日本ハムの北海道移転前のマスコットキャラクター・ファイティーは、当初移転とともに役目を終える予定だったが、女性を中心としたファン達の嘆願により、東京ドーム限定のマスコットキャラクターとして2005年まで存続し、2006年以降は重大イベント限定で登場となった（例えばファイターズが優勝したときに登場などが想定される）。また、ファイターズ戦においては日本ハムの商品マスコットであるハムリンズも2005年以降登場している。
東京ドームでは、野球開催において以下のような規制を行なっている。
トランペット、カネ、笛、太鼓
指定・許可されたNPB公認の私設応援団のみ持込・使用可
拡声器、ラジカセ等、大音量を発生させる物の持込不可。ただし都市対抗野球においてはマイク使用可。
騒音問題に対応し、22時以後は使用禁止。ただし都市対抗野球においては23時まで利用可能。かつ23時以降もマイク使用は可能。
応援旗
一般客は、縦500mm以内、横500mm以内の大きさで、持ちやすくするために柄を２本付けたものであれば持込可。それ以上の大きさのものは、指定・許可されたNPB公認の私設応援団のみ持込・使用可。
枚数は制限なし。
横断幕
一般客は縦600mm以内、横600mm以内のものであれば持込可。それ以上の大きさのものは、指定・許可されたNPB公認の私設応援団のみ持込・使用可。尚、上記の大きさを超える「ゲートフラッグ」は、一般客・応援団共に持込禁止。
手持ちのみとし、球場施設（フェンス、スタンド等）への取り付けは禁止。また、横断幕に旗竿等を使用したものは、一般客・応援団共に持ち込みは出来ない。
応援ボード等
一般客は、大きさは縦600mm以内、横600mm以内の物で、必ず一人が手で持てる仕様であるものであれば、持込可。ボードを支える棒などは、使用出来ない。また、2人以上で持つものは、横断幕とみなされ、持込不可となる。
1枚の大きさが規定以内でも、テープ等でつなげた物は持込不可（入り口にて切り離すか、没収となる）。尚、一枚ずつに分かれているものを2人以上で掲げ、選手の名前や文章にする行為は許可されている。
尚、応援幕・メッセージボード等の内容は、チームや選手を応援するものに限り、公序良俗に反する内容や誹謗中傷（球団への批判等）を含む内容のものは、持込が出来ない。また試合中に掲げたとしても、掲げている内容が試合中でも厳しくチェックされている為、発見次第係員に没収される。
ジェット風船、紙吹雪、紙テープ
建物の構造上の理由により応援団・一般客とも使用不可（野球の優勝決定時の演出を除く）。
日本ハム主催ゲームについては、移転前・北海道移転後も太鼓を使用せず、笛とトランペット、メガホンのみの応援になっている（理由は一説によると、東京ドームオープン時に巨人・日本ハム両応援団は「トランペット持込数増加」と「太鼓持込」のいずれかを選択することになり、巨人応援団は太鼓を、日本ハム応援団はトランペットを選択したと言われる）。2007年の公式戦からは日本ハム主催ゲームでも、太鼓の使用が解禁された。
球場内へは、グラウンド等への投げ込み防止の為、ビン・カン・ペットボトルの持ち込みは禁止されていおり、各ゲート入り口にて、中身を指定の紙コップに移し替えなければならない（紙パックのものは持込可）。クーラーボックスやベビーカーなど、観戦の妨げになる恐れのある物の持ち込みも出来ない（ベビーカーは、入場ゲートにて預かりとなる）。1995年の地下鉄サリン事件と2001年のアメリカ同時多発テロ事件以降、入場時には厳しい持ち物検査が実施されている。
球場内では、1階から2階まで自由に行き来でき（バルコニー席のチケットを持たない人は、バルコニー席には行けない）、各階の色々な売店にて買い物が出来る。
東京ドームでは、一部のイベントでは一旦東京ドームの外へ出た人も再入場が出来る。イベントにより再入場の手続き方法が異なる。巨人戦の場合は21ゲート、23ゲートで手に再入場を証明するスタンプを押され再入場券が発行される。再入場時にチケットの半券とスタンプ、再入場券が確認できれば、再入場が出来る。
東京ドームは野球以外にも、新商品展示会・新車発表展示会など多目的利用ホールとしても活用されている。野球がない日でも東京ドーム外に露店が出ていたり何らかのイベントが行われていることもある。
1990年代前半までは多目的ホールとしても首都圏最大級の規模であり、東京の一大ランドマークとして存在感も大きかった事から、主に関東域外の地方自治体や観光協会が開催する地方物産展、富士通をはじめとした大手企業の新製品展示会など、いわゆる見本市会場的な用途としてもコンスタントな需要があった。バブル崩壊後の経済の低迷や、施設の規模に対する施設使用料の高さ、元々が野球場であるがゆえの見本市会場としての構造的な不便さなどがネックとなり、東京ドームで開催されるこれらイベントの多くは終了したり、あるいは規模によってプリズムホールや東京国際展示場など他のイベントホールや見本市会場へ開催地の移転が行われた。現在では見本市会場といった用途での使用は大幅に減っている。2008年5月15日の日テレのNEWS ZEROによると、2008年4月26日・27日にマルチ商法で業務停止命令中の「ニューウェイズ・ジャパン」の全国大会に東京ドームが使用されたと放送された。このような反社会的集団の使用はどこの公共施設でも可能性はあるが、とはいえ業務停止命令を受けているのを承知しながら場所を提供することは、営業上の理由といえ非難を免れない。
決まり事
コンサートで利用する場合、消防法と警視庁からの指導、及び観客の転落防止の為、2階席と外野席の最前列は、緩衝地域となり、客席として利用出来ない。
東京ドームでコンサートをする場合、音がかなり篭るために、スピーカーの設置などには気を使う。年々、残響音対策や騒音対策のノウハウが蓄積されてゆき、現在はドーム内全体を黒いカーテンで覆うようにしている（1階席のみ）。
東京ドームで初めてコンサートを行ったのはTHE ALFEEであり、東京ドームオープニングイベントで各国代表のマーチングバンドと共に?落としコンサートを行った。
演奏は、近隣住民の騒音への配慮により、午後9時30分以降（年末のカウントダウン公演は除く）音を出してはいけない決まりになっている。
エピソード
1988年3月22日及び3月23日に開催されたミック・ジャガー・ソロコンサートでは、残響音対策としてバックステージ（外野壁沿い）に黒いカーテンを吊す等の対策が施されていた。
本稿冒頭にあるように?落としは美空ひばりによるものと誤って伝えられる事が多いが、日本人ソロアーティストによる初のコンサートが1988年4月11日開催の美空ひばりのいわゆる「不死鳥コンサート」であったことによる。