民主進歩党全国代表大会は党の最高意思決定機関であり、年一回中央執行委員会を招集して、党の綱領や党章を改定し、中央執行委員会委員などを選挙、或いは罷免する。中央執行委員会は常設の執行機関で、党主席を含む35名の委員から構成され、中央執行委員会の委員を何人確保するかは党内各派の党争の焦点であり、中央執行委員の内14名は中央常務委員に兼任する。
党主席は党員の直接選挙で選任され、任期2年、一回のみ再任が可能。中央評議委員会は党の全国代表大会で選出された11名の委員から構成され、党務を監督する。党中央部の下に国際事務部（中国事務部は2007年8月1日付けで国際事務部に吸収合併）、組織普及部、文化宣伝部、社会発展部、扶助発展部、青年発展部、族群事務部の8個の部と、財務委員会、政策委員会の２個の委員会と、世論調査センターと“台湾民主学校”を設置している。民進党は海外支部や地方支部などの下部組織を設立している。現在の党員数は約100万人。
任届姓名選挙方式就任退任経歴
1江鵬堅党員選挙1986年1987年民進党建党メンバー。国立台湾大学法律学科卒業。美麗島事件弁護人。
2姚嘉文党員選挙1987年1988年国立台湾大学法律学科卒業。美麗島事件被告人（判決懲役12年、1987年釈放）。元立法委員、考試院院長。
3
4黄信介党員選挙1988年1991年台湾地方行政專科学校卒業。美麗島事件被告人（判決懲役14年、1987年釈放）。元立法委員。
5許信良党員選挙1991年1993年国立政治大学政治学科卒業。美麗島雑誌社社長。元桃園県県長、総統府顧問。
6施明徳党員選挙1994年1996年陸軍砲兵学校卒業。美麗島事件被告人（判決無期懲役、1990年釈放）。1984年・2007年ノーベル平和賞候補者。2006年9月、「百萬人民倒扁運動」（陳水扁総統辞任要求運動）総召集人。
-張俊宏代理1996年1996年美麗島事件被告人。元立法委員、党秘書長、海峡交流基金会副理事長。2007年10月に「全民電通」董事長（取締役会長）時の背任罪により懲役11年を求刑される。
7許信良党員選挙1996年1998年（再任）
8林義雄党員選挙1998年2000年国立台湾大学法律学科卒業。弁護士。台湾省議会議員。美麗島事件被告人（判決懲役12年、1984年釈放）。
9謝長廷党員選挙2000年2002年国立台湾大学法律学科卒業、京都大学法学（法哲学）修士。美麗島事件弁護士。元立法委員、高雄市市長、中華民国行政院院長、2008年中華民国総統選挙民進党公認候補。
10
11陳水扁総統兼任2002年2004年国立台湾大学法律学科卒業。美麗島事件弁護士。元立法委員、台北市市長、中華民国総統。
-柯建銘代理2004年2005年立法委員、元民進党立法院党団幹事長。
11蘇貞昌補選2005年2005年国立台湾大学法律学科卒業。美麗島事件弁護士。元立法委員、台北県県長、総統府秘書長、行政院院長。
-呂秀蓮代理2005年2006年国立台湾大学法学部及び同大学法律研究所（大学院に相当）卒業、イリノイ大学及びハーバード大学法学修士。美麗島事件被告人。元立法委員、桃園県県長、中華民国副総統。
11游錫?補選2006年2007年東海大学 (台湾)政治学科卒業。総統府秘書長、行政院院長。
11陳水扁総統兼任2007年2008年（再任）
-謝長廷代理2008年2008年総統候補ということで代理を務める。
12蔡英文党員選挙2008年ロンドン・スクール・オブ・エコノミクス法学博士。李登輝政権下で両国論の起草に参加、陳水扁政権下で行政院大陸委員会主任委員、立法委員（全国区）、行政院副院長。民進党初の女性主席となる。
民進党は、元来、反国民党勢力の寄せ集め的な性格が強く（各地方に散らばっていた党外活動家を「党名のない党」＝「党外」の名のもとに結集させたのがルーツ）、各人の立場や思想的な傾向は一枚岩ではない。1986年9月28日の結党時点でも、穏健派の「泛美麗島系」、急進独立派の「新潮流系」及び中間勢力の3大勢力が既に存在していた。 1990年代になると、反体制活動家の「ブラックリスト」の廃止（1992年）に伴い海外の台独連盟の主要勢力が順次帰国し、それら活動家が民進党に合流した。また、美麗島事件での弁護士らを中心とする中間勢力の中から「正義連線」及び「福利国連線」の2派が形成された。これらの動きがあり、従来の3派が5派へと拡大した。さらに1997年に泛美麗島系が「美麗島系」、「新動力系」、「新世紀系」の3派に分裂し、党内主要派閥は7派となった。
その後派閥整理再編の動きが生じており、最近では新潮流系と正義連線、福利国連線とで党内3大派閥を形成している（最大派閥は新潮流系）。
ただし、2006年7月23日の党大会で、党内派閥の活動が禁止が決議されたため、表向き従来のような派閥事務所を閉鎖、派閥会合はできなくなっている。
党内各派閥の特徴は以下のとおり（肩書きは2006年時点のもの）。
福利国連線
中間勢力から派生。党内実力者が多く、路線的には「台湾独立」を志向している。主要メンバーは謝長廷（前行政院長）、蘇貞昌（行政院長）、蔡同榮（立法委員・党中央執行委員）、蘇嘉全（内政部長）など。最近は、ともに総統予備選挙に名乗りを上げている謝長廷と蘇貞昌がライバルとなって激しく競争しており、福利国系統は事実上、謝系（謝長廷直系）と蘇系（蘇貞昌直系）分裂。ただし福利国系統としては謝系のほうが多いため、蘇系は新潮流系と連合を組んでいる。
正義連線
福利国連線同様中間勢力から派生。どちらかというと穏健派であり、路線的には現状維持を志向している。主要メンバーは陳水扁（総統）、呂秀蓮（副総統・党中央常務委員）、蔡煌瑯（立法委員、立法院党団幹事長）、高志鵬（立法委員、党中央評議委員）など。
新潮流系
党内3大派閥のひとつ。党内派閥の中では最も組織力が強く、かつては学生運動、労働運動、農民運動、環境運動などの社会運動にも大きな影響力を持っていた。結党時は急進独立派で社会民主主義を掲げていたが、政権獲得後は行政主要ポストを多数獲得したこともあって、路線的にはむしろ国民党に近づいている。主要メンバーは邱義仁(総統府国家安全会議秘書長)、呉乃仁(前台湾証券交易(取引)所会長)、林濁水(2006年11月に立法委員を辞職)など。
台独連盟
主要メンバーは張燦?、陳唐山(総統府秘書長)、郭倍宏、李応元(党秘書長)など。個々のメンバーは正義連線・陳水扁直系、福利国連線・謝系あるいは新潮流系のいずれかへとそれぞれ吸収されつつある傾向にあり、党内での勢力が衰えている。
緑色友誼連線
かつての「美麗島系」などからなる新興派閥。