学生数の減少で、高等教育においては、大学崩壊、大学倒産などが警戒され始め、短期大学ではその懸念が特に強い。日本の短期大学を今後どのように発展させるかが、文部科学省の中央教育審議会の大学部会などでも話題になり始めている。アメリカ合衆国のコミュニティ・カレッジが、現行の日本の短期大学にその性質がよく似ているので、それに類した、教養や資格取得のための短期の一般教育や専門教育を行い、卒業者の大学への編入学枠を広げるという方向性についてなどが検討されている。

なお、1990年代に増加した、看護学、工学の学科を置く短期大学は、看護師取得に必要な要件の変更や工場技術者の資質向上へのニーズから、通常の大学への改組が相次いでいる。

また、娘を持つ親は自分の子供を都市部の大学に出したくない傾向にあることと、共学化や工学系の学科が増えたことから、地方の短期大学の中には志願者が微増したところもみられるが、全体的には、短期大学の志願者は減っている。

また、かつては国立の短期大学である筑波技術短期大学があったが、四年制大学に昇格し、筑波技術大学となった。そのほか、国公立の短期大学が併合や合併、四年制大学大学に昇格した場合も過去に多く存在する（新制大学参照）。また、医療技術の高度化による教育の拡張により、国立大学附属の医療技術短期大学が医学部の保健学科などに改編する場合や、四年制大学として昇格する場合が目立つ。

最近は、大学への編入学に力を入れている短期大学もある。また、有名私立大学の附属や系属の短期大学（関東では青山学院女子短期大学、上智短期大学、立教女学院短期大学など。関西では関西外国語大学短期大学部、京都女子大学短期大学部、龍谷大学短期大学部など。）には、編入学の推薦入学枠が用意されている場合がある。また、他大学への編入学実績がある短期大学としては大阪女学院短期大学、京都経済短期大学、産業技術短期大学などがある。その他、短期大学の専攻科に進学する者もいる。

近年、大阪体育大学短期大学部、弘前福祉短期大学、大阪健康福祉短期大学、日本歯科大学東京短期大学、さらに、2006年に開学した福井医療短期大学のように、専門学校からの広義の意味合いにおける改組（学校教育法の項が専門学校と短期大学では異なる）によるものも少なくない。東京福祉大学短期大学部のように、既設の大学に併設されたユニークな短期大学もある。2007年には従来の豊田学園医療福祉専門学校看護学科を発展改組して岐阜保健短期大学看護学科として開学した。2008年度には、旧来の専門学校愛知医療学院専門学校を発展改組する形で愛知医療学院短期大学が開学している。2009年度には、有明教育芸術短期大学、貞静学園短期大学、平成医療短期大学がそれぞれ旧来の専門学校を発展改組する形で開学される予定となっている。ほか、仙台青葉学院短期大学も設置される予定となっている。

一方で、大阪府内の歯科技工士専門学校が短期大学に移行される計画が持ち上がっていたようだが、依然延期されている状態である。滋賀医療技術専門学校は、2007年度を目途に短期大学への移行計画が持ち上がっていたが、2008年度を目途に通常の大学への改組に変更された。

大学に併設される短期大学部の募集停止の場合は、四年制大学への改組や新設学部となる場合が多い。（ただし、家政系の学科などは継承されずに消滅するケースも目立つ）他方、私立で短期大学単独の学校の場合には、閉校は事実上の倒産を意味するなど、近年、短期大学には大きな変化が訪れている。また、中国人労働者の違法入国斡旋機関となっていた酒田短期大学（山形県酒田市）には、設置者である学校法人に解散命令が出された。

近年、短期大学に幼稚園教諭免許状が取得できる課程が新設される例が目立っている。1990年の市立名寄短期大学を最後に、以後設置されるところはなかったが、2001年に佐野短期大学（当時は佐野国際情報短期大学）で設置されたのを皮切りに、2002年には岡山県立大学短期大学部（前身の岡山県立短期大学を含めて10年ぶりの設置。募集は2005年度まで）・植草学園短期大学・高崎健康福祉大学短期大学部・白鳳女子短期大学、2003年には宇都宮短期大学・目白大学短期大学部（募集は2006年度まで）・福岡女子短期大学、2004年には東横学園女子短期大学（募集は2007年度まで）・山村学園短期大学・東京田中短期大学・鈴峯女子短期大学・鹿児島純心女子短期大学、2005年には昭和学院短期大学・東北生活文化大学短期大学部・桜の聖母短期大学・東京立正短期大学・鈴鹿短期大学（当時は鈴鹿国際大学短期大学部）、西日本短期大学、2006年には東京福祉大学短期大学部･新島学園短期大学・東京文化短期大学・富山福祉短期大学・京都光華女子大学短期大学部・川崎医療短期大学･純真短期大学、2007年には明和学園短期大学・帝京短期大学・名古屋経営短期大学・名古屋女子大学短期大学部・滋賀文化短期大学（募集は2008年度まで）・大阪健康福祉短期大学、樟蔭東女子短期大学、2008年には聖霊女子短期大学・川口短期大学・信州豊南短期大学・京都西山短期大学にてそれぞれ設置されている。