駅構造同一ホームに停車する舞鶴線の列車（奥）と小浜線の列車（手前）
駅構造は途中駅（交換可能駅）の面持ちである。 7輌編成に対応できる島式ホーム1面2線の高架駅。基本的にホームの西舞鶴寄りに福知山方面行きが、小浜寄りに敦賀方面行きが停車する。同一線路に2つの列車が停車することがあるので、乗車の際には注意が必要である。
ホーム内では駅弁等の販売は行われていないが、改札を出て1階にはキヨスクの他に喫茶店や駅弁販売所、舞鶴市観光案内所がある。又、1階の改札口からはエスカレーターの他にエレベーターも設置されており、バリアフリー化されている。始発から終電まで終日駅業務が行われている。 みどりの窓口設置駅。
のりば1・2■舞鶴線西舞鶴・綾部・福知山・京都方面
■小浜線小浜・敦賀方面
北口を出て少し歩くと商店街が広がり、徒歩10分程度で舞鶴東港に到着する。また南口も、高架化に伴い、北部最大規模のショッピングセンターのエール東舞鶴店などがある。 南北ともロータリーも設置され、北口ロータリーからは京都交通バスによって市内各地へ連絡されているほか、東京、大阪（梅田、なんば）、神戸三宮、京都方面への高速バス乗り場、タクシー乗り場、休日には、周遊観光バス（プリーズ号）が運行している。
新日本海フェリーが発着する舞鶴フェリーターミナルは舞鶴東港のうち前島埠頭の北端に位置するので、タクシーを利用するのが無難である。車で約7分程度。多客期には北口よりフェリーターミナルへ連絡バスが運転される。（連絡バス運行予定は新日本海フェリー公式ホームページを参照）
北口
舞鶴市役所
赤れんが博物館（当駅から京都交通で、赤れんが博物館前下車）
駅前交番
八島商店街
京都新聞社舞鶴支局
舞鶴共済病院
ビジネスホテル・ウェーブ舞鶴
京都銀行東舞鶴支店
福邦銀行東舞鶴支店
京都北都信用金庫東舞鶴中央支店
京滋信用組合本店営業部舞鶴出張所
ホテル・マーレたかた
近畿財務局舞鶴出張所
南口
エール東舞鶴店
ホテルアルスタイントマトアンドアソシエイツ登記上本店があったが、2006年4月にすかいらーくに買収されたため本店事務所は閉鎖され、同社とは無関係となった。
京都北都信用金庫南浜支店
ジャパレン北京都東舞鶴営業所
日産北京都販売東舞鶴支店
ドラッグユタカ東舞鶴駅前店
京都?東舞鶴間を特急「まいづる」が1日上り5本、下り6本運転、特急「タンゴディスカバリー」が1日2往復の計7.5往復運転されており、いずれも当駅が終着駅となっている（ただし「まいづる」は休祝日には小浜まで延長される）。また普通列車は上りは快速列車の1本を含む1日30本、下りは29本の計59本運転されている。（2005年4月現在）
2006年度の1日あたりの乗車人員は約1,345人で、官公庁の集中する地域性から、主に京都方面からのビジネス利用が多い。
歴史
1904年（明治37年）11月3日 - 国鉄の新舞鶴駅（しんまいづるえき）として開業。即日阪鶴鉄道に貸与。客貨取扱を開始。
1907年（明治40年）8月1日 - 阪鶴鉄道が国有化。
1919年（大正8年）7月21日 - 中舞鶴駅への支線（中舞鶴線）が開通。
1939年（昭和14年）6月1日 - 東舞鶴駅に改称。
1972年（昭和47年）11月1日 - 中舞鶴線が廃止。
1980年（昭和55年）9月30日 - 貨物取扱を廃止。
1987年（昭和62年）4月1日 - 国鉄分割民営化により西日本旅客鉄道の駅となる。
1996年（平成8年）7月13日 - 高架駅化。
