詳細は北方領土問題を参照
ロシアとの間には北方領土問題がある。この問題は、第二次世界大戦前の時点で日本が領有していた歯舞諸島、色丹島、択捉島・国後島を含む千島列島（ロシアは「クリル諸島」と呼んでいる）、南樺太 （サハリン）を、第二次世界大戦末期にソビエト連邦が占領し、ソビエトを経てロシアがそのまま不法に実効支配を続けていると、日本側は主張している。歯舞諸島・色丹島についてロシアは日ソ共同宣言を根拠に日本への返還を提示していたが、日本側が択捉島・国後島に固執して両島の復帰を拒否した。また日本側からは、択捉島-得撫島間での国境策定にロシア側が同意すれば引き続きロシアによる統治を認めると言う提案が行われたが、この提案はロシア側から拒否されている。2007年（平成19年）になってロシア側から面積二分割案が提示されたが、なお解決される目処はたっていない。また共産党や保守派及び右翼の中では千島全島ないし南樺太（全樺太の場合も）の返還を求める主張もある。
詳細は東シナ海ガス田問題を参照
中華人民共和国 (中国) との間では、東シナ海の排他的経済水域を巡っての領土問題が起こっている。これは東シナ海で両国が主張する排他的経済水域の範囲の違いによるものである。日本は両国の国境の中間線を境界線として主張し、中国はユーラシア大陸の大陸棚部分は中国の域内と主張する。国際的には日本の主張が大勢であるが、中国と同様の主張をする国も存在し、現在議論は平行線をたどっている。
近年この問題が重要化したのは、この水域の境界周辺の地下に、豊富な天然ガスの存在が明らかになったからである。中国はこの問題に対して、天然ガスを採掘するプラント（春暁ガス田）を、日本が主張する境界近辺（ただし、境界よりは外側である）に建設するなど強硬な姿勢を取っている。日本はこれに対して、日本側の資源も採掘される可能性があるとして抗議している。また、中国に対抗して日本もこの海域での試掘権設定を行い、国内企業の一つがこれを取得した。中国側は日中での共同開発を提言しているが、日本側はこの共同開発を中国に有利な条件と認識しており、依然解決の糸口は見えていない。日本は国連の国際司法裁判所で判断を求めようとする立場をとっているが、中国はこの件を裁判所に提出しようとはしていない。
詳細は尖閣諸島領有権問題を参照
尖閣諸島（中国名: 釣魚台列島など）に対しては、日本のほか、中華人民共和国 (中国) 及び台湾（中華民国）が領有権を主張している。現在は日本が実効支配している。中国としては前号の経済水域問題の絡みもあり、また中台間の問題も絡み複雑化の様相を呈している。尖閣諸島の領土問題が表面化したのは、1970年代初頭に東シナ海において天然ガスが発見されたためである。中国と台湾の主張に対抗するために、日本の右翼団体が度々ここに上陸し、灯台を建設するなどした。この灯台は現在、日本国政府の管理下におかれている。2005年（平成17年）、台湾の漁民が日本の海上保安庁による取り締まりに対し海上で抗議デモを行った。
詳細は竹島 (島根県)を参照
竹島（韓国名:独島）は、日本の島根県、隠岐島から北西約157km、大韓民国、慶尚北道の鬱陵島から約92kmに位置する2つの岩礁からなる小島である。この島を巡り、日本は自国の領有権を主張しており、韓国は1950年代初頭から領有権を主張し始めて、対立している。
韓国併合以前に、竹島が日本と韓国（朝鮮）のどちらの領土であったかについては議論の対象となっている。竹島は、1905年（明治38年）の閣議決定・島根県告示による島根県編入で日本の領土となったが、韓国政府は「秘密裏に、また強制的に行われたものであり、法的根拠は持たず無効である。」と主張している。これに対して日本政府は「国際法に則った適法な手続きがなされたものであり、また新聞などでも報道されており秘密裏に行われたとの指摘は当たらない」と主張している。 独立以降韓国は、李承晩ラインを一方的に設定し、李承晩ライン内に入った日本の漁船と漁民を拿捕し、釜山収容所に抑留した。また、漁船が相次いで銃撃され、多数の死傷者が出た（第一大邦丸事件など）。この頃から竹島領有問題が浮上した。その後の日韓国交正常化交渉で、日本側が李承晩ラインの不当性と竹島の領有を強く主張し、1965年（昭和40年）に李承晩ラインは廃止となった[72]。
1954年（昭和29年）7月に韓国海軍がこの島を占領し、1956年（昭和31年）4月 から海洋警察が引き継いで駐屯している。これに対し、日本は韓国による不法占拠として抗議し続けている。また、日本は領土問題解決のために国際司法裁判所への付託を韓国に提案したが、拒否されている。
この島は韓国国民にとっては独立の象徴と考えられていることや、竹島周辺の海域が豊かな漁場であること、また莫大なメタンハイドレートが埋蔵していると推測されていることや大規模な海底油田がある可能性も指摘されており、このようなことがこの問題の解決を難しくしている。
なお、この海域周辺にはかつてニホンアシカが生息していた最後の海域でもあり、調査こそ行われていないが、生存の可能性がわずかながら指摘されているも、現状での調査は不可能で、何よりも韓国によって軍事要塞と化した竹島では既に絶滅したとの見解が強い。
その他、厳密な意味での領土問題ではないがいくつかの問題がある。
沖ノ鳥島
日本と中華人民共和国（中国）の見解が対立している。日本は島であると認識している。一方中国は、日本の領有権は認めているものの、2004年（平成16年）ごろから国連海洋法条約121条3項に基づき島ではなく「岩礁」であると主張し、日本の排他的経済水域を認めない立場をとる。
日本海の呼称
日本を含む世界諸国と韓国・北朝鮮の見解が対立している。詳細は日本海呼称問題を参照。
与那国島の防空識別圏
与那国島の西2/3が、沖縄県のアメリカ占領期に東経123度線に沿って設置された防空識別圏(ADIZ、アディズ)を引き継いでいるため、台湾の管理下にある。現在、日本と台湾は関係が良好であるため情報のやりとりはスムーズに行われているが、台湾有事においては防衛上の重要な問題となる可能性が高い。