室町時代の謡曲・狂言は、中国人に「ニッポン」と読ませ、日本人に「ニホン」と読ませている。安土桃山時代にポルトガル人が編纂した『日葡辞書』『日本語小文典』等には「ニッポン」「ニホン」「ジッポン」の読みが見られ、その用例から判断すると、改まった場面・強調したい場合では「ニッポン」が使われ、日常の場面では「ニホン」が使われていた[15]。 Xipangu、Japan、Japon 等、ヨーロッパ語圏での日本を表す語は「ジッポン」に由来すると考えられているが、「ジッポン」音は現在伝わっていない。このことから小池清治は、中世日本人が中国語的な語感のある「ジッポン」を使用するのは、中国人・西洋人など対外的な場面に限定されていたのであり、日常的には「ニッポン」「ニホン」が用いられていたのではないかと推測している[16]。
その後、明治期に入っても「ニッポン」「ニホン」の統一がなされない状況の中、1934年（昭和9年）に文部省臨時国語調査会が、国号呼称を「にっぽん」に統一し、外国語表記もJapanを廃してNipponを使用すること、とする案を示した。しかしながら、完全な統一は果たされなかった。現在、通商や交流の点で海外と関連のある紙幣、切手などには「NIPPON」と描かれている。「NIHON」と表記する例はあまり多くない[17]。
日本の別称は古くから多様である。
自らを呼んだものには、まず「葦原中国」（『古事記』、『日本書紀』神代）、「豊葦原之千秋長五百秋之水穂国」（『古事記』）、「豊葦原千五百秋瑞穂国」（『日本書紀』神代）等があり、これらに共通する「葦原」は、豊穣な地を表すとも、かつての一地名とも言われている。「大倭豊秋津島」（『古事記』）、「大日本豊秋津洲」（『日本書紀』神代）の「秋津島(洲)」は（とんぼの島）の意であるが、孝安天皇の都の名（室秋津島宮）に由来するとされている。同じく「師木島」（『古事記』）、「磯城島」「志貴島」（『万葉集』）等の「しきしま」も、欽明天皇の都（磯城島金刺宮）に由来するとされる。「大八洲」（『養老令』）、「大八洲国」（『日本書紀』神代）は、多くの島からなる島国の美称と解されている。このほか、「磯輪上秀真国」「細矛千足国」「玉垣内国」（『神皇正統記』）、「浦安国」「藤根国」（『詞林采葉抄』）、「日出処」、「大和国」、「和州」等多くの別称があった。
中国からの呼び名には「倭」「倭国」「倭奴国」「倭人国」のほか、扶桑蓬莱伝説に準えた「扶桑」 [18]、「蓬莱」をはじめとして、「東海姫氏国」、「東海女国」、「女子国」「君子国」、「若木国」、「日域」、「日東」、「日下」、「烏卯国」、「阿母郷」（阿母山・波母郷・波母山）などがあった。
「皇朝」はもともとは中原王朝の天子の王朝をさす漢語であるが、日本では天皇王朝をさす漢文的表現として使われ、国学者はこれを「すめみかど」または「すめらみかど」等と訓読した。「神国」、「皇国」、「神州」、「天朝」、「天子国」などは雅語（美称）としての「皇朝」の言い替えであって、国名・国号というようなものではない。「本朝」は「我が国」というような意味であってこれも国名ではない。江戸時代の儒学者などは日本をさして「中華」、「中原」、「中朝」、「中域」、「中国」などと書くことがあったがこれも国名ではない。「大日本」と大とつけるのは、国名の前に大・皇・有・聖などの字をつけて天子の王朝であることを示す中国の習慣からきている（「有漢、皇魏、聖晋、大宋」等。「大元・大明・大清」は例外でこの3例のみは二文字で正式国名）。しかし、「おおやまと」と読む場合はそれとは関係ない古称の一つである。「帝国」は、もとは「神国、皇国、神州」と同様であったが、近代以後は"empire"の訳語として使われる。明治時代から第二次世界大戦後までの国号は、日本、日本國、日本帝國、大日本國、大日本帝國なども表記上は用いられたが、大日本帝国憲法成立後の正式国号は「大日本帝國」である。戦後は「日本」「日本国」である。[19]。
公式の英語表記は、Japan（ジャパン）。略記としてはJPNが用いられる。JAP（ジャップ）は、アメリカ英語では侮蔑的な意味があるので[20]、使用には注意が必要である（但しこの他の言語ではこの限りではない）。また、最近の外国語表記ではNippon（ニッポン）が用いられることが多い。具体的にはUPU等によるローマ字表記（1965年（昭和40年）以降）、日本郵政公社の切手や日本銀行券などでNippon表記を用いている。なおNipponの先頭三文字で略したNIP（ニップ）は、JAPよりも強い侮蔑・差別の意味合いがあるので、使用するべきではない。この場合の略称はNPNとなる。
世界の多くの言語において日本を意味する固有名詞は、ジャパン（英: Japan）、チャパーン（愛: tSeap?in）、ヤーパン（独: Japan）、ジャポン（仏: Japon）、ハポン（西: Jap?n）、ジャッポーネ（伊: Giappone）、ヤポニヤ（波: Japonia）、ヤポーニヤ（露: Япония）、イープン（泰: ???????）など、ある時期にある地域の中国語で「日本国」を発音したもの（ジーパングォ）を写し取ったジパング (Xipangu) あるいはジャパング (Japangu) を語源とするとするのが定説である。中国や韓国などの漢字文化の影響の強い地域においては、リーベン（中: R?b?n; 日本）、イルボン（朝: ??; 日本）、ニャッバーン（越: Nh?t B?n; 日本）[21]等、そのまま「日本」を自国の発音で読むというやり方をしている。
なお、「日出ずる処」を各国語に訳した名詞句も「日本国」を示すものとして使用されている。例：（英語）"(the) land of (the) rising Sun"、（フランス語）"le pays du soleil levant"、（スペイン語）"El pais del sol naciente"。
詳細は日本の歴史および各時代の項目を参照
アイヌと琉球については、日本の領域に含まれたのが近代以降であり、それ以前の歴史の詳細を各々の項目にて解説している。
日本の歴史は通常、日本列島における歴史と同一視されているが、国号節で見たように、厳密には「日本」の成立は西暦700年前後の出来事であり、「日本の歴史」と「日本列島の歴史」を明確に区別してとらえるべきとする考えも出されている[22]。