日興は、宗祖の本弟子六老僧の1人として積極的な折伏に目覚しい成果をあげ、特に駿河において強力な教団組織を創りあげた。この急速な布教展開は他宗派関係者や鎌倉幕府内権力者の警戒心を招き、1279年（弘安2年）には熱原郷付近の僧俗が徹底的な弾圧を受け、最終的に3名の農民信徒が殉教を遂げるという事件も起きている（熱原法難）。宗祖日蓮滅後、廟所の六弟子による輪番制が敷かれたが、戦乱や疫病、遠方の布教活動を理由に日興以外の五弟子が輪番制を放棄。本弟子六老僧の1人の日向の示唆によって地頭波木井坊六郎実長が謗法行為をして、身延山久遠寺別当職の日興はやむなく身延離山したと、日蓮正宗や日蓮本宗などの日興門流では主張している。
日興は 1289年（正応2年）に多宝富士山下之坊を開山し、多宝富士山下之坊は現在では富士門流・日興門流発祥の聖地とされている。翌1290年（正応3年）、日興は南条時光の寄進によって富士山の麓に大石寺を開いた。その後長きにわたって、通称として富士門流または日興門流と呼ばれた「日興の日蓮宗」の流れを汲む諸派は、勝劣派・一致派48本山が戦前の宗教政策により連合した日蓮宗とは教義的にも宗教行為の交流はないが、学術面での交流を持っており、日蓮宗僧侶が大石寺を訪れることがある。とりわけ日蓮正宗では現在でも、日蓮の正しい教えが日興 - 日目 - 日道と続く法脈以外には伝わらなかったとして、日朗系などの全ての他門流、さらには他の富士門流諸派（後世になって日蓮宗と妥協的な態度を取るようになり、大石寺に従わなくなった）までも、すべて謗法としている。
江戸時代、大石寺は江戸城では独礼席を許され、また第25世の日宥は後水尾天皇の皇孫であり第6代将軍徳川家宣正室の天英院の猶子（養子）に迎えられている他、皇室や公家・将軍家や大名家などの崇敬を得たが、他の宗派と同様に布教活動は江戸幕府の厳しい統制を受け続け、加賀藩・仙台藩・伊那・尾張藩・八戸藩などの各地では法難が続発した。なお、金沢法難は身延山久遠寺を総本山とする一致派日蓮宗の石川県羽咋市・金栄山妙成寺（後に本山）が、加賀藩に虚偽の答申をしたために日蓮正宗が被った法難で、後に一致派日蓮宗妙成寺は虚偽答申の犯罪行為が露見し閉門蟄居の刑を受けている。このように日蓮正宗が被った法難の殆どは身延山久遠寺を本山とする一致派日蓮宗の讒言によって被るに至った例が多い。なお、この金沢法難については郷土史家の向敏子の著による『金沢法難を尋ねて』に詳しく書かれている。
1868年の明治維新によって、大石寺教団と国家権力との間には新たな緊張関係が生まれた。すなわち、神道の国教化を宗教政策の根幹とした明治政府は、仏教各派に対しては、行政制度上の統合整理強制によって分割支配をはかる方針を採った。この背景として、日蓮宗管長・新井日薩らによる「全日蓮門下の統合」を目指す画策もあった。大石寺第54世日胤は、1873年に教部省へ「大石寺一本寺独立願」を提出し、以降も数度にわたって諌暁を繰り返したが遂に容れられず、結果的に1876年より、富士門流の系列に属する大石寺・下条妙蓮寺・北山本門寺・京都要法寺・小泉久遠寺・保田妙本寺・西山本門寺・伊豆実成寺の八本山は行政上、日蓮宗興門派（後に日蓮本門宗と改称）として分類され、行政上の宗派代表としての「興門派管長（本門宗管長）」の職は、八本山が交代で務めるという形を余儀なくされ、1881年-1882年にかけては第55世法主日布が第4代の、1891年-1892年にかけては第56世法主日応が第5代の管長に就任している。
大石寺派僧俗にとってみれば、大石寺の住職は依然変わりなく法主（ほっす）の地位ではあるが、管長の地位は謗法の人間が占めている場合もある、などという、信仰上極めて耐え難い異常事態が続き、教団の存立そのものも危ぶまれる事態となった。しかしその後、第55世日布・第56世日応と、数度にわたり政府への抗議活動と他の七本山に対する破折活動が続けられた結果、ようやく1900年、本門宗からの分離独立が認可されて日蓮宗富士派と公称するようになった。そして1912年6月7日、第57世日正の決定により、現在の「日蓮正宗」へと宗派名の変更が行われた。
なお、1930年（昭和5年）に、牧口常三郎、戸田城聖らにより、日蓮正宗の教義と牧口の「価値論」を合体させた教義を奉ずる教育団体として創価教育学会が設立され、初代会長には牧口が就任したが、日蓮正宗では信徒団体として認めなかった（牧口は調書に「創価教育学会は純然たる日蓮正宗ではなく、自分の価値論を実践する一個の独立した団体」と供述している）。太平洋戦争終結後、第2代会長に就任した戸田は、創価教育学会の名称を創価学会と改称し、以後、日蓮正宗も格段に発展することとなった。とりわけ、1960年（昭和35年）の第3代会長池田大作（現・名誉会長）の会長就任以降、大石寺には、従来の法華講（旧来の檀家）と創価学会信者の寄進により大客殿や正本堂などが建立されるなど、長らく双方の間には蜜月状態が続いた。しかし、次第に創価学会側からの教義の変更が相次ぐようになり、1970年代後期の昭和52年路線問題を経て、1991年11月28日に、日蓮正宗宗門は、当時の第67世法主日顕の名前で創価学会を破門処分にした。
しかし宗務院録事にも創価学会の組織結成を許可した事実が記載されていないため、日蓮正宗と創価学会は一致派日蓮宗と立正佼成会の関係と同じで、正規の信徒団体とはいえないとも指摘されている。日蓮正宗の信徒団体（講中）は末寺住職（指導教師）と信徒の代表が宗務院に「組織結成許可願」を提出し、宗務院で審議の得て日蓮正宗の管長である法主が組織結成許可書に署名押印するが、創価学会は組織許可書の交付も受けていなければ指導教師も初めから存在しておらず、宗内ではゲスト的に扱われていた。
日蓮宗はその開教以降、幾多の宗派に分派したが、その中でも日蓮宗の祖山とされる身延山久遠寺は武家の帰依者が多く、幕府統治下で勢力を拡大し、日蓮宗の総元締といえるほどとなった。
その一方、唯授一人の血脈相承者と称する日興門派の大石寺は総門を黒木の御所造(黒門）、三門は朱塗りで二天門には菊紋を施し勅使門を設けるなど、建築で自派の公家への影響力を主張した。 ただし、上記の建築物は、戦前までは勅許無しでは建てられなかった形態であるので、上記建築物こそが大石寺に勅許が下っている証拠ともいわれる。
それら日蓮宗二派の情勢を評して上記のような歌が詠まれたとされているが、事実的な部分については疑問視する意見もある。
歌の初出は、慶長年間の歌集「美楊君歌集」である。そこに歌詠み知らずで「武家の身延に公家の冨士石山禁裏の御用達」とある。
唯授一人の血脈相承を受けた法主（ほっす）が、日蓮正宗の宗門における僧侶の最高位であり、僧侶の階級は大僧正（だいそうじょう）である。