日本の首都は事実上東京[27]であり、世界最大の都市圏を有する。東京都特別区の人口は約860万人で、東京都を中心とする神奈川県、千葉県、埼玉県などを含む首都圏人口は約3300万人。東京には、皇居のほか、国会議事堂、内閣、最高裁判所、各省庁、各国大使館、大企業の本社、日本銀行や主要銀行、証券会社、百貨店、新聞社や放送局があり、政治・経済の中心地である。また都心部への機関、人口の集中が限界に達し、ターミナル駅を中心として新宿、渋谷、池袋が副都心としてかなり発展している。さらに副都心に準ずる地域で交通の要衝であり、多様な機能を備えた複合拠点として品川、秋葉原の再開発が進められ、また東京近郊の新都心（新副都心）として、横浜みなとみらい21（横浜）、幕張新都心（千葉）、さいたま新都心（さいたま）の3箇所がある。ただし、汐留地区は複合都市とされている。
都市都道府県推計人口法定人口
1東京23区東京都8,664,0028,483,050
2横浜市神奈川県3,630,8303,579,133
3大阪市大阪府2,645,7902,628,776
4名古屋市愛知県2,239,1442,215,031
5札幌市北海道1,895,4381,880,875
6神戸市兵庫県1,530,9121,525,389
7京都市京都府1,469,2421,474,764
8福岡市福岡県1,429,8281,400,621
9川崎市神奈川県1,372,7621,327,009
10さいたま市埼玉県1,192,0051,176,269
人口は2007年（平成19年）12月1日のもの。
表・話・編・歴日本の都道府県庁所在地
北海道地方北海道札幌市
東北地方青森県青森市 - 岩手県盛岡市 - 宮城県仙台市 - 秋田県秋田市 - 山形県山形市 - 福島県福島市
関東地方茨城県水戸市 - 栃木県宇都宮市 - 群馬県前橋市 - 埼玉県さいたま市 - 千葉県千葉市 - 東京都新宿区 - 神奈川県横浜市
中部地方新潟県新潟市 - 富山県富山市 - 石川県金沢市 - 福井県福井市 - 山梨県甲府市 - 長野県長野市 - 岐阜県岐阜市 - 静岡県静岡市 - 愛知県名古屋市
近畿地方三重県津市 - 滋賀県大津市 - 京都府京都市 - 大阪府大阪市 - 兵庫県神戸市 - 奈良県奈良市 - 和歌山県和歌山市
中国地方鳥取県鳥取市 - 島根県松江市 - 岡山県岡山市 - 広島県広島市 - 山口県山口市
四国地方徳島県徳島市 - 香川県高松市 - 愛媛県松山市 - 高知県高知市
九州・沖縄地方福岡県福岡市 - 佐賀県佐賀市 - 長崎県長崎市 - 熊本県熊本市 - 大分県大分市 - 宮崎県宮崎市 - 鹿児島県鹿児島市 - 沖縄県那覇市
