時効により、債務者は本来履行すべき債務を免れ、無権利者が本来根拠のない権利を得る面がある一方で、真の権利者が行使できるはずの権利を失うことになる。このため、日本国憲法第29条が保障する財産権を不当に奪うものではないか、という見地から、時効制度の合憲性について問題となりうる。
時効制度の存在理由の問題には、時効は誰を保護する制度かという「目的」とその正当化する「根拠」という2つの視点が含まれる。時効の存在理由として一般に以下の3つが挙げられる。
永続した事実状態の尊重一定の期間継続した事実状態が存在する場合、それを前提にさまざまな法律関係が形成されるため、そのような法律関係について一定の法律上の保護を与えようとするもの取引の安全の保護
権利の上に眠る者を保護しないたとえ正当な権利者であったとしても、一定の期間、その権利を行使・維持するために必要な措置を採らなかった者を保護する必要はないというもの
立証の困難の救済本来は正当な権利者であったとしても、長期間が経過した後にはそれを立証するのが困難になることがあるから、過去に遡っての議論に一定の限界を設けるというもの真の権利者保護を目的とする時効制度の根拠
これらの理由は、どの一つをとっても、それだけであらゆる時効の存在理由を説明できるものではないとして、時効制度の存在理由（目的・根拠）を多元的に考えるのが多数説である。これらの理由が、種類ごとにその軽重を変えながら複合して、各種の時効の存在を支えている。
時効によって真の法律関係より現在の事実状態の方が正当な法律関係として取り扱われるのは、法律関係そのものが動いてしまうからか、訴訟の世界の擬制（フィクション）なのかが、ここでの問題である。
実体法説（停止条件説）時効は実体法上の権利の得喪原因、つまり法律関係そのものを動かす効果を持つと考える立場。存在理由の1.、2.と親和的。援用した債権は、実体法上消滅しているので、反対債権を有している場合には、援用前に相殺適状になった場合のみ相殺することができる。裁判上消滅時効を援用した債務者が弁済した場合、は、非債弁済となる。
訴訟法説（法定証拠説）時効は訴訟法上の法定証拠、つまり永続した事実状態を、実体的な法律関係がどうあれ、法律上正当なものと認定すべき義務を裁判所に負わせるような証拠と考える。実体的な法律関係≠裁判所の認定であれば、裁判所が認定した法律関係は訴訟の世界の擬制となるが、当事者や裁判所はこの認定に従わなければならない（既判力）。存在理由の3.と親和的。援用した債権は、実体法上消滅していないので、反対債権を有している場合には、援用後に相殺適状になった場合でも相殺することができる。援用した債務者が弁済した場合、は、自然債務の弁済となる。
両説の対立は、従来、消滅時効の中断や援用の法的性質、裁判外の援用を認めるかといった問題と関連づけて論じられ、実体法説が判例・通説とされてきた。しかしその後、実体法説だからこの問題はこうなるといった演繹的な議論は少なくなりつつある。
時効の中断とは、時効期間の経過前に時効の進行が終了することをいう。「中断」という一般的な意味とは異なり時効の進行が「終了」するので、これまで経過した期間は0に戻ることになる。この点、時効の進行が一時的に停止する時効の停止とは異なる。なお異論もあるが、除斥期間には中断が認められないというのが通説と判決例の立場である。
時効の中断には自然中断と法定中断の二種類がある。
自然中断は取得時効に特有のもので、占有者又は準占有者が任意にその占有を中止し、又は他人にこれを奪われたとき中断する。これは ⇒第164条に規定されており、所有権以外の財産権に関する取得時効（ ⇒165条）や、準占有の場合にもにも準用される（ ⇒205条）。取得時効の基礎となる占有という事実状態の永続が途中で途切れてしまうのであるから、取得時効が中断するのは当然といえる。それゆえ自然中断と呼ばれるのである。この自然中断は全ての者との関係に影響する（時効の相対効を規定した ⇒148条は適用されない）。また、自然中断の例外には占有回収の訴えを提起した場合がある。
時効の中断は、保証人に対しても、その効力を生ずる。( ⇒457条)
民法が ⇒147条で定めている時効中断事由によって時効が中断する場合を法定中断という。これは取得時効、消滅時効の区別無く適用される。
⇒147条は、時効の中断を生じる事由として、請求、差押え・仮差押え・仮処分、承認という3類型を定めている。これらがなぜ時効を中断させるのかについて、権利行使説と権利確定説とがある。
権利行使説：権利行使がなされたことが時効の中断の効果を生じる根拠と考える。実体法説に依拠した考え方で、消滅時効は権利行使を怠った結果であるから、それとは逆に権利行使によって時効の中断が生じるのである。
権利確定説：権利の存在が確定されることが時効の中断の効果を生じる根拠と考える。訴訟法説に依拠した考え方で、一定期間の権利不行使が権利の不存在を推定させるのであるから、その推定を破る事実が明らかとなれば（権利の存在が確定すれば）、時効の中断を認めるべきとなる。
たんに債務の弁済を請求することは「催告」であり、完全な中断の効力を生じない。裁判に訴えなければ権利行使とは言えない（権利行使説）、あるいは争いのある権利の確定には裁判ないしそれに準ずる公的手続きを用いるべきだから（権利確定説）である。
「請求」の中心的内容をなすのは「裁判上の請求」である（ ⇒149条）。訴えの提起がされた時点で中断が生じるが（ ⇒民事訴訟法147条）、その訴えが却下又は取下（棄却）の場合には中断はなかったことになる（棄却の場合、権利の存在が否定されるのだから生じようもない）。ただし、却下・取下の場合でも、訴えの提起は催告の効果を持つ（「裁判上の催告」と言われる）。
「請求」には上記のほか、支払催促、和解及び調停の申立て、破産手続参加等がある。これらによって時効中断の効力が生じるためには一定の条件が課されている。
支払催促（旧民事訴訟法では支払命令といった）は、民事訴訟法所定の期間内に仮執行を申し立てなければ時効中断の効力を生じない（ ⇒150条）。
和解及び民事調停法もしくは家事審判法に基づく調停の申立ては、相手方が出頭しない、または和解・調停が不調に終わった場合には一ヶ月以内に訴訟を提起しなければ時効中断の効力を生じない（ ⇒151条）。
破産手続参加、再生手続参加、または更生手続参加は届出が取消されたり却下された場合には時効中断の効果を生じない（ ⇒152条）。
時効の中断に関するいずれの立場からも中断の効力を認めるに十分な行為である。制度については差押、仮差押、仮処分の各頁を参照のこと。