文化財保護法第109条第2項では、特別史跡（とくべつしせき）について次のとおり規定している。文部科学大臣は、前項の規定により指定された史跡名勝天然記念物のうち特に重要なものを特別史跡、特別名勝又は特別天然記念物（以下「特別史跡名勝天然記念物」と総称する。）に指定することができる。

そして、『特別史跡名勝天然記念物及び史跡名勝天然記念物指定基準』は、特別史跡の指定基準を次のように規定している。史跡のうち学術上の価値が特に高く、わが国文化の象徴たるもの

つまり、史跡のうち特に重要なものとみなされ、日本文化の象徴と評価されるものが特別史跡である。2008年8月1日現在、61件が特別史跡に指定されている。

指定基準の改正

近代の文化遺産の適切な保護を図るため、1995年（平成7年）3月6日、指定基準が改正され、第二次世界大戦終結頃までの政治、経済、文化、社会等あらゆる分野における重要な遺跡が史跡指定の対象となった[3]。この改正を受けて同年6月、原爆ドームが史跡に指定され、国内法での法的保護が前提であるユネスコの世界遺産に登録されることとなった。

地方公共団体指定の史跡

文化財保護法第182条第2項は、次のとおり規定している。地方公共団体は、条例の定めるところにより、重要文化財、重要無形文化財、重要有形民俗文化財、重要無形民俗文化財及び史跡名勝天然記念物以外の文化財で当該地方公共団体の区域内に存するもののうち重要なものを指定して、その保存及び活用のため必要な措置を講ずることができる。

この規定に基づき、各地方公共団体は「文化財保護条例」等の名称の条例を制定して、遺跡に対する史跡指定を行っている。ただしこの規定は、国指定の史跡から漏れたものに対して地方公共団体が指定すると解釈されるため、地方指定の史跡が国指定の史跡となった場合は地方指定は解除される。地方公共団体の制度はおおむね国の制度に準じたものであるが、それぞれの実情に応じた制度が定められている。例えば、東京都文化財保護条例第33条は、次のとおり規定している。教育委員会は、都の区域内に存する記念物（法第百九条第一項の規定により、史跡、名勝又は天然記念物に指定されたものを除く。）のうち、都にとつて重要なものを、東京都指定史跡（以下「都指定史跡」という。）、東京都指定旧跡（以下「都指定旧跡」という。）、東京都指定名勝又は東京都指定天然記念物（以下「都指定天然記念物」という。）（以下これらを「都指定史跡旧跡名勝天然記念物」と総称する。）に指定することができる。

東京都の制度では、「東京都指定史跡」として指定することの困難な伝承地や現状が大きく変更された植物園などを、「東京都指定旧跡」の名で指定している（詳細は後述）。

旧法による保護

1919年（大正8年）の「史蹟名勝天然紀念物保存法」によって、史跡の法的な保護制度が確立した。当時、遺跡保存の運動の中心にいたのは東京帝国大学で国史学教室を主宰していた黒板勝美[4]であった。黒板は、遺跡保存の先進地であったイギリスに留学経験のある日本の古代史学者であり、保存すべき対象として国史学で用いられることの多かった「史蹟」の語を用いたのである。その後、史蹟名勝天然紀念物保存法は、1950年（昭和25年）制定の文化財保護法に引き継がれた。

史跡指定をめぐる諸問題
境界問題からの限界

史跡に限らず記念物は、名勝でも天然記念物でも一般に「土地に結びついた文化財」（ただし、天然記念物の動物個体指定だけは例外）であり、この場合、たとえば、古戦場跡や旧街道跡は、指定面積が限定しにくいため、境界が確定できる区域に限って史跡指定される性格をもっている。
伝承地の問題

また、「平将門の首塚」のように伝承地としては長い歴史をもつものの、史実としては、実際に平将門の首が埋葬されたとは到底考えられない遺跡も「史跡」の要件を満たすことは難しく、東京都では「記念物」には含めるものの「史跡」には含めず、それとは別のカテゴリ、すなわち、都指定史跡に準ずるもので、歴史の正しい理解のために欠くことができず、その遺構に歴史的価値の痕跡が残っているもの、または旧態を推定し得るものとして旧跡という指定区分を設け、保存措置を講じている。

東京都の事例
「小石川御薬園」も、現在は東京大学大学院理学系研究科附属植物園となっているが、往事に植栽されたものとは内容も構成も異なっており、施設などの面でも往事の痕跡はとどめないので、東京都では「旧跡」に含めている。他の東京都指定旧跡には、練馬城跡、世田谷城跡、御茶ノ水などがある。

埼玉県の事例
埼玉県も「旧跡」の指定区分を採用しており、さいたま市の寿能城跡、行田市の忍城跡、深谷市の渋沢栄一生地、富士見市の難波田氏館跡が指定されている。
「開発」記録保存か遺跡保存かの問題

「長屋王邸宅跡」のように保存されていれば特別史跡に指定された可能性のきわめて高い遺跡も、発掘調査はなされたものの遺跡が破壊されてしまい「奈良そごう」（現在はイトーヨーカドー奈良店）となってしまったため、「史跡」には指定されなかった。一方、三内丸山遺跡のように、発掘調査によって遺跡の重要性が判明したため、既に着工していた野球場建設を中止し、遺跡の保存を決定し、特別史跡に指定されている例がある。
史跡指定と有形文化財指定との関係

文化財保護法に基づく各文化財の指定基準による指定の例よれば、姫路城を例にとると、敷地およびそれと結びついた石垣、濠等の遺構としては「特別史跡」、個々の建造物のうち、大小天守・渡櫓の8棟は「国宝」、櫓・渡櫓27棟、門15棟、塀32棟は「重要文化財」として指定されている。このような例が一般的である。

神戸市の「箱木家住宅」（重要文化財）のように建築史上、建物自体が重要だという遺構に関しては、史跡ではなく有形文化財（国宝、重要文化財）として指定している。ここでの指定は、いわば土地とは切り離されており、場合によっては、博物館明治村の移築建造物のように、指定はそのままで移築がなされることもある。