罰金刑の上限は50万円であったが、これを100万円に引き上げる案[1]が出ていた。これを受けて、刑法及び刑事訴訟法の一部を改正する法律（平成18年5月8日法律第36号）により罰金刑の上限が100万円に引き上げられた。この改正は平成18年5月28日施行。
5年以下の懲役になったのは1968年（昭和43年法律第61号）からである。それまでは3年以下の禁錮であったが交通戦争とまで呼ばれた交通死亡事故の急増を受けて罰則が強化された[2]。
日本の刑法では、単純な過失致死罪は「50万円以下の罰金」、過失傷害罪は「30万円以下の罰金又は科料」であるのに対して、業務上過失致死傷罪は「5年以下の懲役若しくは禁錮又は100万円以下の罰金」と、格段に重い刑が定められている（自動車運転過失致死傷罪に関しては7年以下の懲役若しくは禁錮又は100万円以下の罰金。平成19年6月12日施行。後述#交通事犯の特則参照）。
業務上の過失犯がなぜ単純な過失犯より重く処罰されるのかという理由は、通説・判例によれば、業務者は人の生命・身体に対して危害を加えるおそれがある立場にあることから、このような危険を防止するため政策的に高度の注意義務を課す必要があるため（最判昭和26年6月7日刑集5巻7号1236頁参照）、と説明される（政策説）。業務者は重大な結果を招きやすいのだから、注意を怠った場合には重く処罰されることを予告して、より慎重な行動を促すということである。この他にも、業務者は注意能力が普通の人に比べて高いのだから、注意義務違反をした場合には違反の程度も高いため重く処罰される、などとも説明される（義務違反重大説）。
対して、重過失致死傷罪等による過失の各加重類型が整備された現在、業務概念の意味を解釈する作業は裁判所に実益のない努力を強いるものであり、また業務を冠することにより単純過失致死罪に比べて刑の加重類型とする理由を直ちに導き得るとは言えず、むしろこのような業務を理由とする加重類型の存することは、裁判所をして「余りにも喜ばしくない形式に堕せしめ、また実質上理由なき区別に没頭せしめた」との批判もある（最判昭和60年10月21日、補足意見）。
自動車運転過失致死傷罪の新設によって交通事犯とその他の事故で刑の不均衡が生じるという批判がある[3]。
しかし日本の市民は事故の当事者の処罰を強く望む傾向があり、危険運転致死傷罪の制定など交通事犯の厳罰化を求める被害者の署名運動では数多くの市民が署名したとされる。
マスコミの報道も事故の再発防止よりも被害者感情を重視する傾向にあり、このことが市民の処罰感情を煽っているのではないかとする向きがある。
我が国では現在国土交通省の審議会の一つである航空・鉄道事故調査委員会が、鉄道事故・航空事故の原因究明、および今後の事故防止のために必要な調査研究を行っている。しかし、現行制度では主に業務上過失致死傷罪の容疑による刑事捜査が優先されるため、個人責任追及に晒された当事者や関係者に被疑者・被告人に当然に認められた黙秘権の行使を促すこととなり、事故原因の究明が妨げられ、鉄道・航空安全の向上に資する機会を失しているとの批判がある。
今日、事故に関係した個人に対する刑事責任を問わないのは世界の趨勢となっており、事故調査の権威である米国の国家運輸安全委員会 (NTSB)がその強力な権限で得た調査結果を訴訟で証拠採用することを禁じているように、事故原因の徹底的究明と再発の防止のためには、事故調を強い権限を持つ機関に改組し、過失による刑事責任を問わないことで当事者からの証言を得やすくすることが必要だ、とする意見が年々増加傾向にあるという。
また、刑事捜査の際の証拠物件の押収もまた事故調による調査の妨げとなり、真の原因究明とは程遠い結果を招くとの批判がある[4]。航空事故に関しては、逆に事故調査機関の調査資料が刑事捜査資料として使われることがあり、国際民間航空条約に違反しているとの批判がある。
近年、医療過誤に対し、自動車事故のように単純に業務上過失致死傷罪に問うべきではない、との批判が医療側や一部の法曹から出ている。その論旨は以下のようなものである[5] [6]。
刑事訴訟は個人責任追及が主眼となりがちで、事故調査機関での例と同様に真実の追究を妨げられ、医療機関や医療制度そのものの問題点の分析がおろそかとなり、医療の安全性向上への取組みや実効的な改善施策の継続がなおざりになる。
したがって、単純ミスを引き起こした背後要因の改善が期待できず、いくら特定の医療従事者個人の責任を追及し厳罰に処しても、ヒューマンエラーは減少しないとの指摘がある。
過失犯の犯罪構成要件の明確性が乏しく、どのような医療過誤をしたら処罰されるのかが曖昧であり、罪刑法定主義の観点から望ましくない。医療の不確実性及び厳しい諸制約を考えれば、事例ごとの総合的判断が必須であり、軽過失と無過失とを分ける注意義務や結果回避義務をあらかじめ明確に想定することも困難である。
刑事罰による威嚇効果が、医療従事者の医療行為の消極性・保守性へと連なり、医療技術を発展を阻害するのみならず、医療の萎縮化という弊害を招く（防衛医療）。特に福島県立大野病院事件は産科医療の崩壊を招いたとの指摘がある。
善意と使命感を持って患者の診療を行う大多数の医療従事者を他の犯罪者同様に取り扱おうとすることは、彼らに許容し難い心情的苦痛を産み出し、患者への善意を減退させ、患者との関係の崩壊に繋がるという点で、倫理的にも誤った考え方である。
例えば自動車等は運行しない時点では何ら危険はなく、自ら運行することによって危険を発生させている。これに対し、医療行為は医療従事者が危険性を創出するわけではなく、既に患者に生命身体の危険（疾患）が存在しており、既存の危険を減少・消滅させたいという患者の求めに応じて治療が行われ、また業務内容において人の死傷に直結するリスクは他の業務と比較して非常に高い。この差異を考えれば、医療過誤を自動車事故等と同列に扱う従来の法の運用は危険責任の本質を見誤っている。
以上から、刑罰には「被害者感情に配慮した応報」という意義しかなく、社会にとっては負の作用の方が大きい。刑事裁判はあくまでも法に則り司法が量刑を与えるものであり、遺族・被害者のための報復という考えは近代民主主義国家の刑事裁判としては受容できないという意見も根強い。
交通事犯については、業務上過失致死傷罪が適用されるのが一般的であるが、重大な結果を伴う悪質な交通事犯に対して厳罰を求める世論に配慮して危険運転致死傷罪が新設された（刑法208条の2）。