文化財保護法第2条第1項第4号では、記念物について次のとおり規定している。貝づか、古墳、都城跡、城跡、旧宅その他の遺跡で我が国にとつて歴史上又は学術上価値の高いもの、庭園、橋梁、峡谷、海浜、山岳その他の名勝地で我が国にとつて芸術上又は観賞上価値の高いもの並びに動物（生息地、繁殖地及び渡来地を含む。）、植物（自生地を含む。）及び地質鉱物（特異な自然の現象の生じている土地を含む。）で我が国にとつて学術上価値の高いもの（以下「記念物」という。）
そして、文化財保護法第109条第1項では、史跡について次のとおり規定している。文部科学大臣は、記念物のうち重要なものを史跡、名勝又は天然記念物（以下「史跡名勝天然記念物」と総称する。）に指定することができる。
文部科学省が公表している『特別史跡名勝天然記念物及び史跡名勝天然記念物指定基準』では、史跡の指定基準[2]が次のように定められている。次に掲げるもののうち我が国の歴史の正しい理解のために欠くことができず、かつ、その遺跡の規模、遺構、出土遺物等において、学術上価値あるもの
貝塚、集落跡、古墳その他この類の遺跡
都城跡、国郡庁跡、城跡、官公庁、戦跡その他政治に関する遺跡
社寺の跡又は旧境内その他祭祀信仰に関する遺跡
学校、研究施設、文化施設その他教育・学術・文化に関する遺跡
医療・福祉施設、生活関連施設その他社会・生活に関する遺跡
交通・通信施設、治山・治水施設、生産施設その他経済・生産活動に関する遺跡
墳墓及び碑
旧宅、園池その他特に由緒のある地域の類
外国及び外国人に関する遺跡
これらの条件を満たすと判断されたものが、文部科学大臣から文化審議会に諮問され、文化審議会における専門家の審議、文部科学大臣への答申を経た上で、史跡に指定される。2008年8月1日現在、1,631件（次項の「特別史跡」を含む。）が史跡に指定されている。
文化財保護法第109条第2項では、特別史跡（とくべつしせき）について次のとおり規定している。文部科学大臣は、前項の規定により指定された史跡名勝天然記念物のうち特に重要なものを特別史跡、特別名勝又は特別天然記念物（以下「特別史跡名勝天然記念物」と総称する。）に指定することができる。
そして、『特別史跡名勝天然記念物及び史跡名勝天然記念物指定基準』は、特別史跡の指定基準を次のように規定している。史跡のうち学術上の価値が特に高く、わが国文化の象徴たるもの
つまり、史跡のうち特に重要なものとみなされ、日本文化の象徴と評価されるものが特別史跡である。2008年8月1日現在、61件が特別史跡に指定されている。
近代の文化遺産の適切な保護を図るため、1995年（平成7年）3月6日、指定基準が改正され、第二次世界大戦終結頃までの政治、経済、文化、社会等あらゆる分野における重要な遺跡が史跡指定の対象となった[3]。この改正を受けて同年6月、原爆ドームが史跡に指定され、国内法での法的保護が前提であるユネスコの世界遺産に登録されることとなった。
文化財保護法第182条第2項は、次のとおり規定している。地方公共団体は、条例の定めるところにより、重要文化財、重要無形文化財、重要有形民俗文化財、重要無形民俗文化財及び史跡名勝天然記念物以外の文化財で当該地方公共団体の区域内に存するもののうち重要なものを指定して、その保存及び活用のため必要な措置を講ずることができる。
この規定に基づき、各地方公共団体は「文化財保護条例」等の名称の条例を制定して、遺跡に対する史跡指定を行っている。ただしこの規定は、国指定の史跡から漏れたものに対して地方公共団体が指定すると解釈されるため、地方指定の史跡が国指定の史跡となった場合は地方指定は解除される。地方公共団体の制度はおおむね国の制度に準じたものであるが、それぞれの実情に応じた制度が定められている。例えば、東京都文化財保護条例第33条は、次のとおり規定している。教育委員会は、都の区域内に存する記念物（法第百九条第一項の規定により、史跡、名勝又は天然記念物に指定されたものを除く。）のうち、都にとつて重要なものを、東京都指定史跡（以下「都指定史跡」という。）、東京都指定旧跡（以下「都指定旧跡」という。）、東京都指定名勝又は東京都指定天然記念物（以下「都指定天然記念物」という。）（以下これらを「都指定史跡旧跡名勝天然記念物」と総称する。）に指定することができる。
東京都の制度では、「東京都指定史跡」として指定することの困難な伝承地や現状が大きく変更された植物園などを、「東京都指定旧跡」の名で指定している（詳細は後述）。
1919年（大正8年）の「史蹟名勝天然紀念物保存法」によって、史跡の法的な保護制度が確立した。当時、遺跡保存の運動の中心にいたのは東京帝国大学で国史学教室を主宰していた黒板勝美[4]であった。黒板は、遺跡保存の先進地であったイギリスに留学経験のある日本の古代史学者であり、保存すべき対象として国史学で用いられることの多かった「史蹟」の語を用いたのである。その後、史蹟名勝天然紀念物保存法は、1950年（昭和25年）制定の文化財保護法に引き継がれた。
史跡に限らず記念物は、名勝でも天然記念物でも一般に「土地に結びついた文化財」（ただし、天然記念物の動物個体指定だけは例外）であり、この場合、たとえば、古戦場跡や旧街道跡は、指定面積が限定しにくいため、境界が確定できる区域に限って史跡指定される性格をもっている。
伝承地の問題
また、「平将門の首塚」のように伝承地としては長い歴史をもつものの、史実としては、実際に平将門の首が埋葬されたとは到底考えられない遺跡も「史跡」の要件を満たすことは難しく、東京都では「記念物」には含めるものの「史跡」には含めず、それとは別のカテゴリ、すなわち、都指定史跡に準ずるもので、歴史の正しい理解のために欠くことができず、その遺構に歴史的価値の痕跡が残っているもの、または旧態を推定し得るものとして旧跡という指定区分を設け、保存措置を講じている。
東京都の事例
「小石川御薬園」も、現在は東京大学大学院理学系研究科附属植物園となっているが、往事に植栽されたものとは内容も構成も異なっており、施設などの面でも往事の痕跡はとどめないので、東京都では「旧跡」に含めている。