さらに2004年に国鉄時代から使用していた113系を本区間から運用撤退させる旨の発表がJR側からなされると、一部のマスコミが「湘南電車の引退」と報じた。
2006年3月17日の営業運行終了に際して、JR東日本側でも「さよなら湘南電車」として沿線観光パンフレットを製作、最後まで運用した編成の先頭車前面に「ありがとう113系電車」と表記した4種類のステッカーを貼付、さらには藤沢駅東海道線ホームのキヨスクを80系に擬装するなど、単なる「車両の引退」という枠を超えたPRも行っていた。これは近年の一般社会で用いられた珍しい例といえる。
東京駅 - 熱海駅間においては、普通列車、快速「アクティー」、通勤快速のほか、湘南新宿ライン、ホームライナーとして「湘南ライナー」、さらに特急「踊り子」「スーパービュー踊り子」が運転されている。なお、この区間を越えて運行される長距離列車は以下の各項目記事を参照のこと。
寝台特急「富士」
寝台特急「はやぶさ」
寝台特急「サンライズ瀬戸」
寝台特急「サンライズ出雲」
夜行快速「ムーンライトながら」
この区間を走るほぼすべての普通列車と「アクティー」・通勤快速・湘南新宿ラインの全列車の4・5号車には2階建てグリーン車が2両連結されている。
各駅に停車する。ただし、東京駅 - 横浜駅と（東京駅 - ）横浜駅 - 大船駅ではそれぞれ京浜東北線と横須賀線が並行するため、それらに対して停車駅を限定し、快速線としての役割を果たしている。
普通列車は主に東京駅 - 平塚駅・小田原駅・熱海駅の運行が基本だが、国府津駅や伊東線伊東駅、また朝夕にはJR東海の沼津駅・御殿場線山北駅発着の列車も運転され、早朝・深夜を中心に品川駅発着の列車も存在する。
かつては熱海駅以西（沼津駅、静岡駅、島田駅、浜松駅など）への直通列車も多かったが、2004年10月16日のダイヤ改正以降は大部分の列車がJR東日本管内で完結するように改められた。JR東日本は直通需要が少ないためとしているが、小田原市を中心とする神奈川県西湘地区と静岡県中・東部地区（沼津市、三島市など）は地域の繋がりが深く、実際の利用客数は通勤客・通学客などを中心に常時一定数存在し、現在これらの利用客は稀有の直通列車を選択して利用するか熱海駅での乗り換えが必要となっている。
使用車両は211系やE231系が中心であり、一部に横須賀線から転じたE217系と、E233系も投入されている。113系（ロングシート改造車）以降、ラッシュ時の混雑対策のためにロングシート車の割合が増えたが、E217系とE231系では編成の一部車両をセミクロスシート車両としている（15両編成の場合普通車13両中6両、10両編成の場合普通車8両中4両、E217系では同3両）。
その他、一部特急用車両である185系および373系を用いた普通列車が3本（下り2本・上り1本）存在する。
ラッシュ時を中心に全区間15両編成で運行される列車が大半を占めるが、10両編成程度（185系は12両編成、373系は9両編成）で運転される列車も少なくなく、一部には5両編成のみ（下り2本、211系とE231系）での運行も存在する。また途中駅である平塚駅（下り8本、上り6本）や国府津駅（下り3本、上り4本）、熱海駅（平日上下および土曜休日上り各3本、土曜休日下り2本）で付属編成の分割・併合を行う列車（計：平日下り14本、同上りおよび土曜休日上下各13本）や御殿場線内を始発・終着とする付属編成を併結する複数行先列車も存在する（下り1本）。
東京駅 - 熱海駅をおおよそ毎時1本運転する快速列車である。ただし、朝夕の列車は主に小田原発着となる。運転時間帯は下りが東京発8 - 16時台（土曜・休日は19 - 21時台にも）、上りが平日東京着11 - 23時台、土曜・休日東京着10 - 22時台となっている。基本的に下りは平塚駅、上りは国府津駅か小田原駅で普通列車に連絡する。
1985年3月14日のダイヤ改正から東京駅 - 熱海駅で運転を開始した急行形車両による無名の快速列車が直接のルーツである。1989年3月11日のダイヤ改正で平日のみ藤沢・茅ヶ崎・平塚の各駅に停車していたエル特急「踊り子」の停車駅を削減し、通過駅を快速が代替する形で「アクティー」の名称が与えられ、現在の運行体系となった。
当初は京阪神地区の新快速に準ずる種別としての位置付けだったが、1997年10月1日以降一部、2004年10月16日以降は全列車が早川駅と根府川駅にも停車するようになり、小田原 - 熱海間は各駅停車となった。そして2007年3月18日からは戸塚駅が停車駅に加わり特別快速と停車駅が統一されたため、東京 - 藤沢間も全駅停車となった。首都圏中距離放射路線の快速としては通過駅が少なく、東京駅 - 熱海駅の距離104.6km、途中19駅に対する通過駅は4駅（#停車駅参照）である。
