大半の地域は温帯に属する。南方の諸島は亜熱帯、北方は亜寒帯的気候を示す。海洋性気候だが、モンスーンの影響を受け、四季等寒暖の差は大きい。

冬季はシベリア高気圧が優勢となり北西の季節風が吹くが、その通り道である日本海では暖流の対馬海流から大量の水蒸気が蒸発するため、大量の雪を降らせる。そのため日本海側を中心に国土の約52%が豪雪地域であり、世界でも有数の豪雪地帯となる。逆に太平洋側では空気が乾燥した晴天の日が多い。

夏季は、太平洋高気圧の影響が強く、高温多湿の日が続く。また、台風も多い。ただし、北部を中心にオホーツク海高気圧の影響が強くなると低温となり、しばしば農業に悪影響を与える。

また日本は、比較的降水量の多い地域でもある。主な要因は日本海側での冬季の降雪、6・7月（沖縄・奄美は5・6月）に前線が停滞して起こる梅雨、夏季から秋季にかけて南方海上から接近・上陸する台風など。年間降水量は、約1,700mmとされる。

地域・広域行政区画

詳細は日本の地域を参照

日本は都道府県（1都1道2府43県）という広域行政区画から構成される。ただし、地域区分（地方区分）には揺れが見られる。また、一部の市などは行政上は別途政令指定都市、中核市、特例市、特別区に定められているほか、各都道府県を、さらに細かく分けた市町村という行政単位や、町村をいくつかまとめた郡がある。北海道には独立出先機関として14の支庁が置かれている（全国市町村一覧参照）。

以下に、日本の地域（地方）と47都道府県を示す。地域（地方）は一般的なものを示した。太字は都道府県名で、左の数字は下の図の数字と対応している。日本の各都道府県の位置

北海道
北海道地方
1.北海道

本州
東北地方
2.青森県 - 3.岩手県 - 4.宮城県 - 5.秋田県 - 6.山形県 - 7.福島県
関東地方
8.茨城県 - 9.栃木県 - 10.群馬県 - 11.埼玉県 - 12.千葉県 - 13.東京都 - 14.神奈川県（以上「一都六県」。「首都圏」はこれに山梨県を加える）
中部地方

北陸地方
16.富山県 - 17.石川県 - 18.福井県（新潟を加えて北陸地方 (広義)とする場合や福井県の全域、若しくは嶺南地方を近畿地方に含める場合がある。）
甲信越地方
19.山梨県 - 20.長野県 - 15.新潟県
東海地方
21.岐阜県 - 22.静岡県 - 23.愛知県（普通、「東海3県」というと、静岡県ではなく三重県を含める事が多い。）
近畿地方
24.三重県 - 25.滋賀県 - 26.京都府 - 27.大阪府 - 28.兵庫県 - 29.奈良県 - 30.和歌山県（三重県は東海地方に含まれる）
中国地方
31.鳥取県 - 32.島根県 - 33.岡山県 - 34.広島県 - 35.山口県

四国
四国地方
36.徳島県 - 37.香川県 - 38.愛媛県 - 39.高知県

九州
九州地方
40.福岡県 - 41.佐賀県 - 42.長崎県 - 43.熊本県 - 44.大分県 - 45.宮崎県 - 46.鹿児島県

沖縄
沖縄地方
47.沖縄県

首都

詳細は日本の首都を参照東京

日本の首都は事実上東京[27]であり、世界最大の都市圏を有する。東京都特別区の人口は約860万人で、東京都を中心とする神奈川県、千葉県、埼玉県などを含む首都圏人口は約3300万人。東京には、皇居のほか、国会議事堂、内閣、最高裁判所、各省庁、各国大使館、大企業の本社、日本銀行や主要銀行、証券会社、百貨店、新聞社や放送局があり、政治・経済の中心地である。