運賃は営業キロに基づいて算出する。東京 - 新大阪間の営業キロは、並行する東海道本線のそれと同一になっている。

特急料金は、「三角表」と称するものにより各駅間個別に定められている。一方、この各駅間の特急料金は当該区間の営業キロに基づいて算出されたものである。営業キロに対応する特急料金及びその他の特定の区間の特急料金は以下のとおり。

（参考）東海道新幹線特急料金表（2008年3月15日現在）営業キロ・区間特急料金（円）
自由席「ひかり」・「こだま」指定席
通常期閑散期繁忙期
100キロ以下隣接駅間[10]（50キロ以下）、
東京 - 新横浜8402,1901,9902,390
隣接駅間[10]（51 - 100キロ）、
三島 - 静岡、
静岡 - 浜松、
豊橋 - 名古屋950
上記以外1,680
101 - 200キロ東京 - 熱海、
東京 - 三島、
品川 - 三島
上記以外2,4102,9202,7203,120
201 - 300キロ3,2503,7603,5603,960
301 - 400キロ3,9804,4904,2904,690
401 - 500キロ4,4104,9204,7205,120
501 - 600キロ4,7305,2405,0405,440
601 - 700キロ5,1405,6505,4505,850
701 - 800キロ5,6606,1705,9706,370
801 - 900キロ6,2006,7106,5106,910
901 - 1000キロ6,7207,2307,0307,430
1001 - 1100キロ7,2507,7607,5607,960
1101キロ以上7,7708,2808,0808,480


上表は東海道新幹線のみを利用する場合または東海道新幹線と山陽新幹線とにまたがって利用する場合の特急料金である。山陽新幹線のみを利用する場合の特急料金は山陽新幹線の特急料金を参照

「のぞみ」の指定席を利用する場合の特急料金は、上表の金額に「のぞみ」指定席利用区間ののぞみ加算額を加算した金額となる。のぞみの特急料金を参照

特別企画乗車券

当路線の区間には様々な特別企画乗車券（トクトクきっぷ）が発売されている。

のぞみ早特往復きっぷ、ひかり早特きっぷ、スーパー早特往復きっぷ、新幹線回数券のほか、特別企画乗車券ではないがぷらっとこだまや1dayプランも参照

新幹線回数券20

「のぞみ」を含む全列車の普通車指定席が利用できる20枚綴りの回数券である。2003年9月いっぱいで廃止（利用停止）された「新幹線エコノミーきっぷ」を代替する形で、2003年に夏から発売開始された。多客期の利用・利用区間の変更・途中下車・乗継割引は不可。片道あたりの値段は13,240円、普通車自由席を利用した場合と同じで「エクスプレス予約」の方が安い。
設定区間と値段（通常期に「のぞみ」普通車指定席を利用した場合の片道の値段 割引率）
東京都区内⇔新大阪市内 13,240円（14,050円 5.8%）

ひかり・こだま自由席用早特きっぷ

枚数限定の片道「割引きっぷ」である。「新幹線エコノミーきっぷ」の廃止に伴い2003年から登場した。乗車日の1か月前 - 1週間前に発売され、乗車指定日の「ひかり」「こだま」普通車自由席に乗車可能。割引率が高い。
設定区間と値段（通常期に普通車自由席を利用した場合の値段 割引率）
名古屋市内⇔新大阪市内 4,250円（5,670円 25%）

新幹線名古屋・豊橋往復きっぷ/新幹線新城・本長篠往復きっぷ

名古屋 - 豊橋間で「ひかり」「こだま」の普通車自由席が利用できる往復割引きっぷである。乗車日当日のみ発売され、有効期限は1日間。在来線用の割引往復きっぷとあわせて、併走する名鉄特急に対抗するための切り札な料金サービスとなっている。割引率は東海道新幹線のトクトクきっぷとしては非常に高く、特に豊橋 - 名古屋間で土休日用を利用した場合、片道あたり1,250円で、在来線片道運賃（1,280円）よりも安い。また土休日に本長篠 - 新守山間（通常往復5,680円）でこのきっぷを使った場合、割引率は54.2%にも達する。
設定区間と値段（通常「こだま」普通車自由席で往復した際の値段 割引率）
豊橋 - 豊川・二川⇔名古屋（市内） - 平日用2,800円 土休日用2,500円（豊橋 - 名古屋間4,460円 平日37.2% 土休日43.9%）本長篠 - 三河一宮⇔名古屋（市内） - 平日用2,900円 土休日用2,600円（新城 - 名古屋間5,140円 平日43.6% 土休日49.4%）

のぞみJ回数券

のぞみJ回数券（のぞみJかいすうけん）は、東京（都区内）⇔三河安城・安城間を利用できる特別企画乗車券（回数券）である。東京 - 名古屋間は「のぞみ」の普通車指定席・グリーン車と、名古屋 - 三河安城間の「こだま」普通車自由席もしくは、名古屋 - 安城・三河安城間の普通・快速列車が利用可能。名古屋駅でアルファベットの「J」のように折り返すことができるのが、この回数券の特徴である。多客期の利用、途中下車は不可。6枚綴り。

1枚当たりの値段

普通車用 - 10,860円（通常12,280円 割引率11.6%）

グリーン車用 - 14,550円（通常15,570円 割引率6.6%）

岐阜新幹線スーパー回数券

岐阜新幹線スーパー回数券（ぎふしんかんせんすーぱーかいすうけん）は、東京（都区内）⇔岐阜・岐阜羽島間を利用できる特別企画乗車券である。東京・品川 - 名古屋・岐阜羽島間の普通車指定席と名古屋 - 岐阜間の普通・快速列車が利用可能。名古屋で「のぞみ」と「ひかり」「こだま」を乗り継ぐこともできる。6枚綴りで多客期は利用できない。有効期限は3か月。

片道1人当たりの値段と通常料金との比較

東京（都区内）⇔岐阜・岐阜羽島 10,370円

通常 東京 - 岐阜羽島 11,190円（ひかり普通車指定席 割引率7.3%）

通常 東京 - 名古屋 - 岐阜 11,190円（のぞみ普通車指定席+快速）

東京新幹線回数券

東京新幹線回数券（とうきょうしんかんせんかいすうけん）は、和歌山 - 東京（都区内）間を利用できる特別企画乗車券である。和歌山 - 新大阪間は特急列車の普通車自由席、新大阪 - 東京間は新幹線全列車のグリーン車・普通車指定席を利用できる。6枚綴りで有効期限は3か月、多客期の利用は不可。和歌山から新大阪駅よりも関西国際空港の方が近いこともあり、若干高めの割引率になっている。

片道1人当たりの値段

普通車用 13,920円

通常 15,910円（割引率 12.5%）


グリーン車用 18,560円

通常 20,350円（割引率 8.8%）

※通常の値段は通常期にのぞみ指定席を利用した場合。乗継割引を使用

新幹線エコノミーきっぷ

過去に発売されていた回数券で、「ひかり」「こだま」を利用することができた。2003年10月のダイヤ改正で「のぞみ」が大増発されたことにより廃止（利用停止）された。多客期は利用不可で、有効期限は3か月。ヘビーユーザーを中心に人気があり、金券ショップでもバラ売りされていた。