リンネ
（1735年）
2界説ヘッケル
（1894年）
3界説ホイタッカー
（1959年）
5界説ウーズ
（1977年）
6界説ウーズ
（1990年）
3ドメイン説[1]
 原生生物界モネラ界真正細菌界真正細菌域
古細菌界古細菌域
原生生物界原生生物界真核生物域
植物界植物界菌界菌界
植物界植物界
動物界動物界動物界動物界

最新の動向

2000年代初頭までは、最新分類としてキャバリエ＝スミスの八界説がよく使われていた。 この八界説はどちらかといえば、それまでの界の枠組みを残しつつ、それまでに得られた系統情報を盛り込んだものである。その一方で、しだいに遺伝子解析の手法も熟練度を増し、系統そのもので分類することが出来るレベルにまでなってくる。
2005年、国際原生動物学会から真核生物の新しい分類体系（Adl.et.al）が提出された。 この分類は、それまでの界の枠組みを廃し、真核生物を6つのスーパーグループに分類するものである。ウィキペディアの各記事でも、これらを界相当の分類として採用している場合が多い。

真正細菌ドメイン真正細菌
古細菌ドメイン古細菌
真核生物ドメインオピストコンタ
アメーボゾア
エクスカバータ
リザリア
アーケプラスチダ
クロムアルベオラータ

2008年現在では、Adl.et.al(2005)を踏襲しながら階層分類を盛り込むようなものも出てきている。例えば、上述のスーパーグループのうちの４つをまとめて、バイコンタとして単系統性を示すことができるようになった。下表は、近年に見られる分類の一例である。

真正細菌ドメイン真正細菌界
古細菌ドメインユリアーキオータ界
クレンアーキオータ界
真核生物ドメインオピストコンタ上界動物界
菌界
アメーボゾア上界アメーボゾア界
バイコンタ上界エクスカバータ界
リザリア界
（一次）植物界
ストラメノパイル界
アルベオラータ界
クリプト植物界
ハプト植物界

一般的分類例

原核生物(=モネラ界)



古細菌（ドメイン：アーキア）

クレンアーキオータ門（界）

ユリアーキオータ門（界）

コルアーキオータ門（界）

ナノアーキオータ門（界）


真正細菌（ドメイン：バクテリア）

⇒Gemmatimonadetes門

⇒Aquificae門

⇒Thermotogae門

⇒Thermodesulfobacteria門

⇒Deinococcus-Thermus門

⇒Chrysiogenetes門

⇒Nitrospira門

⇒Deferribacteres門

⇒Actinobacteria門

⇒Firmicutes門

⇒Chlorobi門：緑色硫黄細菌

⇒Fibrobacteres門

⇒Acidobacteria門

⇒Bacteroidetes門

⇒Fusobacteria門

⇒Chloroflexi門：緑色非硫黄細菌