（2008年4月1日現在）
宮城県 - 大衡村
埼玉県 - 東秩父村
神奈川県 - 清川村
富山県 - 舟橋村
京都府 - 南山城村
大阪府 - 千早赤阪村
和歌山県 - 北山村
鳥取県 - 日吉津村
島根県 - 知夫村
徳島県 - 佐那河内村
大分県 - 姫島村
大阪府千早赤阪村は河内長野市の編入合併予定のため、大阪府からも村が消滅する予定になっている。
（2008年4月1日現在）
茨城県 - 美浦村、東海村
愛知県 - 飛島村、豊根村
岐阜県 - 白川村、東白川村
岡山県 - 西粟倉村、新庄村
（2008年4月1日現在）
秋田県 - 東成瀬村、上小阿仁村、大潟村
山形県 - 大蔵村、鮭川村、戸沢村
千葉県 - 印旛村、本埜村、長生村
宮崎県 - 西米良村、椎葉村、諸塚村
（2008年4月1日現在）
新潟県 - 粟島浦村、関川村、刈羽村、弥彦村
福岡県 - 東峰村、赤村、星野村、矢部村
鹿児島県 - 宇検村、大和村、十島村、三島村
（2008年4月1日現在）
岩手県（6村） - 滝沢村、九戸村、野田村、川井村、田野畑村、普代村
山梨県（6村） - 小菅村、丹波山村、忍野村、道志村、鳴沢村、山中湖村
高知県（6村） - 馬路村、北川村、芸西村、日高村、大川村、三原村
青森県（8村） - 六ヶ所村、新郷村、風間浦村、佐井村、東通村、西目屋村、蓬田村、田舎館村
東京都（8村） - 檜原村、（以降は島嶼）青ヶ島村、小笠原村、神津島村、利島村、新島村、御蔵島村、三宅村
熊本県（8村） - 産山村、西原村、南阿蘇村、五木村、球磨村、相良村、水上村、山江村