詳細は日本の地域を参照
日本は都道府県（1都1道2府43県）という広域行政区画から構成される。ただし、地域区分（地方区分）には揺れが見られる。また、一部の市などは行政上は別途政令指定都市、中核市、特例市、特別区に定められているほか、各都道府県を、さらに細かく分けた市町村という行政単位や、町村をいくつかまとめた郡がある。北海道には独立出先機関として14の支庁が置かれている（全国市町村一覧参照）。
以下に、日本の地域（地方）と47都道府県を示す。地域（地方）は一般的なものを示した。太字は都道府県名で、左の数字は下の図の数字と対応している。日本の各都道府県の位置
本州
東北地方
2.青森県 - 3.岩手県 - 4.宮城県 - 5.秋田県 - 6.山形県 - 7.福島県
関東地方
8.茨城県 - 9.栃木県 - 10.群馬県 - 11.埼玉県 - 12.千葉県 - 13.東京都 - 14.神奈川県（以上「一都六県」。「首都圏」はこれに山梨県を加える）
中部地方
北陸地方
16.富山県 - 17.石川県 - 18.福井県（新潟を加えて北陸地方 (広義)とする場合や福井県の全域、若しくは嶺南地方を近畿地方に含める場合がある。）
甲信越地方
19.山梨県 - 20.長野県 - 15.新潟県
東海地方
21.岐阜県 - 22.静岡県 - 23.愛知県（普通、「東海3県」というと、静岡県ではなく三重県を含める事が多い。）
近畿地方
24.三重県 - 25.滋賀県 - 26.京都府 - 27.大阪府 - 28.兵庫県 - 29.奈良県 - 30.和歌山県（三重県は東海地方に含まれる）
中国地方
31.鳥取県 - 32.島根県 - 33.岡山県 - 34.広島県 - 35.山口県
四国
四国地方
36.徳島県 - 37.香川県 - 38.愛媛県 - 39.高知県
九州
九州地方
40.福岡県 - 41.佐賀県 - 42.長崎県 - 43.熊本県 - 44.大分県 - 45.宮崎県 - 46.鹿児島県
日本の首都は事実上東京[27]であり、世界最大の都市圏を有する。東京都特別区の人口は約860万人で、東京都を中心とする神奈川県、千葉県、埼玉県などを含む首都圏人口は約3300万人。東京には、皇居のほか、国会議事堂、内閣、最高裁判所、各省庁、各国大使館、大企業の本社、日本銀行や主要銀行、証券会社、百貨店、新聞社や放送局があり、政治・経済の中心地である。また都心部への機関、人口の集中が限界に達し、ターミナル駅を中心として新宿、渋谷、池袋が副都心としてかなり発展している。さらに副都心に準ずる地域で交通の要衝であり、多様な機能を備えた複合拠点として品川、秋葉原の再開発が進められ、また東京近郊の新都心（新副都心）として、横浜みなとみらい21（横浜）、幕張新都心（千葉）、さいたま新都心（さいたま）の3箇所がある。
