大人普通旅客運賃（小児半額・10円未満切り上げ）。2004年12月1日現在。
キロ程運賃（円）
初乗り6km160
7 - 11km190
12 - 19km230
20 - 27km270
28 - 40km300
都営地下鉄との乗り継ぎには割引がある（最も安い経路の運賃から70円値引き。パスネット・PASMO・Suica使用時も対象）。
千代田線綾瀬 - 北千住間(2.6km)の相互発着は130円（小児60円）の特定運賃。この区間に限り東京地下鉄で唯一JRの乗車券や西日本旅客鉄道（JR西日本）のICOCA、2008年3月29日より東海旅客鉄道（JR東海）のTOICAが利用できるのに対し、東海道線の熱海 - 函南では、各種ICカードの利用ができない。
TOICA、ICOCAでは、PASMOエリアに乗り越しができないので、JRから東京メトロに乗り継ぐ場合、着駅までの乗車券を券売機にて購入するか、接続駅までの乗車券（中野、北千住、西船橋）を購入することになる。
南北線目黒駅 - 白金高輪駅間のみの乗車の場合は、線路・ホームを都営三田線と共有しているため、都営地下鉄の乗車券でも乗車することができる。
近距離では他社に比べてやや割高感があるが、中 - 遠距離は非常に安い（例、和光市から西船橋まで300円）。
東京地下鉄線全線に1日乗り降り自由な「東京地下鉄一日乗車券」が発売されている。当日券は自動券売機と定期券売り場で、6か月間のうち1日のみ有効の前売り券は定期券売り場のみで販売されている。なお、自動券売機で販売する一日乗車券（発売当日限り有効）はパスネット・PASMO・Suicaでも購入可能で、他社が管理する駅（中野・西船橋・日比谷線北千住・中目黒・代々木上原・半蔵門線渋谷・副都心線渋谷・和光市・目黒）も含めた東京地下鉄線全駅で購入できる。
また、都営地下鉄と組み合わせた「東京メトロ・都営地下鉄共通一日乗車券」や、23区内の都営交通（都営地下鉄・都営バス（多摩地域を含む）・都電荒川線・「日暮里・舎人ライナー」）やJR線と組み合わせた「東京フリーきっぷ」、各私鉄などと組み合わせた一日乗車券も販売されている。また、東京への訪問者や学生の修学旅行のために、1日間または2日間有効のオープンチケットも販売されている。なお、オープンチケットは、関東1都6県および山梨県を除く全国の旅行代理店で東京方面向けの旅行商品（JR乗車券等を含む）とセット販売となる。
営団地下鉄が民営化されて東京メトロになって以降、「○○東京メトロパス」として自社の一日乗車券と私鉄など各交通機関と組み合わせた多数の企画乗車券が発売されている。
また、一日乗車券の図柄の点でも、民営化以後、映画や美術館などのイベントなどの図柄を印刷したものが枚数限定で発行されている（2006年春のドラえもん、同年夏のディズニー、同年冬のさようなら東西線5000系など）。2007年秋の「第24回全国都市緑化ふなばしフェア おとぎの国の花フェスタinふなばし」に併せて東葉高速鉄道とのセット一日乗車券を発売するほか、ぐるっとパスとのセット一日乗車券も同時期から発売される。さらに50を超える都内のスポットに一日乗車券を提示するだけで割引などを受けられるサービスを行っている。ただし、「東京メトロ・都営地下鉄共通一日乗車券」「東京フリーきっぷ」「京急羽田・ちか鉄共通パス」ではこのサービスを行っていない。
回数券は「同一運賃帯に有効」という方式（券面には運賃のみが記載されており、入場時に入場駅名が印字される。乗り越しの場合は差額のみの精算する）を採用しており、普通回数券（11枚綴り）、時差回数券（12枚綴り／平日10時-16時の入場か精算および土曜・休日の全時間帯に有効）、土休日回数券（14枚綴り）の3種類がある。いずれも普通片道運賃の10倍で発売日から3か月間有効、自動券売機で現金かパスネット・PASMO・Suicaで購入できる。なお、綾瀬-北千住間の相互発着については両駅でのみ（北千住駅は千代田線のみ）当該区間の130円回数券（普通回数券11枚綴りのみ）を発売している。
車内の自動放送で英語による案内放送を行っている。これは1964年（昭和39年）10月の東京オリンピック開催中に期間限定でテープで放送されて以来である。ただし南北線では営団時代の2002年、FIFAワールドカップ開催時に英語放送が追加されたことがある。
車内放送は、日本語は森谷真弓、英語は、クリステル・チアリが担当している。車内放送は基本的に、「東京メトロ○○線をご利用いただきましてありがとうございます。この電車は、（○○方面○○線直通）○●行きです。（途中駅で種別変更がある有楽町線・副都心線の場合は「○○線直通、○○線内●●（種別）、○●行きです。」となる）次は、○○、○○です。乗り換えのご案内です。○○○線はお乗り換えください。」と日本語放送が入り、次に「This train is bound for ○●.The next station is ○●.Please change here for the○○○line.」と英語放送が入る。駅に着いたときは「（足元にご注意ください。電車とホームの間が広く開いております。）出口は○側です。」という車内放送になる。各路線によってそれぞれ微妙に異なる場合がある。また、駅自動放送は基本的に、「まもなく（○○方面○○線直通）○○○行きがまいります。列車とホームの間が広く開いている所がございます。足元にご注意ください。」電車が入って来たときは、「○○、○○です。○○線は乗り換えです。○番線の電車は（○○方面○○線直通）○○行きです。」と放送される。電車が発車する時は、ブザーが鳴り、「発車いたします。閉まるドアにご注意下さい。（無理なご乗車はおやめ下さい。）」と放送が入る。副都心線の場合はブザーではなくメロディが鳴る。
平日の朝夕ラッシュ時には、乗換案内や英語放送を省略設定にする車掌が多い。
発足時より新しい案内サインシステムの導入を進めている。発足時は大手町駅と銀座駅に試験的に設置され、2005年10月から2006年3月までに乗り換え駅に、翌2007年3月までに大部分の駅に設置された。その後営団地下鉄時代のサインシステムが残っていた各駅についても、順次更新が進められた。半蔵門線渋谷駅は、2007年12月2日の東急への業務移管に伴い、東急様式のサインシステムが設置された。
有楽町線の地下鉄成増駅 - 池袋駅間の各駅と新宿三丁目駅・明治神宮前駅は、2008年6月14日の副都心線開業に合わせてさらに新しい案内サインシステムが設置された。ただし、現在でも駅名標や改装工事中のエリアには、更新されずに残っているサイン類がある。
しかし、デザインの専門家を中心とした批判が主であるが、案内表示などの書体を新ゴに切り替えたことや、極度に際立った色使いによる既存の内装との不調和への苦言を呈する者もいる[6][7][8]。