理学部は1877年の東京大学設立時からある学部の一つであり、特に化学科は1877年に卒業生（3名）を出した唯一の学科である。当初は数学科、物理学科、化学科（純正化学、応用化学）、生物学科（動物学、植物学）、星学科、工学科（機械工学、土木工学）、地質学科、採鉱冶金学科の8学科で構成されていた。1885年には、工学科および採鉱冶金学科学科が新設の工芸学部に移り、その翌年の1886年には数学科、星学科、物理学科、化学科、動物学科、植物学科、地質学科（1907年地質学科と鉱物学科に分割）からなる東京帝国大学理科大学となった。
1919年に東京帝国大学理学部となった後は、地理学科（1919年設置）、天文学科（1919年星学科から改称）、地震学科（1923年の関東大震災後に設置、1941年地球物理学科に改称）、人類学科（1939年設置）と学科新設・改称が行われたが、1949年に新制東京大学理学部となる際に学科の統合が行われ、数学科、物理学科（物理学、天文学、地球物理学の各課程）、化学科、生物学科（動物学、植物学、人類学の各課程）、地学科（地質学・鉱物学、地理学の各課程）となった。物理学科の各課程は1967年に分割されてそれぞれ独立した学科となったが、そのうち地球物理学科は、1991年に理学部附属地球物理研究施設と統合して地球惑星物理学科となった。
生物化学科は、化学科、生物学科の一部の講座と理工学研究所（現宇宙科学研究所）の一部を改組して1958年に設置された。
情報科学科は、1970年に設置された理学部附属情報科学研究施設を改組して1975年に設置された。
地球惑星環境学科は、2006年度に地学科を改組して設置された。地学科には地質学・鉱物学コースと地理学コースの2コースが設置されていたが、地球惑星環境学科ではカリキュラムが一本化され、コースの区別はなくなった。
理学部では、すべての学科で演習または実験・実習が必修となっている。また、学部教育特別プログラムとして2005年より「生物情報科学学部教育プログラム」（前身の「生物情報科学学部教育特別プログラム」も含めれば2001年より）および「アクチュアリー・統計プログラム」が行われている。2007年に新設された生物情報科学科は前者を発展させたものであり、2009年度進学者から受け入れを開始する。
数学科
情報科学科
物理学科
天文学科
地球惑星物理学科
地球惑星環境学科
化学科
生物化学科
生物学科
動物学コース
植物学コース
人類学コース
生物情報科学科
農学部には従来、学科が設置されていた（現在の専修に相当）が、1994年に課程制へ移行し5課程（応用生命科学、生物環境科学、生物生産科学、地域経済・資源科学、獣医学）が設置された。獣医学課程を除く各課程には複数の専修が置かれ、それらの専修が実験・実習ごとに1類から10類のいずれかに属するという複雑なシステムであった（獣医学課程獣医学専修は単独で8類を構成していた）。「課程」が縦割り組織であるのに対し、「類」は横割りの分類であると言える。
2006年度入学者より以下の3課程15専修に再編され、同時に類の区分も廃止された。
現在の獣医学課程に相当する獣医学科（1988年までは畜産獣医学科）は1984年より6年制となった。
応用生命科学課程
生命化学・工学専修
応用生物学専修
森林生物科学専修
水圏生命科学専修
動物生命システム科学専修
生物素材化学専修
環境資源科学課程
緑地生物学専修
森林環境資源科学専修
水圏生産環境科学専修
木質構造科学専修
生物・環境工学専修
農業・資源経済学専修
フィールド科学専修
国際開発農学専修
獣医学課程（6年制）
獣医学専修
経済学部は法科大学（法学部）から経済学科、商業学科の2学科を分離して1919年に設置された。商業学科は1962年に経営学科に改称された。2007年度には、中央大学、武蔵大学に次いで日本で3番目の金融学科が新設された（実際の学生受け入れは2009年度進学者から）。なお4年次進級時に自らが希望をすれば許可を受けた上で転学科をすることが可能である。
経済学科
経営学科
金融学科
2001年度からは、3年次までに経営関係のコア科目を始め卒業要件単位をほぼ取り終えた優秀な学部生を対象に「 ⇒経営特修コース」が開設されている。このプログラムでは実質的に学部4年生から大学院教育をスタートさせることで、大学院修士課程を1年で修了させ21世紀型の人材である「フィールド・ベース・プロフェッショナル(FBP: Field-Based Professional)」を育成することを目的としている。
経済学部の進学振分けは3学科を区別せずに行い、後期課程に進学する前に各自の希望で3学科に分かれる。学部の定員は340人であるが、各学科の定員は決まっていないため、希望どおりの学科に進学できる（ただし正式には、2006年度以前は「経済学科800人、経営学科560人」、2007年度は「経済学科770人、経営学科520人、金融学科70人」、2008年度は「経済学科740人、経営学科480人、金融学科140人」と定められている）。
同学部の進学振分けのもう一つの特徴として、全定員の2割近くの60人を全科類進学枠で募集することが挙げられる（その他にも理科各類からの指定科類進学枠が10人ある）。これは経済学が数学的能力を必要とする分野を多く含むため、文科だけでなく理科の学生も多く受け入れたいという要望が強いからである。実際、初めて全科類進学枠が導入された2008年度進学者のうち、理科からの進学者が27人（指定科類枠10人・全科類枠17人）、全科類枠による文科三類からの進学者が43人であり、全科類枠による文科二類からの進学者は0人であった。
各学科間の垣根は低く、卒業要件単位である選択必修科目の単位数も少なく他学部聴講の単位も多く認められるため、学生は柔軟な履修が可能となっている。意外かもしれないが卒業論文の提出は卒業に当たって必修ではなく任意である。
また経済学部の大きな売りは少人数制の演習（ゼミ）であり、学生の大半は何らかの通年のゼミか学期ごとの少人数講義に所属しているため、本郷でのアカデミックな生活においてはゼミが中心となる生活を送る学生は多い。夏にはゼミ対抗のフットサル大会が開催される。
教養学部には前期課程だけでなく後期課程も設置されている。詳細は東京大学大学院総合文化研究科・教養学部を参照。
後期課程
超域文化科学科
文化人類学分科
表象文化論分科
比較日本文化論分科
言語情報科学分科
地域文化研究学科
