視覚障害者を対象としている特別支援学校は、主に旧・盲学校の制度を母体としていることが多い。視覚障害者のみを対象としている特別支援学校の中には、特別支援学校の制度が発足した後も、校名に「盲学校」の名称であることも多い。場合によっては、「視覚特別支援学校」の名称の特別支援学校もあり、「視覚特別支援学校」の呼称は、法令文の一般名詞として用いられることもある。
世界で最初の視覚障害者を対象とした特殊学校は、1784年にアユイらによって、フランスのパリに作られた盲学校とされている。この盲学校はフランス革命直後の1791年に王立パリ盲学校となり、王政廃止後は国立パリ盲学校となった。
視覚障害者を対象としている特別支援学校においては、点字などを用いて教育を行っている。
理科では、授業の中で化学実験をはじめとする実験観察がおこなわれ、理系大学への進学者もいる。体育でも障害の特性に応じた工夫がなされている。例えば、健常者がおこなうバレーは、 視覚障害者ではフロアバレーボールと呼ばれ、健常者のようにボールを打ち上げるのではなくネットの下をくぐらせる方法でプレイする。ゲームでは弱視者の後 衛3人と全盲生（またはアイマスクをつけた人）の前衛3人によって行い、後衛が前衛に声で指示しながらプレイするなど、内容的にかなりの創意工夫がなされ ている。
視覚障害者を対象としている特別支援学校においては、自立活動の時間に生徒の障害の特性や程度に応じて、点字の指導、白杖歩行の訓練、弱視者への拡大読書器などの障害補償機器の指導、卒業後の生活自立へ向けての生活訓練などをおこなっている。
「高等部」および「高等部の専攻科」の視覚障害者である生徒に対する教育を行う専門教育を主とする学科については、「家庭に関する学科」「音楽に関する学科」「理療に関する学科」「理学療法に関する学科」その他専門教育を施す学科として適正な規模及び内容があると認められるものとされている。
このうち「理療に関する学科」「理学療法に関する学科」については、鍼、按摩、あん摩マッサージ指圧の分野を含む。日本では数百年の永きに亙って、盲人の職業として、鍼と按摩が受け継がれてきた。鍼・按摩は、学問といよりも職人的な技芸であるため、第二次世界大戦戦前は徒弟制度によって術者が養成されていた。
しかし第二次世界大戦戦前降伏後、「あん摩マツサージ指圧師、はり師、きゆう師等に関する法律」（あはき法）が施行され、はり師、マッサージ師として就業するためには、2年[16]の専門教育と国家試験が課せられるようになったため、これに対応する形で、専門教科の「理療科」が設置された。
理療科は、高卒後3年で、鍼灸師・マッサージ師の国家試験受験資格を得る専攻科理療科と、あん摩マッサージ指圧師だけの受験資格を得る保健理療科がある。
理療科という名前は、薬物や外科手術でない、物理的な刺激療法という意味であるが、盲学校だけのことばで、また、理学療法士[17]と紛らわしいため、言い換えを求める意見が多い。
一部の視覚障害者を対象としている特別支援学校には、視覚障害者（盲人）の伝統的な職業である箏曲の演奏家等を養成する音楽科、理学療法士を養成する理学療法科が設置されてところがある。
聴覚障害者を対象としている特別支援学校は、主に旧・聾学校の制度を母体としていることが多い。聴覚障害者のみを対象としている特別支援学校の中には、特別支援学校の制度が発足した後も、校名を「聾学校」の名称のまま維持するものも多い。場合によっては、「聴覚特別支援学校」の名称の特別支援学校もあり、「聴覚特別支援学校」の呼称は、法令上の学校種別名として用いられることもある。また、「聴覚障害特別支援学校」という名称の学校もある。（#校名の変更参照）
日本には、国立・公立・私立の聴覚障害者を対象としている特別支援学校が106校ある。
欧米のろう学校の歴史についてはろう教育を参照。
次の3点についてはろう教育を参照のこと。
聴覚障害者教育を取り巻く問題
アメリカの聴覚障害者教育
日本における口話法と手話法の変遷
聴覚障害者を対象としている特別支援学校の教育内容は、基本的には通常の学習指導要領に準じたものとなっており、これに加えて聴覚障害児に特に必要とされる教育を行う場と定められている。以前は口話を中心としたコミュニケーション訓練の場というのが実情であったが、近年では重複障害児の増加により、聴覚障害者を対象としている特別支援学校に求められる教育内容は多様化している。聴覚障害を持つと診断された子供たちを対象にした就学前教育（最早期教育）も聴覚障害者を対象としている特別支援学校の重要な役割である。
「高等部」および「高等部の専攻科」の聴覚障害者である生徒に対する教育を行う専門教育を主とする学科については、「農業に関する学科」「工業に関する学科」「商業に関する学科」「家庭に関する学科」「美術に関する学科」「理容・美容に関する学科」「歯科技工に関する学科」その他専門教育を施す学科として適正な規模及び内容があると認められるものとされている。
知的障害者を対象としている特別支援学校は、主に旧・養護学校の制度を母体としていることが多い。知的障害者のみを対象 としている特別支援学校の中には、特別支援学校の制度が発足した後も、校名に「養護学校」の名称であることも多い。場合によっては、「知的特別支援学校」の名称の特別支援学校もあり、「知的特別支援学校」の呼称は、法令文の一般名詞として用いられることもある。一般的に知的障害児、情緒障害児等のための学校であると捉えられている。
知的障害者を対象としている特別支援学校の高等部の入学にあたっては、一般の高校受験と同様、入学試験がなされることが多いが、簡単なものである。ただし、出願資格を「中学校の特別支援学級に在籍する者」、「特別支援学校の中学部に在籍する者」、「療育手帳所持者」に限定している場合もあり、普通学校の普通学級で教育を受けてきた人の入学が困難になる場合もある。また高等学校の授業についていけず、知的障害者を対象としている特別支援学校の高等部に転学を希望するケースも稀ながらある。
なお、養護学校という名前では就職や結婚の際に不利になる場合も多いため、高等養護学校の通称校名を「○○高等学園」にするなど、一見して養護学校だと分からないように配慮していた地方公共団体もある。
知的障害者を対象とする教育課程（授業の内容）について、知的障害がある生徒に対しては、本人の状況に合わせて特別なものを実施することが、学校教育法施行規則および、当施行規則に基づく教育要領・学習指導要領によって認められている。
高等部の知的障害者を対象とした教育課程においては、通常の後期中等教育の課程と異なり、小学校・中学校と同様に、単位の概念がない、完全な学年制であるため、現代において原級留置は本人が希望しない限り行われることはまずないといえる（定期考査をしないところもある）。