日本では古代から皇位継承（王位継承）に関する問題が生じていた。弥生時代後期の2世紀後半、倭国王位の継承をめぐって倭国大乱が起こり、卑弥呼が倭国王となることで争乱が終息した。また卑弥呼の没後、男王が立ったが再度争乱が起こり、卑弥呼の宗女台与が王位について争乱は収まった。
古墳時代の5世紀にも王位継承をめぐる数々の紛争の発生が、日本書紀の記載から読みとれる。6世紀前半には武烈天皇の死により一旦、倭国王統が断絶しているが、応神天皇の5世の子孫とされる継体天皇が皇位継承した。実際に5世の子孫だったかには賛否両論あるが、この事例は5世の子孫までは皇位継承権を持ちうる先例となって、その後の皇位断絶に強く意識されることとなった。
古墳時代から飛鳥時代にかけて（6世紀中期?7世紀後期）も、皇位継承の紛争がたびたび生じた。この頃の皇位継承のルールには、兄弟承継、大兄承継、群臣推挙、先帝遺詔（更に近年では即位要件に年齢制限（30歳以上）があったとする説もある）などがあり、これらが複雑にからんで皇位継承が行われていたと推定されている。継体天皇の後に安閑天皇・宣化天皇が数年間在位して欽明天皇が皇位承継しているが、欽明による皇位簒奪だったとする説もある。その後、欽明の子孫が皇位継承しているが、その経緯は複雑であり、多くの皇位継承紛争が生じている。皇位継承者の決定が難航したときは、女性天皇が選ばれることもあり、推古天皇、皇極天皇が即位して、他に適当な男子の皇位承継者が現れるまで皇位についた（女帝が選ばれた理由には諸説あり、律令制以前の中継ぎ説を認めないなどの異説が多く存在する）。
古代の皇位継承において、最大の争いとなったのは、672年の壬申の乱である。天智天皇は直系の大友皇子（弘文天皇）に皇位継承したが、それを不服とする大海人皇子が大規模な叛乱を起こし、弘文天皇を滅ぼして天武天皇となった。天武は、自身以降の皇位承継紛争を防止するため、兄弟承継を廃止し、直系男子が皇位承継するルールを定めようと試みたらしく、草壁皇子を皇太子に立てた。だが、政権基盤が固まる前に天武天皇が急逝してしまったために天武の皇后は草壁皇子が大友皇子の二の舞にならないように拙速な皇位継承を避けようとした。だが、その草壁皇子までが急死してしまった為に皇后は皇位承継紛争を防ぐために、自ら中継として皇位につき（持統天皇）、草壁皇子の子である軽皇子（後の文武天皇）を皇太子とした。
奈良時代に入った後、文武天皇も皇位継承者である首皇子（後の聖武天皇）が成人する前に没したため、元明天皇と元正天皇の2人の女帝が後継した。聖武天皇は、皇位継承すべき男子を残せず、女性の孝謙天皇が後を継いだ。その後、藤原仲麻呂の強い推挙により天武の孫の淳仁天皇が立ったが、藤原仲麻呂の乱に連座して淳仁は廃帝となり、孝謙が再度即位して称徳天皇となった。この間、他の皇族が皇位を狙ったがその都度謀叛と見なされ、適当な皇位継承者は不在となってしまった。そのため、仏教に深く帰依していた称徳は僧道鏡を皇位に付けることを企図した（異説あり）が失敗し、後継を決めないまま称徳は没し、天武皇統が断絶することとなった。天武から称徳に至るまでの皇位継承のルールは（承継すべき者が未成人などの場合には女帝が中継することもあったが）、原則として直系承継であった。このルールは、激しい皇位承継紛争を未然に防止して天智皇統の復活を阻止しようとした代わりに、承継候補者を限定してしまったため、却って皇統の断絶（結果的には天智皇統の復活）という結果を招くこととなった。
称徳崩御による皇統断絶の危機に際して大臣らは協議を行い、その結果、天智の孫に当たる年配の光仁天皇が皇位承継することとなった。この事例は、臣下の協議による皇位継承の先例となった。また、この時には2つの点で継体天皇の先例が強く意識されていたようである。一つは必ず皇胤である事、もう一つは先代の天皇との婚姻関係を有する（光仁は称徳の異母妹の夫）ことであった。光仁は天武系断絶を教訓として息子の桓武天皇を後継とし、その弟の早良親王を桓武の皇太弟とした。これにより、天智・天武以来の直系皇位継承は放棄され、大兄制が（一時的とは言え）事実上復活したと見ることも可能である。だが、早良親王は謀叛の疑い（藤原種継暗殺事件）によりこれを廃し、早良は怒りもあらわに絶食死を遂げる事になる。この壮絶な早良の死はその後の桓武を苦しめ、崇道天皇の号が贈られたが、桓武に始まる平安朝は長く早良の怨霊に恐れ苦しむこととなる。桓武は多くの皇子をもうけた。桓武の後は、桓武長子の平城天皇が皇位継承し、その遺志に従う形で病弱であった平城の次にはその弟の神野親王（後の嵯峨天皇）が皇太弟に立った。これに不満を抱いた平城は大兄である自分の直系に皇位継承することを企図して、一旦、嵯峨へ譲位して自身の子、高岳親王を皇太子とした。この措置に今度は嵯峨は反発し、平城と嵯峨の武力衝突が起こり嵯峨が勝利した（薬子の変）。これによって平城の直系は皇位の可能性がなくなったものの、嵯峨は内外の批判を恐れて自分の実子を擁立する事に躊躇して弟の大伴親王（後の淳和天皇）を皇太弟とした。嵯峨と皇位継承紛争を防ぐために、それぞれの直系を互いに皇位につける迭立（てつりつ）を採用することとし、実際、嵯峨?淳和?仁明天皇（嵯峨の子）と皇位継承され、仁明の次も恒貞親王（淳和の子、母は嵯峨の皇女）が皇太子に立てられていた。これに対して淳和は却って紛争の原因となる事を危惧を抱いており、嵯峨に仁明の次にはその皇子を立てるべきであると忠告したものの受け入れられなかった。しかし、淳和・嵯峨両上皇の相次ぐ崩御の直後、恒貞を廃太子（皇太子を廃すること）とする事件（承和の変）が起こり、皇位継承は嵯峨?仁明の系統に統一されることとなった。この事件は皇統統一を狙った仁明が、藤原北家の協力を得て起こしたとする説もある。かくして光仁以来の天智系皇統が天武系皇統を教訓にして取り入れた兄弟継承の相続（大兄制の実質復活）は、藤原種継暗殺事件から承和の変に至る皇位継承を巡る内紛の連鎖の招来に終わった。
仁明の後、文徳天皇?清和天皇?陽成天皇と直系による皇位継承がほぼ順調に行われたが、陽成が内裏で重大事件（誤って殺人を犯したとする説が有力）を起こし退位に追い込まれてしまい、再び直系継承の下で皇統断絶の危機が訪れることになった。このときは、有力候補がおらず、廃太子となった恒貞親王や嵯峨の子である源融らが候補となったが、最終的には称徳崩御時の先例をとって、仁明の子で年配の光孝天皇が即位して皇位を継いだ。ただ、光孝はあくまで中継ぎとの立場をとり、自身の皇子を全て臣籍降下させていたが、死去直前になっても後継者を立てていなかったため、緊急措置として急遽、光孝の子の源定省が立太子され宇多天皇となった。