東京ドームは、巨人軍の本拠地だけに読売新聞グループ本社の子会社であると捉えられる場合があるが、グループ本社との資本関係は無い。ただし企業としての株式会社東京ドームは、よみうりランドの大株主の一社である。
2002年に、東京ドームが広域暴力団住吉会下部組織の音羽一家等に対して、巨人戦のチケットを大量に無償供与する等の利益供与を継続的に行っていたことが明らかになった。当時巨人戦のチケットはプラチナチケットであり、提供されたチケットをダフ屋行為を行うことで高額で転売出来たため、チケット額面以上の利益供与となった。
東京ドームの球場使用料は他の球場やドームに比べて極めて高く、1試合あたり観客数に関係なく1,750万円だといわれている。（ちなみに阪神甲子園球場は基本的に無料。）高い使用料が日本ハムの札幌移転の理由の1つとなった（札幌ドームの球場使用料は1試合あたり「基本料金800万円+観客が2万人を超えるごとに1人当たり400円追加」で、最大1600万円強）。なお、日本ハムは現在も準本拠地として引き続き年間数試合で東京ドームを使用している。
この金額は照明、アナウンス、ゴミ掃除など観客を入れるための各種オプションも含まれた金額である。オフシーズン、平日、昼間、草野球（2時間程度）、オプション無し、などの条件であれば数十万で貸し切ることが出来る。
日本ハムの北海道移転前のマスコットキャラクター・ファイティーは、当初移転とともに役目を終える予定だったが、女性を中心としたファン達の嘆願により、東京ドーム限定のマスコットキャラクターとして2005年まで存続し、2006年以降は重大イベント限定で登場となった（例えばファイターズが優勝したときに登場などが想定される）。また、ファイターズ戦においては日本ハムの商品マスコットであるハムリンズも2005年以降登場している。
東京ドームでは、野球開催において以下のような規制を行なっている。
トランペット、カネ、笛、太鼓
指定・許可されたNPB公認の私設応援団のみ持込・使用可
拡声器、ラジカセ等、大音量を発生させる物の持込不可。
騒音問題に対応し、22時以後は使用禁止。
応援旗
一般客は、縦500mm以内、横500mm以内の大きさで、持ちやすくするために柄を２本付けたものであれば持込可。それ以上の大きさのものは、指定・許可されたNPB公認の私設応援団のみ持込・使用可。
枚数は制限なし。
横断幕
一般客は縦600mm以内、横600mm以内のものであれば持込可。それ以上の大きさのものは、指定・許可されたNPB公認の私設応援団のみ持込・使用可。尚、上記の大きさを超える「ゲートフラッグ」は、一般客・応援団共に持込禁止。
手持ちのみとし、球場施設（フェンス、スタンド等）への取り付けは禁止。また、横断幕に旗竿等を使用したものは、一般客・応援団共に持ち込みは出来ない。
応援ボード等
一般客は、大きさは縦600mm以内、横600mm以内の物で、必ず一人が手で持てる仕様であるものであれば、持込可。ボードを支える棒などは、使用出来ない。また、2人以上で持つものは、横断幕とみなされ、持込不可となる。
1枚の大きさが規定以内でも、テープ等でつなげた物は持込不可（入り口にて切り離すか、没収となる）。尚、一枚ずつに分かれているものを2人以上で掲げ、選手の名前や文章にする行為は許可されている。
尚、応援幕・メッセージボード等の内容は、チームや選手を応援するものに限り、公序良俗に反する内容や誹謗中傷（球団への批判等）を含む内容のものは、持込が出来ない。また試合中に掲げたとしても、掲げている内容が試合中でも厳しくチェックされている為、発見次第係員に没収される。
ジェット風船、紙吹雪、紙テープ
建物の構造上の理由により応援団・一般客とも使用不可（野球の優勝決定時の演出を除く）。
日本ハム主催ゲームについては、移転前・北海道移転後も太鼓を使用せず、笛とトランペット、メガホンのみの応援になっている（理由は一説によると、東京ドームオープン時に巨人・日本ハム両応援団は「トランペット持込数増加」と「太鼓持込」のいずれかを選択することになり、巨人応援団は太鼓を、日本ハム応援団はトランペットを選択したと言われる）。2007年の公式戦からは日本ハム主催ゲームでも、太鼓の使用が解禁された。
球場内へは、グラウンド等への投げ込み防止の為、ビン・カン・ペットボトルの持ち込みは禁止されていおり、各ゲート入り口にて、中身を指定の紙コップに移し替えなければならない（紙パックのものは持込可）。クーラーボックスやベビーカーなど、観戦の妨げになる恐れのある物の持ち込みも出来ない（ベビーカーは、入場ゲートにて預かりとなる）。1995年の地下鉄サリン事件と2001年のアメリカ同時多発テロ事件以降、入場時には厳しい持ち物検査が実施されている。
球場内では、1階から2階まで自由に行き来でき（バルコニー席のチケットを持たない人は、バルコニー席には行けない）、各階の色々な売店にて買い物が出来る。
東京ドームでは、一部のイベントでは一旦東京ドームの外へ出た人も再入場が出来る。イベントにより再入場の手続き方法が異なる。巨人戦の場合は21ゲート、23ゲートで手に再入場を証明するスタンプを押され再入場券が発行される。再入場時にチケットの半券とスタンプ、再入場券が確認できれば、再入場が出来る。
東京ドームは野球以外にも、新商品展示会・新車発表展示会など多目的利用ホールとしても活用されている。野球がない日でも東京ドーム外に露店が出ていたり何らかのイベントが行われていることもある。
1990年代前半までは多目的ホールとしても首都圏最大級の規模であり、東京の一大ランドマークとして存在感も大きかった事から、主に関東域外の地方自治体や観光協会が開催する地方物産展、富士通をはじめとした大手企業の新製品展示会など、いわゆる見本市会場的な用途としてもコンスタントな需要があった。バブル崩壊後の経済の低迷や、施設の規模に対する施設使用料の高さ、元々が野球場であるがゆえの見本市会場としての構造的な不便さなどがネックとなり、東京ドームで開催されるこれらイベントの多くは終了したり、あるいは規模によってプリズムホールや東京国際展示場など他のイベントホールや見本市会場へ開催地の移転が行われた。現在では見本市会場といった用途での使用は大幅に減っている。2008年5月15日の日テレのNEWS ZEROによると、2008年4月26日・27日にマルチ商法で業務停止命令中の「ニューウェイズ・ジャパン」の全国大会に東京ドームが使用されたと放送された。このような反社会的集団の使用はどこの公共施設でも可能性はあるが、とはいえ業務停止命令を受けているのを承知しながら場所を提供することは、営業上の理由といえ非難を免れない。