国の政治は、国会と内閣を中心に行われる。国会（特に与党）と内閣は、分立しながら協働して国政を行う議院内閣制を採る。
国会は、衆議院と参議院の二院からなる二院制（両院制）の議会である。国会は「国権の最高機関」であり、「国の唯一の立法機関」とされる（憲法41条）。衆議院・参議院は、いずれも全国民を代表する選挙された国会議員（衆議院議員、参議院議員）によって組織される。ただし、法律や予算、条約の議決、内閣総理大臣の指名、内閣不信任決議などにおいて、衆議院は参議院より強い権限が与えられている（衆議院の優越）。これは、衆議院には解散があり、任期も短い（衆議院は4年、参議院は6年）ため、衆議院の方がより民意を反映しているためと説明される。
内閣は、首長たる内閣総理大臣と、その他の国務大臣からなる合議制の機関である。内閣総理大臣は、国会議員（衆議院議員、参議院議員のいずれでもよい）の中から国会の議決によって指名され、天皇に任命される。国務大臣は、内閣総理大臣が任命し、天皇が認証する。国務大臣の過半数は、国会議員の中から選ばなければならない。内閣総理大臣その他の国務大臣は、文民でなければならない。内閣は、行政権の行使について、国会に対し連帯して責任を負う。また、内閣は衆議院の解散権を持つ。
国会で審議され、可決される法律案の大多数は、内閣が提出する政府提出法案（内閣提出法律案、閣法）であり、国会議員が発議する法案は少ない。政府提出法案は、内閣の下に置かれる行政機関（省庁）が、国会の多数を占める与党との調整を経て作成する。行政機関の幹部公務員（キャリア官僚）の国政に対する影響力は、とても強い。国会議員の給源は、キャリア官僚、弁護士、地方議員などが多く、いわゆる世襲議員と並ぶ。
裁判所は、司法権のほかに法令審査権（違憲立法審査権）を持つ。これは、法令や行政行為などの合憲性を審査して、最終的に判断する権限である。もっとも、裁判所はいわゆる司法消極主義に基づき、国会や内閣など政治部門の判断への干渉は、控えることが多い。
国会では、1955年（昭和30年）に結党された自由民主党（自民党）が、一貫して最多の議席を占める。同年に結党された日本社会党（社会党）とともに、55年体制と呼ばれる政治体制を形作った。この体制は、自民党が与党として党の総裁を国会で内閣総理大臣に指名し、同党議員の中から国務大臣を任命して内閣を組み、社会党は野党として自民党と対立・協調しながら国政を運営するものである。新自由クラブと連立政権を組んだ1983年（昭和58年）から1986年（昭和61年）までの一時期を除き、1993年（平成5年）までの約40年間は自民党単独政権が続いた。
1993年（平成5年）に自民党羽田派が離党して新生党を結党し、非自民・非共産の連立政権である細川内閣が成立したことで、55年体制は崩壊し、自民党は政権を離れた。翌1994年（平成6年）6月に、自民党・社会党・新党さきがけの連立政権（自社さ連立）である村山内閣が成立したことで自民党は政権に復帰。次の橋本内閣以後、小渕内閣では自由党との連立（自自連立）、同じく小渕内閣で公明党を加えた連立（自自公連立）、森内閣・小泉内閣で自由党が抜けて自由党の一部からなる保守党（保守新党）が残った連立（自公保連立、自公保新連立）、保守新党が解党した連立（自公連立）など、常に連立政権を組むことで、自民党の総裁が内閣総理大臣となっている。
2008年（平成20年）9月現在、内閣総理大臣は自民党総裁の麻生太郎で、自公連立政権である麻生太郎内閣が組まれている。
日本国憲法は、地方自治の制度を定める。地方自治は、地方公共団体が担う。地方公共団体は、基礎的地方公共団体である市町村と広域的地方公共団体である都道府県の二段階の体制をとる。
基礎的地方公共団体としての市町村は、市が782、町が827、村が195の合計1804あり、このほか東京都の都心部に23の特別区がある（2007年（平成19年）4月1日現在）。市町村には、執行機関である市町村長と、議決機関である市町村議会（または町村総会）が置かれる。市町村長と議会の議員は、いずれも住民から選挙される。市町村は、その財産を管理し、その地域の事務を取り扱い、行政を執行する。また、市町村は、法律の範囲内において条例を定める。特に規模が大きい市は、政令指定都市として、一部の権限が都道府県から委譲される。
広域的地方公共団体としての都道府県は、都が1、道が1、府が2、県が43の合計47ある。都道府県には執行機関である都道府県知事と、議決機関である都道府県議会が置かれる。都道府県知事と議会の議員は、いずれも住民から選挙される。都道府県は、市町村を包括し、より広域的な行政を行う。