近代化以前の「村」は自然村（しぜんそん）ともいわれ、生活の場となる共同体の単位であった。江戸時代には百姓身分の自治結集の単位であり、中世の惣村を継承していた。また、中世初期の領主が荘園公領とその下部単位である名田を領地の単位としていたのに対し、戦国時代や江戸時代の領主の領地は村や町を単位としていた。
江戸時代の百姓身分とは、主たる生業が農業・手工業・商業のいずれかであるかを問わず、村に石高を持ち、領主に年貢を納める形で権利義務を承認された身分階層を指した。都市部の自治的共同体の単位である町（ちょう）に相当するが、村か町かの認定はしばしば領主層の恣意により、実質的に都市的な共同体でも、「村」とされている箇所も多かった。
近現代の大字（おおあざ）といわれる行政区域は、ほぼかつての自然村を継承しており、現在でも地方自治法の第七章「執行機関」第四節「地域自治区」（第202条の4?第202条の9）として旧自然村に相当する単位での自治が法律上認められている。また、自治会（地区会・町内会）や消防団の地域分団の編成単位として、地域自治の最小単位としての命脈を保っている面がある。
明治に入ると、中央集権化のため、自然村の合併が推進された。こうして、かつての村がいくつか集まって新たな「村」ができたが、これを「自然村」と対比して行政村（ぎょうせいそん）ともいう。
詳細は日本の市町村の廃置分合#明治の大合併、町村制をそれぞれ参照
日本国憲法第92条に基づく地方自治法では、村（そん、むら）は地方公共団体の一つで、都道府県と対等の関係にあり、市・町と並立する。
読み方を「そん」「むら」のどちらになるのかは各自治体で規定しており、「そん」で統一されている県、「むら」で統一されている県、「そん」「むら」が混在する県がある。なお、「そん」で統一されている県は少なく、鳥取県・岡山県・徳島県・宮崎県・沖縄県のみである（かつては広島県・山口県も「そん」で統一されていたが、合併により村が消滅した）。
かつては東京都にも「そん」と読む新島本村（にいじまほんそん）があったが、1992年4月1日、新島村（にいじまむら）に改称され、消滅した。ただしこれは、本村（ほんそん）という地名に由来するため、例外的といえる。
（2008年4月1日現在、13県）
栃木県
石川県
福井県
静岡県
三重県
滋賀県
兵庫県
広島県
山口県
香川県
愛媛県
佐賀県
長崎県
このうち、兵庫県と香川県にはいわゆる平成の大合併以前から村がない。
（2008年4月1日現在、11府県）
宮城県 - 大衡村
埼玉県 - 東秩父村
神奈川県 - 清川村
富山県 - 舟橋村
京都府 - 南山城村
大阪府 - 千早赤阪村
和歌山県 - 北山村
鳥取県 - 日吉津村
島根県 - 知夫村
徳島県 - 佐那河内村
大分県 - 姫島村
大阪府千早赤阪村は河内長野市の編入合併予定のため、大阪府からも村が消滅する予定になっている。
（2008年4月1日現在、4県）
茨城県 - 美浦村、東海村
愛知県 - 飛島村、豊根村
岐阜県 - 白川村、東白川村
岡山県 - 西粟倉村、新庄村