文化財保護法第182条第2項は、次のとおり規定している。地方公共団体は、条例の定めるところにより、重要文化財、重要無形文化財、重要有形民俗文化財、重要無形民俗文化財及び史跡名勝天然記念物以外の文化財で当該地方公共団体の区域内に存するもののうち重要なものを指定して、その保存及び活用のため必要な措置を講ずることができる。
この規定に基づき、各地方公共団体は「文化財保護条例」等の名称の条例を制定して、遺跡に対する史跡指定を行っている。ただしこの規定は、国指定の史跡から漏れたものに対して地方公共団体が指定すると解釈されるため、地方指定の史跡が国指定の史跡となった場合は地方指定は解除される。地方公共団体の制度はおおむね国の制度に準じたものであるが、それぞれの実情に応じた制度が定められている。例えば、東京都文化財保護条例第33条は、次のとおり規定している。教育委員会は、都の区域内に存する記念物（法第百九条第一項の規定により、史跡、名勝又は天然記念物に指定されたものを除く。）のうち、都にとつて重要なものを、東京都指定史跡（以下「都指定史跡」という。）、東京都指定旧跡（以下「都指定旧跡」という。）、東京都指定名勝又は東京都指定天然記念物（以下「都指定天然記念物」という。）（以下これらを「都指定史跡旧跡名勝天然記念物」と総称する。）に指定することができる。
東京都の制度では、「東京都指定史跡」として指定することの困難な伝承地や現状が大きく変更された植物園などを、「東京都指定旧跡」の名で指定している（詳細は後述）。
1919年（大正8年）の「史蹟名勝天然紀念物保存法」によって、史跡の法的な保護制度が確立した。当時、遺跡保存の運動の中心にいたのは東京帝国大学で国史学教室を主宰していた黒板勝美[4]であった。黒板は、遺跡保存の先進地であったイギリスに留学経験のある日本の古代史学者であり、保存すべき対象として国史学で用いられることの多かった「史蹟」の語を用いたのである。その後、史蹟名勝天然紀念物保存法は、1950年（昭和25年）制定の文化財保護法に引き継がれた。
史跡に限らず記念物は、名勝でも天然記念物でも一般に「土地に結びついた文化財」（ただし、天然記念物の動物個体指定だけは例外）であり、この場合、たとえば、古戦場跡や旧街道跡は、指定面積が限定しにくいため、境界が確定できる区域に限って史跡指定される性格をもっている。
伝承地の問題
また、「平将門の首塚」のように伝承地としては長い歴史をもつものの、史実としては、実際に平将門の首が埋葬されたとは到底考えられない遺跡も「史跡」の要件を満たすことは難しく、東京都では「記念物」には含めるものの「史跡」には含めず、それとは別のカテゴリ、すなわち、都指定史跡に準ずるもので、歴史の正しい理解のために欠くことができず、その遺構に歴史的価値の痕跡が残っているもの、または旧態を推定し得るものとして旧跡という指定区分を設け、保存措置を講じている。
東京都の事例
「小石川御薬園」も、現在は東京大学大学院理学系研究科附属植物園となっているが、往事に植栽されたものとは内容も構成も異なっており、施設などの面でも往事の痕跡はとどめないので、東京都では「旧跡」に含めている。他の東京都指定旧跡には、練馬城跡、世田谷城跡、御茶ノ水などがある。
埼玉県の事例
埼玉県も「旧跡」の指定区分を採用しており、さいたま市の寿能城跡、行田市の忍城跡、深谷市の渋沢栄一生地、富士見市の難波田氏館跡が指定されている。
「開発」記録保存か遺跡保存かの問題
「長屋王邸宅跡」のように保存されていれば特別史跡に指定された可能性のきわめて高い遺跡も、発掘調査はなされたものの遺跡が破壊されてしまい「奈良そごう」（現在はイトーヨーカドー奈良店）となってしまったため、「史跡」には指定されなかった。一方、三内丸山遺跡のように、発掘調査によって遺跡の重要性が判明したため、既に着工していた野球場建設を中止し、遺跡の保存を決定し、特別史跡に指定されている例がある。
史跡指定と有形文化財指定との関係
文化財保護法に基づく各文化財の指定基準による指定の例よれば、姫路城を例にとると、敷地およびそれと結びついた石垣、濠等の遺構としては「特別史跡」、個々の建造物のうち、大小天守・渡櫓の8棟は「国宝」、櫓・渡櫓27棟、門15棟、塀32棟は「重要文化財」として指定されている。このような例が一般的である。
神戸市の「箱木家住宅」（重要文化財）のように建築史上、建物自体が重要だという遺構に関しては、史跡ではなく有形文化財（国宝、重要文化財）として指定している。ここでの指定は、いわば土地とは切り離されており、場合によっては、博物館明治村の移築建造物のように、指定はそのままで移築がなされることもある。一方、建築物として重要であるが敷地である土地や付属する井戸等も合わせて保存を図ろうとする重要文化財の例がある。それに対し、萩市の「伊藤博文旧宅」（史跡）は土地と結びついてこそ重要であるとの見地から、史跡として指定され、記念物に含めている。もとより、ともに住居であることにはかわりがない。
陵墓、陵墓参考地との問題
「大仙陵古墳」や「誉田御廟山古墳」をはじめとする「陵墓」は、宮内庁が管理し、現在も皇室による祭祀が行われており、研究者が自由に立ち入って調査することができない[5]。また、史跡等にも指定されていない。このことについては、考古学研究者、歴史研究者からの根強い批判がある[6]。