20世紀後半から勃興した、タンパク質のアミノ酸配列や核酸の塩基配列決定法の技術、そしてそのデータを用いて系統の類縁関係を推定する解析手法の進展に伴って、従来の生物系統分類法は大きな変革を迫られている。特に、これまで他のグループに所属させることができないために一括りに分類されていた、原生生物や藻類、一部の菌類につき系統が大幅に見直されつつある。学問上は二界説ないし五界説は既に瓦解したと言っても過言ではない。ここではキャヴァリエ＝スミス(Thomas Cavalier-Smith)らが中心となって提唱している分子系統学的分類の一例を示す（ただし現生生物のみ）。従来の界、門、綱との整合性は今後の課題である。この分野は現在さらに進展しつつあるため、今後も大小の変更があり得る。
真正細菌(Bacteria) 原核生物、ムレイン細胞壁、エステル型脂質、イントロン無し。ネオムラに対して側系統とする説有り
シアノバクテリア(Cyanobacteria)酸素発生型光合成細菌
プロテオバクテリア(Proteobacteria)
バクテロイデス(Bacteroidetes)
グラム陽性細菌(Posibacteria)多系統とする説も強い
ファーミキューテス(Firmicutes)低GC含量
アクチノバクテリア(Actinobacteria)高GC含量
ネオムラ(Neomura) ヒストン、プロテアソーム有り、DNA複製・転写・翻訳に共通性
古細菌(Archaea) 原核生物、細胞膜脂質がエーテル型かつ他生物に対して対掌体。真正細菌、真核生物に対して側系統とする説あり
ユリアーキオータ (Euryarchaeota)メタン菌、高度好塩菌、好酸菌、超好熱菌
クレンアーキオータ (Crenarchaeota)ほぼ全種が超好熱菌。ヒストンとFtsZを喪失。真核生物に近縁とする説有り
真核生物(Eukaryote) 核膜有り、線状染色体、細胞骨格・原形質流動有り、80Sリボソーム、有糸分裂有り
バイコンタ(Bikonta) 2本鞭毛を持つ真核生物（退化により持たないものも有り）
植物（狭義、一次植物）(Plantae, Archaeplastida) 一次共生により葉緑体を獲得した真核生物の直系の子孫、板状ミトコンドリアクリステ、葉緑体包膜が2重
緑色植物(Viridiplantae) ：被子植物、裸子植物、シダ植物、コケ植物、シャジクモ藻類、緑藻類
灰色植物(Glaucophyta)
紅色植物(Rhodophyta) ：紅藻類
盤状クリステ類(Discicristatae) 盤状ミトコンドリアクリステ、エクスカヴェートに含める意見有り
ユーグレノゾア(Euglenozoa) ：ユーグレナ植物、キネトプラスト類
ヘテロロボサ(Heterolobosea) ：ネグレリア類、アクラシス類
ジャコバ類(Jacobea)ミトコンドリアクリステは板状
エクスカヴェート(Excavates) 細胞腹側に深くえぐれた捕食装置を有する真核生物の一群
マラウイモナス(Malawimonas) 盤状クリステ類の可能性あり
トリコゾア類(Trichozoa) ：ディプロモナス類、レトルタモナス類、パラバサリア類
アネロモナス類(Anaeromonada) ：オキシモナス類
ストラメノパイル(Stramenopiles) 中空の鞭毛小毛を有する真核生物の一群、アルベオラータを含めてクロマルヴェオラータ(Chromalveolata)とする意見有り
無殻太陽虫類(Actinophryida)
オパリナ類(Opalozoa)
ラビリンチュラ類(Labyrinthista)
ビコソエカ（ビコエカ）類(Bicosoecales、Bicoecales)
プラシディア類(Placididea)
デヴェロパエラ(Developayella)
卵菌類(Oomycetes) ：ツユカビ類、ミズカビ類
サカゲツボカビ類(Hyphochytriomycetes)
不等毛植物類（黄色植物類）(Heterokontophyta,Chromophyta) ：褐藻類、珪藻類
アルベオラータ(Alveolata) 細胞膜直下に扁平な小胞を有する真核生物の一群
繊毛虫類(Ciliata) ：ラッパムシ類、ゾウリムシ、ツリガネムシ
アピコンプレクサ類(Apicomplexa) ：マラリア原虫、トキソプラズマ、クリプトスポリジウム
渦鞭毛藻類(Dinophyta) 例：褐虫藻、ヤコウチュウ
リザリア(Rhizaria) 分子情報による類縁、アメーバ状生物が多いが全てに共通する形態的特性は無い
レタリア(Retaria) ：有孔虫類、放散虫類、一部の太陽虫類
ケルコゾア(Cercozoa) ：ケルコモナス類、クロララクニオン藻類、ネコブカビ類、ユーグリファ類
所属不明
クリプト植物(Cryptophyta) 独立の界とする研究例有り
ハプト植物(Haptophyta) 植物に近縁とする研究例有り