル）の針状結晶がインクルージョンとしてあるもの。とても細い金色の針が入り込んだように見える。
ススキ入り水晶
水晶の結晶中に電気石などの柱状の鉱物がインクルージョンとしてあるもの。細い苦土電気石が入り込むとほのかに緑色にみえ、まさにススキのように見える。
草入り水晶
水晶の結晶中に緑泥石などの不定形な（あるいは草のように見える）鉱物がインクルージョンとしてあるもの。インクルージョンの形によって苔のように見えたり、毬藻のように見えたりする。インクルージョンが緑泥石のように緑色のものは、まさに草入りというにふさわしいものがある。ガーデンクォーツとも呼ばれる。
水入り水晶
水晶の結晶中に空洞があり、それが液体で満たされているもの。閉じ込められた液体は、水晶の成長当時の環境を保存していると考えられる。空洞中に液体と共に気泡が入っている場合があり、結晶を傾けると空洞中の壁に沿って気泡が移動するのを観察できることがある。
日本式双晶
日本式双晶 (Japanese-twin) は2個の結晶がξ面（(1122) 面）を双晶面として84°33′の角度で接合した、多くハート形の双晶 ( ⇒twin crystal)。
パワーストーンの分野において、特定の形状や産地に対して、エレスチャル、レーザー等、様々な名称をつけて呼ばれているが、これらは鉱物学的な名称ではなく、鉱物として異なる特性を持っていることを表す言葉でもない。