「皇朝」はもともとは中原王朝の天子の王朝をさす漢語であるが、日本では天皇王朝をさす漢文的表現として使われ、国学者はこれを「すめみかど」または「すめらみかど」等と訓読した。「神国」、「皇国」、「神州」、「天朝」、「天子国」などは雅語（美称）としての「皇朝」の言い替えであって、国名・国号というようなものではない。「本朝」は「我が国」というような意味であってこれも国名ではない。江戸時代の儒学者などは日本をさして「中華」、「中原」、「中朝」、「中域」、「中国」などと書くことがあったがこれも国名ではない。「大日本」と大とつけるのは、国名の前に大・皇・有・聖などの字をつけて天子の王朝であることを示す中国の習慣からきている（「有漢、皇魏、聖晋、大宋」等。「大元・大明・大清」は例外でこの3例のみは二文字で正式国名）。しかし、「おおやまと」と読む場合はそれとは関係ない古称の一つである。「帝国」は、もとは「神国、皇国、神州」と同様であったが、近代以後は"empire"の訳語として使われる。明治時代から第二次世界大戦後までの国号は、日本、日本國、日本帝國、大日本國、大日本帝國なども表記上は用いられたが、大日本帝国憲法成立後の正式国号は「大日本帝國」である。戦後は「日本」「日本国」である。[22]。
公式の英語表記は、Japan（ジャパン）。略記としてはJPNが用いられる。JAP（ジャップ）は、アメリカ英語では侮蔑的な意味があるので[23]、使用には注意が必要である（但しこの他の言語ではこの限りではない）。また、最近の外国語表記ではNippon（ニッポン）が用いられることが多い。具体的にはUPU等によるローマ字表記（1965年（昭和40年）以降）、郵便切手や日本銀行券などでNippon表記を用いている。なおNipponの先頭三文字で略したNIP（ニップ）は、JAPよりも強い侮蔑・差別の意味合いがあるので、使用するべきではない。この場合の略称はNPNとなる。
世界の多くの言語において日本を意味する固有名詞は、ジャパン（英: Japan）、チャパーン（愛: tSeapain）、ヤーパン（独: Japan）、ジャポン（仏: Japon）、ハポン（西: Japon）、ジャッポーネ（伊: Giappone）、ヤポニヤ（波: Japonia）、ヤポーニヤ（露: Япония）、イープン（泰: ???????）など、ある時期にある地域の中国語で「日本国」を発音したもの（ジーパングォ）を写し取ったジパング (Xipangu) あるいはジャパング (Japangu) を語源とするとするのが定説である。中国や韓国などの漢字文化の影響の強い地域においては、リーベン（中: Rib?n; 日本）、イルボン（朝: ??; 日本）、ニャッバーン（越: Nh?t B?n; 日本）[24]等、そのまま「日本」を自国の発音で読むというやり方をしている。
なお、「日出づる処」を各国語に訳した名詞句も「日本国」を示すものとして使用されている。例：（英語）"(the) land of (the) rising Sun"、（フランス語）"le pays du soleil levant"、（スペイン語）"El pais del sol naciente"。
詳細は日本の歴史および各時代の項目を参照
アイヌと琉球王国については、日本の領域に含まれたのが近代以降であり、それ以前の歴史の詳細を各々の項目にて解説している。
日本の歴史は通常、日本列島における歴史と同一視されているが、国号節で見たように、厳密には「日本」の成立は西暦700年前後の出来事であり、「日本の歴史」と「日本列島の歴史」を明確に区別してとらえるべきとする考えも出されている[25]。本節では国家としての日本がたどった歴史とその領域の変遷を中心に見ていくこととする。日本の歴史の詳細については日本の歴史および各時代の項目を参照されたい。
日本の歴史の時代区分は、考古学上のものと歴史学上のものがある。考古学上の時代区分は、旧石器時代（先土器時代）、縄文時代、弥生時代、古墳時代、歴史時代、とするのが一般的である。一方、歴史学上の時代区分としては、古代（飛鳥時代およびそれ以前・奈良時代・平安時代）、中世（鎌倉時代・室町時代・戦国時代）、近世（安土桃山時代・江戸時代）、近代（明治・大正・昭和およびそれ以降）の四分法が通説である。（→日本の歴史#時代区分節）
日本列島の人類の歴史は、約10万年前以前ないし約3万年前に始まったとされる。当時の日本列島はアジア大陸と陸続きであり、西方の華北・北方のシベリアとの文化交流も見られた。約1万2千年前の前後に最終氷期が終わると、日本列島は大陸から分離した。この後も列島と大陸との間に活発な通交・交流が行なわれ、巨視的には日本列島も中国を中心とする東アジア文化圏の影響下にあったが、東アジアの最東方に所在する島国、という地理的条件によって、日本は他の東アジア地域とは異質な要素を持つ文化・社会を発達させていった。
紀元前8世紀頃以降、大陸から稲作を中心とする文化様式が伝わると、各地に「ムラ」「クニ」と呼ばれる政治組織が徐々に形成され、1世紀・2世紀前後には各クニの連合による倭国と呼ばれる大規模な政治組織が出現した。この連合的政治組織は3世紀・4世紀頃に統一王権（ヤマト王権）へと発展すると、7世紀後半には中国の法体系・社会制度を急速に摂取して8世紀初頭に古代国家（律令国家）としての完成を見るに至った。